在“文化大革命”開始後不久，發生一起轟動國內外的重案，那就是薄一波、劉瀾濤、安子文、楊獻珍等同志的所謂“六十一人叛徒案”(也叫“三六”大案)。所謂“叛徒”，就是在日寇勢力侵犯華北的1936年，經中共中央批准，被囚禁在國民黨北平監獄的這些同志，在監獄主管當局印好的“反共啟事”上簽了字而離開監獄，投身抗日鬥爭的那段往事。後來，在鄧小平、胡耀邦同志的干預下，中組部經過徹底調查，最終獲得平反。魏敬民在《百年潮》2003年第1期撰文披露了此案平反經過。現摘編如下：

　　文化大革命開始不久，康生為了整垮劉少奇，把這件事與劉少奇聯繫起來，作為劉少奇的一個重要罪證。 1966年9月16日，康生給毛澤東寫信：“最近我找人翻閱了1936年8、9月的北京報紙，從他們所登報的‘反共啟事’來看，證明這一決定是完全錯誤的，是一個反共的決定。”並隨信附上1936年有關報紙的影印件。毛澤東當時並不同意康生的觀點。但是，1967年2月3日，毛澤東在會見阿爾巴尼亞國防部長巴盧庫時說：“有些過去是共產黨被國民黨抓住，然後叛變，在報紙上登報反共。那個時候我們不知道他們反共，不知道他們‘履行手續’是一些什麼東西。現在一查出來，是擁護國民黨、反對共產黨。”周恩來一開始就反對康生一夥這樣做，他一再申明，所謂“六十一人叛徒集團”問題中央是清楚的。當紅衛兵因 1936年出獄問題揪斗中共中央西北局第一書記劉瀾濤和吉林省委代理書記趙林時，周恩來以中央復電的形式答覆：“這些人的出獄問題，中央是知道的。”

　　就在這時，在北京的周恩來收到中共中央西北局發來的一封急電。原來，天津南開大學紅衛兵已專程趕到西安，會同那裡的造反派組織，要召開大會，揪斗西北局第一書記劉瀾濤，西北局急電請示中央。周恩來親自批辦。11月24日，他批覆道：“23日電悉。請向南開大學紅衛兵和西安炮打司令部戰鬥隊同學說明，他們揭發的劉瀾濤同志出獄的問題，中央是知道的。如果他們有新的材料，可派代表送來中央查處。”為了慎重起見，周恩來又將批覆送毛澤東審批，同時附信說：“當時確為少奇同志代表中央所決定，七大、八大又均審查過，故中央必須承認知道此事。”毛澤東揮筆批准了。

　　然而，陳伯達、江青、關鋒、戚本禹、謝富治等人也到處煽動學校的紅衛兵對六十一人中的倖存者進行揪斗迫害。他們對那些不明歷史真相的年輕人煽動說，“紅衛兵小將查出安子文叛黨，這些變節分子叛黨的最大組織者就是劉少奇”，“安子文，還有薄一波、劉瀾濤，占據了組織部、監委等很多主要部門，權都掌握在他們手裡，實行的是資產階級專政”。康生在軍委擴大會上說：北京這六十幾個人，只是劉少奇叛黨組織路線的一個例子。康生還到安子文擔任部長的中央組織部去說：“南開‘八•一八’、北航‘紅旗 ’，他們組織了‘三六’專案抓叛徒的聯合調查團，應該向他們學習。”

　　1967年3月16日，中共中央發布了《關於薄一波、劉瀾濤、安子文、楊獻珍等人自首叛變問題的初步調查》文件。“文革”結束後，1977年7月，黨的十一大恢復了鄧小平的領導職務，薄一波等人及其親屬子女申訴要求平反這個重大錯案。不久，與“六十一人”密切相關的一封申訴信，經過鄧小平、汪東興的批示轉到了中央組織部。12月31日中午，胡耀邦看到了黨中央兩位副主席閱批過的這封申訴信。他立即找了幾位同志研究並決定：應把這個問題的解決，當作徹底平反“三六”大案的突破口。

　　可是，平反問題並沒有像人們想的那樣簡單，仍然是阻力重重。6月9日，汪東興和紀登奎、吳德找胡耀邦與陳野苹談話，單刀直入地談了“六十一人”問題。汪東興說：中央專案組的第一辦公室和第三辦公室，是“文革”剛起步時黨中央決定成立的，由華國鋒同志和我們幾人(指汪東興和紀登奎、吳德)直接負責的。這兩個辦公室的案子，都是經過毛主席批定的。現在應繼續貫徹毛主席的指示。“六十一人”的問題是經過毛主席和黨中央批准才定案的，不能隨便翻過來。還有彭德懷、陶鑄等人的問題，也不能隨意翻過來。第一辦公室的人也強調中組部不得為“六十一人”翻案。

　　對於汪東興和中央專案組的這種態度，胡耀邦沒有多說什麼。他對有關人員說，為減少阻力，先不宜聲張，要審慎、精細、踏踏實實地調查研究，珍惜每份資料，爭分奪秒，爭取三個月複查完畢，寫上複查結論，在黨召開十一屆三中全會時拿出來。

　　中組部同志根據調查寫了大量的內容翔實的調查材料，並準備根據這些材料起草給中央的關於“六十一人案件”的複查報告。1978年11月20日，中組部向中央報送了《關於“六十一人案件”的調查報告》，《報告》列舉了大量事實後說：我們認為，“文革”中提出的所謂薄一波等“六十一人叛徒集團”是不存在的，是一個錯案。1978年12月16日，十一屆三中全會召開的前一天，中共中央發布了《中央同意中央組織部〈關於‘六十一人案件’的調查報告〉的通知》，正式為此案平反。