西藏和平解放後，達賴喇嘛仍在西藏掌權。一九五八年，達賴的助理帶來兩名受過中情局訓練的西藏人，請他們給賴喇示範戰技。這兩人拿出火箭筒發射，然後花了十五分鐘重裝火箭後再發射。達賴後來回憶說：“我說：‘你可不可以發射一次然後叫敵人等你十五分鐘？那是不可能的’。”可是他的助理很熱心，並且說，這些人已經在與解放軍作戰，而且他們與中情局有直接的無線電聯絡。達賴對《新聞周刊》說：那時他頭一次聽到美國中央情報局正逐漸介入西藏。“他們給我的印象是只要我到了印度就會受到美國大力支持。”一年後，達賴就騎上馬，裝成一個又病又累的隨從，逃往印度。可是中情局在西藏打的秘密戰爭那時才剛開始，達賴的信徒如何被中情局吸收，在世界屋脊上展開秘密作戰，是西方情報界最為人津津樂道的軼聞。其中有些細節到現在才開始慢慢從退休特工出版的回憶錄和頭髮花白的游擊隊員口述中真相大白於世。

　　中情局的內部文件把這段在西藏打秘密戰爭的過去稱為該局的“秘密行動中最浪漫的計劃”。一九五一年，解放軍扛着巨大的毛澤東肖像進入拉薩和平解放西藏時，華盛頓承諾向達賴和在西藏內部的叛亂分子以各種援助。於一九五八到一九六五年間處理西藏事務的中情局特工柯納斯說：“那可不是中情局的黑箱作業，那件事整個美國政府都支持。”

一九五六年，達賴的二哥兼拉薩的特務頭子嘉樂敦珠把當時在當喇嘛的艾他諾布介紹給中情局的特工。華盛頓同意發動一個先導計劃，在塞班和琉球訓練六名藏人，然後讓他們空投回西藏，收集情報。美國官員對西藏很感興趣。柯納斯說，中情局把藏人視為“敢死隊”，“我們把他們浪漫化，把他們想成需要被收養的孤兒。”

　　一九五七年十月，頭兩名受過中情局訓練的藏人從達卡附近的老舊草地機場起飛。他們乘坐一架所有標幟都被清除的B十七飛機。這兩個人是艾他諾布和洛則，配備着牛肉乾、無線電、小鏡子和折柄衝鋒鎗，降落在預定地點，距拉薩不到一百公里，並且立刻和當地叛軍領袖貢博錫搭上線。一九五八年時，貢博的叛軍被配有炮兵的約一千名解放軍包圍。一名倖存者說：“我們所有的領袖都受傷了，包括貢博在內。我們一直希望中情局能空投一些武器來，但是他們一直沒來。我十五天沒吃過東西，連皮鞋都變成美味。”

一九五八年時，有三十名西藏人在科羅拉多州開始受訓。那時總共已有約三百名藏人在接受秘密訓練，每一個人都有一個英文名字，所受的訓練包括破壞、布雷、間諜攝影和摩斯電碼等。隊員丹增索南說：“我們去美國以前都滿懷希望，以為美國人也許會給我們一顆原子彈讓我們帶回去。”美國官員杜撰了一套最高機密的核子研究故事，基地衛兵都奉命對闖入者格殺勿論。一九六一年時，有四十多名美國百姓無意間目睹十五名亞洲人穿着迷彩野戰服登上一架機窗都關死的運輸機，因而被在槍口下扣留了一段時間。當時的美國國防部長麥克納瑪拉曾親自介入，說服《紐約時報》不要刊登這條新聞。據格勝丁雷回憶，受訓的藏人在到達之前，都只知道他們的目的地是“在山裡頭的一個有大樹和花朵的地方”，而不知道這個地方是在美國。美國教官對藏人要求很嚴格，讓他們在山間上上下下。如果藏人抗議，他就答應回基地犒賞他們，而犒賞都是一樣的，請他們看場電影。

一九五九年時，達賴在叛亂失敗後決定逃走。三月十七日，他易容在親友陪伴下逃走。這個星夜出奔引發諜報界一些最離譜的故事，其中一個說是中情局將詳細的逃脫路線交給達賴。事實上，中情局當時只與達賴透過一個無線電訊而已。三月十九日，中情局的加爾各答站報回達賴已經逃離消息。第二天，西藏問題專家葛林尼奉命向局長社勒斯報告。葛林尼對《新聞周刊》說，杜勒斯吸着他的煙斗開始說：“讓我看看，西藏在那裡。”他們兩個站在一個大皮沙發上看一幅掛在牆上的大地圖，杜勒斯隨手拿着煙斗指向東歐一個地方說“那是西藏吧？”葛林尼回答說：“不是，西藏在這裡，在喜馬拉雅山邊。”兩天之後，艾他諾布和洛則追上達賴一行，開始每天傳電報給華盛頓。葛林尼把密碼拿給一名諳英語的喇嘛，一起破解。葛林尼說：“那位喇嘛說：‘我覺得是這個意思’。”其中一通重要的電報要美國要求印度給達賴一行三十七人政治庇護，中情局新德里站直接把這個要求向尼赫魯提起，尼赫魯一口答應，省了很多事，達賴於三月三十一日抵達。一名受過中情局訓練的藏人沿途還拍了電影。 1959美國擴大援藏，從泰國空投游擊隊進西藏，結果幾乎全被抓到或自盡。達賴的流亡促使艾森豪威爾政府擴大秘密援助西藏的計劃。

　　一九五九年七月，中情局開始從泰國的秘密基地空投武器、軍火和受過美國訓練的藏人進入西藏。在一九五七到一九六○年間，四十次的任務一共空投了四百噸的人員和器材。送回西藏的游擊隊員中十之八九不是被抓到，就是在走投無路下服毒自盡。有一名隊員說，這些任務好像“送肉入虎口”。後來空投喊停。一名美國U-2飛行員於一九六○年五月被前蘇聯擊落。艾森豪威爾下令停止入侵共產國家領空，這包括西藏在內。後來肯尼迪政府時恢復一些空投，但已接近尾聲。秘密行動轉向不丹。剛開始時很艱苦，中情局的援助非常少。許多隊員在過頭一個冬天時就因沒有食物和住所而餓死。現年八十二歲、當時領導不丹行動的巴巴葉許說：“我們煮動物的皮吃。”不過他們還是從不丹數度對西藏進行襲擊。美國人教西藏人不只是要打擊中國，而且要收集情報。在六○年代初期一次出擊中，有三十多名藏人深入西藏，躲在路旁，當解放軍車隊路過時就開火，搶劫了很多文件。