到了南宋时期，开始在澎湖列岛经营。南宋周必大的《敷文阁学士宣奉大夫赠特进汪公大猷神道碑》记载了一件事：乾道七年，有一群叫做“毗舍耶”的蛮族侵扰了平湖（澎湖），于是泉州知州汪大猷就在澎湖列岛修建了200间房屋，驻扎水师，从此“蛮不复来”。这件事说明了南宋已经管辖了澎湖列岛。