在中國，1976年10月6日以華國鋒為首的“中共中央”（華派）逮捕了“文革派”（四人幫），隨後中國各地清洗“文革派”的追隨份子，餘黨頃刻“樹倒猢猻散”。全國的軍政系統和各地都表態支持“華派”。這個10月6日就是中國“文革”的消亡日子。中國開始回歸常態。華國鋒接管了中國最高權力。他不諳弄權，也沒有過重大的迫害行為，自身實力並不強大。

波布不能理解中國人民對結束“文革”的欣喜，相反，北京的政變和“文革派”的被捕，可能加深了他對“內敵政變”的恐懼感。於是，在柬埔寨，針對“內敵”的第一波大清洗立即展開。1976年11月1日，出任“農業部長”剛6個月的農蘇恩突然被逮捕。農蘇恩是柬埔寨反法統一陣線（IUF）副主席、柬埔寨“人民黨”的創建人，1962年他被西哈努克政府逮捕，坐牢8年仍不屈服，1970年被朗諾政府大赦而回到革命運動之中。1970-75年柬埔寨內戰時期他在東區工作，與索平關係密切。農蘇恩被捕標誌着清洗行動來到了紅高棉中樞。與此同時，數以萬計的東區的柬共幹部和軍人也遭到逮捕。但索平這時還沒有被觸動。

此期間，尼沙蘭、高米斯在S-21里遭受了酷刑。尼沙蘭的招供文有31頁，是經7次審訊之後寫成的。9月23日拷問員龐用書面報告說他已用藤鞭和電纜毒打了尼沙蘭。隔日，杜赫在給尼沙蘭的備忘錄里批示:“你是一個讓組織絕對相信的人，比起組織最近逮捕的其他囚犯，你是密切於組織和柬埔寨革命的人。組織清楚地知道，你不可隱瞞過去的事，你不可再像以往一樣欺騙組織。組織對頑固（不招供）的人瞭如指掌。”於是酷刑再次施用。稍後，龐報告:“中午我提議（對尼沙蘭）施用冷熱兩種（拷打）手法。下午我得到批准。尼沙蘭選擇了招供，他讓我們提示他到底應該招認些什麼。”

在S-21檔案室里存有高米斯所寫的材料共96頁，都是高米斯在被捕後寫給波布的信。這些信從沒有離開過S-21去送交“黨中央”。 高米斯的檔案里也存有拷問員的報告。即使處在殘忍的逼迫下，高米斯仍然堅持自己的清白和對共產主義的熱烈信仰。對於政治爭辯的激烈交鋒，他已有30年的經驗，但他現在不得不與無知撒野的拷問員爭辯。高米斯是S-21里第一個死硬對抗波布的高級幹部，並且他頑強地拒絕波布對建黨日期的改動，9月29日他寫道:“我對建黨日期的立場是堅持原來的1951年。有人想改變它，我是不會隨行的。我會為馬克思列寧主義政黨的合法性來反抗。” 但是，倔強的高米斯大概沒有想過，以他的高級資格，為什麼在“革命”勝利後他不僅沒有官職，反被置於死地？這是否因為他模糊知道一些關於英薩利在北京的那幾年裡做了什麼事情？或者他懷疑山玉明（柬埔寨共產黨創始人）在北京是怎樣被毒殺的？

尼沙蘭、高米斯、農蘇恩不久都被“黨中央”下令秘密處決了。紅高棉的攝影師尼恩（Nhem En）作證說：這些重要囚犯被割斷頸部而死亡後，還必須拍攝屍體照片送“上面的兄弟”審閱。顯然，是波布要看被殺同志的屍體照片。一個什麼樣的人才會有興趣去欣賞那些自己的多年戰友的屍體？

波布從中國返回金邊後，決定總動員實施內部清洗。1976年12月20日他半通不通地使用了一個醫學形容，向紅高棉幹部們做了重要講話:“現在，在黨里存在著一種疾病。這種疾病必須浮現出來，我們才能檢查症狀。我們還不能精確定位它……我們既往沒有成功地在黨內尋找細菌。然而當革命進展時，它更強烈地滲透進黨內、軍隊和人民之中的每個角落。我們能很快找到這些醜陋的細菌，因為黨有著像菠蘿那麼多的眼睛。如果我們再等待下去，細菌便會造成真正的損害……舉一個例子，我們最近粉碎了一些叛徒的秘密網絡。在過去，那些叛徒是我們革命的同路人。但是現在，他們必須被扔到一旁。今天的1976年是階級鬥爭的一年，許多細菌出現了，許多叛徒網絡進入了我們的視線。”

