1941年4月，在德國和意大利的支持下，在南斯拉夫王國的廢墟上建立了所謂的克羅地亞獨立國(NDH)。兩個月後，當德國入侵蘇聯時，NDH本可以輕易地置身於那場衝突之外。東線離得很遠，希特勒在那場戰爭中不需要它的武裝部隊。

然而，6月23日，巴巴羅薩行動開始的第二天，克羅地亞法西斯組織烏斯塔沙的領導人安特·帕韋利奇正式向元首通報說，“NDH想要加入對蘇作戰，並準備將軍隊派往東線。希特勒接受了這個提議。

然而，帕韋利奇的政策在克羅地亞社會內部造成了分裂，其中很大一部分不支持在該國掌權的納粹。得知德國於1941年6月22日入侵蘇聯後，由約瑟普·布羅茲·鐵托(一半克羅地亞人，一半斯洛文尼亞人)領導發起了一場大規模的武裝抵抗運動，反對烏斯塔沙、德國納粹和意大利法西斯。這場運動勢頭迅猛，在接下來的幾個月裡，蔓延到克羅地亞、波斯尼亞和黑塞哥維那(已被NDH吞併)、黑山和塞爾維亞的大部分領土，團結了反法西斯的塞爾維亞人、波斯尼亞穆斯林、黑山人、馬其頓人和斯洛文尼亞人。

鐵托的游擊隊成為歐洲納粹占領國家中最強、組織最好的反法西斯武裝。從1941年的8萬人到1945年的80萬人。

NDH的大部分武裝部隊不得不留在克羅地亞領土上，以便同德國和意大利一起對抗鐵托的游擊隊。因此，派遣到蘇聯的NDH部隊大部分由志願者組成。

為了對抗蘇軍，由4000人組成的第369增援步兵團，也被稱為“克羅地亞軍團”成立。它的核心是克羅地亞人，但也有許多波斯尼亞人。

該團成為國防軍第100輕步兵師的一部分。克羅地亞人穿的是德國制服，上面有紅白相間的格子標誌，上衣袖子上部和頭盔側面刻有“Hrvatska”(“克羅地亞”)字樣。

1941年10月初，克羅地亞軍團的成員抵達烏克蘭，在那裡他們加入了德國南方集團軍群。“德國人對我們很不好，”被蘇聯軍隊俘虜的反坦克防禦連士兵馬爾科·布萊科維奇(Marko Blajkovic)回憶道。“當我們來到一個村莊，德國人占據所有的營房，而我們不得不睡在田野里。這常常引起克羅地亞人的憤怒。而且，與德國人相比，克羅地亞人得到的食物配給更少。”

1942年9月27日，作為第100輕步兵師的一部分，克羅地亞軍團進入斯大林格勒。它成為唯一一支與德國結盟的外國部隊，在城市的街道上作戰，而不是像意大利和羅馬尼亞軍隊那樣在保盧斯第六集團軍的後方駐紮或掩護側翼。

克羅地亞軍團的成員認為這是一種巨大的榮譽，並參加了一些激烈的戰鬥，以到達伏爾加河的河岸，在那裡，他們參與了一場血腥的戰鬥，以爭奪Krasny Oktyabr冶金廠。

這是第二營指揮官伊萬·科里奇(Ivan Koric)描述他的部隊在斯大林格勒戰役中的表現：我們正在向第227團的陣地推進，在月光下爬過轟炸後留下的巨大壕溝。蘇聯飛機很容易就發現了我們，並開始向我們投擲白磷彈，爆炸後發出明亮的火焰。我的許多士兵被活活燒死。那是一幅可怕的景象。未受傷的士兵跳起來，跑去救他們正在燃燒的戰友。我的營現在隸屬於227團，前進非常艱難，為每一座建築而戰。”

根據一些消息來源，德國總參謀部為了表示尊重，將把第100個輕步兵師重新命名為第100個德國-克羅地亞輕步兵師。然而，1942年11月19日，當蘇聯突然發起大規模反攻時，誰也不再考慮名字的問題了。

經過冬季的激烈戰鬥，軍團實際上已經不復存在。倖存者被蘇聯俘虜。大約1 000名克羅地亞軍團成員從斯大林格勒乘飛機撤離。他們加入了新的克羅地亞步兵第369師(“魔鬼”師)，該師當時正在巴爾幹半島與鐵托的游擊隊作戰。他們再也沒有回到東線。

需要指出的是，並非所有的NDH軍人都是作為德國軍隊的一部分參加戰鬥的。在意大利人的要求下，一支由1200人組成的克羅地亞輕型運輸旅被部署在蘇聯境內的意大利第八軍。它在1942年12月的頓河戰役中被消滅了。

1941年10月初，南方集團軍群不僅有第369增援步兵團加入，而且還有克羅地亞空軍軍團的第4戰鬥機中隊。駕駛梅塞施密特Bf 109型飛機的克羅地亞飛行員受到了德軍司令部的高度讚揚。

在1944年7月返回巴爾幹半島之前，克羅地亞總共擊落了283架蘇聯飛機。14名飛行員被授予王牌飛行員，這是授予擊落至少5架敵機的飛行員的稱號，4名克羅地亞飛行員被授予一級和二級鐵十字勳章。

擊落最多蘇聯飛機(44架)的克羅地亞飛行員是馬托·杜科瓦奇。但這並不妨礙他轉到蘇軍那邊去。他在1944年9月20日做了這件事，儘管根據另一種說法，他實際上是被俘的。後來，杜科瓦奇在蘇聯和南斯拉夫空軍擔任教官。

克羅地亞空軍軍團的另一部分，第五轟炸機中隊，在更靠北的地方活動。它裝備了德國多尼爾-17轟炸機，參加了列寧格勒和莫斯科的轟炸。

從1941年秋天開始，克羅地亞海軍軍團(後來成為德國海軍的一部分)開始在黑海作戰。同他們在步兵和空軍部隊的戰友一樣，他們穿着德國制服，袖子上有克羅地亞國徽的徽章。該軍團裝備了掃雷艦和高速攻擊艇，承擔着布雷，保衛海岸，搜尋蘇聯潛艇的任務。1944年春，它被解散，該部人員前往亞得里亞海作戰。