西藏和平解放后，达赖喇嘛仍在西藏掌权。一九五八年，达赖的助理带来两名受过中情局训练的西藏人，请他们给赖喇示范战技。这两人拿出火箭筒发射，然后花了十五分钟重装火箭后再发射。达赖后来回忆说：“我说：‘你可不可以发射一次然后叫敌人等你十五分钟？那是不可能的’。”可是他的助理很热心，并且说，这些人已经在与解放军作战，而且他们与中情局有直接的无线电联络。达赖对《新闻周刊》说：那时他头一次听到美国中央情报局正逐渐介入西藏。“他们给我的印象是只要我到了印度就会受到美国大力支持。”一年后，达赖就骑上马，装成一个又病又累的随从，逃往印度。可是中情局在西藏打的秘密战争那时才刚开始，达赖的信徒如何被中情局吸收，在世界屋脊上展开秘密作战，是西方情报界最为人津津乐道的轶闻。其中有些细节到现在才开始慢慢从退休特工出版的回忆录和头发花白的游击队员口述中真相大白於世。

　　中情局的内部文件把这段在西藏打秘密战争的过去称为该局的“秘密行动中最浪漫的计划”。一九五一年，解放军扛着巨大的毛泽东肖像进入拉萨和平解放西藏时，华盛顿承诺向达赖和在西藏内部的叛乱分子以各种援助。於一九五八到一九六五年间处理西藏事务的中情局特工柯纳斯说：“那可不是中情局的黑箱作业，那件事整个美国政府都支持。”

一九五六年，达赖的二哥兼拉萨的特务头子嘉乐敦珠把当时在当喇嘛的艾他诺布介绍给中情局的特工。华盛顿同意发动一个先导计划，在塞班和琉球训练六名藏人，然后让他们空投回西藏，收集情报。美国官员对西藏很感兴趣。柯纳斯说，中情局把藏人视为“敢死队”，“我们把他们浪漫化，把他们想成需要被收养的孤儿。”

　　一九五七年十月，头两名受过中情局训练的藏人从达卡附近的老旧草地机场起飞。他们乘坐一架所有标帜都被清除的B十七飞机。这两个人是艾他诺布和洛则，配备着牛肉乾、无线电、小镜子和折柄冲锋枪，降落在预定地点，距拉萨不到一百公里，并且立刻和当地叛军领袖贡博锡搭上线。一九五八年时，贡博的叛军被配有炮兵的约一千名解放军包围。一名幸存者说：“我们所有的领袖都受伤了，包括贡博在内。我们一直希望中情局能空投一些武器来，但是他们一直没来。我十五天没吃过东西，连皮鞋都变成美味。”

一九五八年时，有三十名西藏人在科罗拉多州开始受训。那时总共已有约三百名藏人在接受秘密训练，每一个人都有一个英文名字，所受的训练包括破坏、布雷、间谍摄影和摩斯电码等。队员丹增索南说：“我们去美国以前都满怀希望，以为美国人也许会给我们一颗原子弹让我们带回去。”美国官员杜撰了一套最高机密的核子研究故事，基地卫兵都奉命对闯入者格杀勿论。一九六一年时，有四十多名美国百姓无意间目睹十五名亚洲人穿着迷彩野战服登上一架机窗都关死的运输机，因而被在枪口下扣留了一段时间。当时的美国国防部长麦克纳玛拉曾亲自介入，说服《纽约时报》不要刊登这条新闻。据格胜丁雷回忆，受训的藏人在到达之前，都只知道他们的目的地是“在山里头的一个有大树和花朵的地方”，而不知道这个地方是在美国。美国教官对藏人要求很严格，让他们在山间上上下下。如果藏人抗议，他就答应回基地犒赏他们，而犒赏都是一样的，请他们看场电影。

一九五九年时，达赖在叛乱失败后决定逃走。三月十七日，他易容在亲友陪伴下逃走。这个星夜出奔引发谍报界一些最离谱的故事，其中一个说是中情局将详细的逃脱路线交给达赖。事实上，中情局当时只与达赖透过一个无线电讯而已。三月十九日，中情局的加尔各答站报回达赖已经逃离消息。第二天，西藏问题专家葛林尼奉命向局长社勒斯报告。葛林尼对《新闻周刊》说，杜勒斯吸着他的烟斗开始说：“让我看看，西藏在那里。”他们两个站在一个大皮沙发上看一幅挂在墙上的大地图，杜勒斯随手拿着烟斗指向东欧一个地方说“那是西藏吧？”葛林尼回答说：“不是，西藏在这里，在喜马拉雅山边。”两天之后，艾他诺布和洛则追上达赖一行，开始每天传电报给华盛顿。葛林尼把密码拿给一名谙英语的喇嘛，一起破解。葛林尼说：“那位喇嘛说：‘我觉得是这个意思’。”其中一通重要的电报要美国要求印度给达赖一行三十七人政治庇护，中情局新德里站直接把这个要求向尼赫鲁提起，尼赫鲁一口答应，省了很多事，达赖於三月三十一日抵达。一名受过中情局训练的藏人沿途还拍了电影。 1959美国扩大援藏，从泰国空投游击队进西藏，结果几乎全被抓到或自尽。达赖的流亡促使艾森豪威尔政府扩大秘密援助西藏的计划。

　　一九五九年七月，中情局开始从泰国的秘密基地空投武器、军火和受过美国训练的藏人进入西藏。在一九五七到一九六○年间，四十次的任务一共空投了四百吨的人员和器材。送回西藏的游击队员中十之八九不是被抓到，就是在走投无路下服毒自尽。有一名队员说，这些任务好像“送肉入虎口”。后来空投喊停。一名美国U-2飞行员於一九六○年五月被前苏联击落。艾森豪威尔下令停止入侵共产国家领空，这包括西藏在内。后来肯尼迪政府时恢复一些空投，但已接近尾声。秘密行动转向不丹。刚开始时很艰苦，中情局的援助非常少。许多队员在过头一个冬天时就因没有食物和住所而饿死。现年八十二岁、当时领导不丹行动的巴巴叶许说：“我们煮动物的皮吃。”不过他们还是从不丹数度对西藏进行袭击。美国人教西藏人不只是要打击中国，而且要收集情报。在六○年代初期一次出击中，有三十多名藏人深入西藏，躲在路旁，当解放军车队路过时就开火，抢劫了很多文件。