與波布的許多其它講話一樣，這次講話也是個混雜猜疑的妄想，它無法定義“革命”， 無法解釋為何“疾病”會浮現在黨內，也無法提出證據來證明有“細菌”埋藏在黨內。波布僅模糊地說是“根據我們10年來的觀察，敵人根本沒有消失，而是不斷地鑽進了黨內。” 而杜赫則把“敵人”的策略比作是來自美國中央情報局和越南共產黨的“象鼻蟲”。 農謝也跟風道:“我們不擔心外來的軍事挑釁。我們最擔心的是藏在組織裡面的敵人。” 顯而易見，波布發出了一條很像毛氏“文革”的發動指令。毛澤東是怎樣說的？那是:“必須清洗那些混進黨里、政府里、軍隊裡和各種文化界的資產階級代表人物。他們是一批反革命的修正主義分子，一旦時機成熟，他們就要奪取政權，由無產階級專政變為資產階級專政。” 現在，對于波布來說，最重要的不是挽救破產的國家和垂死的民族，而是更大規模地清洗同志。這表明紅高棉“黨中央”發生了某種隱晦的變化：在華國鋒時代的中共放棄政治迫害運動、向“四個現代化”進軍時，波布做出了相反的大清洗行動，可能說明波布否定了中共的新政策和政治方向。

在柬埔寨各地的大清洗方式比中國“文革”清洗方式更為簡單和原始：連羅織罪名、編造證據的過程也省略了。一旦有人被誣指，就立刻變成“有罪者”，就必須給自己編造罪名，還必須牽扯出一連串的親友和上下級同事的“叛徒網絡”，不然就會遭受酷刑。不符合“陰謀存在”的招供一律被斥責為抗拒，囚犯會被反覆施以酷刑，甚至採取電擊、水淹、鋸腳、挖眼，以得取“招認”，然後被處決。由於虛構，招供的細節都是荒唐得不可能發生的──例如：

1）曾在幼年時被老師體罰的哈金強（Hak Kim Chheang）招供：他在當天中午被一個碰巧看見他哭泣的中國密探招募了；
2）在東區被捕的菲蒂（Phe Di）畫了一張“密探證”， 他聲稱是由美國“中央情報局局長”德威尼（John B. Devine）親自來到金邊簽發的；
3）還有一個囚犯說他是被美國人肯尼迪“Kennedy”（註：指1961-1964年的美國總統，這是該囚犯唯一聽說過的美國人名字）在金邊一個酒吧里招募為美國代理人。事實上，美國“中央情報局”完全沒有興趣到金邊招募密探，肯尼迪總統更是如此。

幾乎在每份招供文里，牽連到的“密探”或“叛徒”的名單會增至幾百個名字，使人覺得那是一個龐大的、全國性的大陰謀。本來，這些不合邏輯的編造，應該被輕而易舉地揭穿──杜赫本人是一個靠嚴密邏輯和複雜證明來教課的數學教員。可是，所有招供文就沒有一份被杜赫和審訊員們感覺是不切實際而拒絕，實際上那正是“黨中央”所需要的。現在，可以知道，S-21作為最重要的保護“黨中央”的設施，並非是為了鑑別真實的“內敵”， 而僅僅為了不斷地證實波布的猜疑、假定或某種計劃，並顯示為此而粉碎一些重要的柬共黨員是合理的。杜赫受命執行清洗“內敵”工程。實際上杜赫不可能不知道那些招供文幾乎全是被逼捏造的。

更為猛烈的第二波清洗浪潮在1977年初來到紅高棉黨內。這次是針對北區的清洗。以前在1976年4月8日金邊發生手榴彈引爆事件後，原北部大區柬共首領、商業部長克多恩就被懷疑。1977年1月25日克多恩被捕。克多恩是原柬共中央第4號人物、“革命”功勳卓著，也是1975年4月17日接管金邊的大功臣。現在，S-21的拍照顯示這個氣宇軒昂的漢子，雙腳被鎖在鋼筋製作的腳銬中，一條短粗鐵鏈把腳銬連接在矮床鐵框上。他可憐地象個大猩猩一樣坐在床頭，雙手窩在雙腿間，神情迷茫。

1977年2月，紅高棉電台宣布粉碎了一次由河內操縱的“未遂政變”。這是對克多恩的指控。3月，在暹粒省的清克寧（Chikreng）發生了一起自發的民眾逃亡事件，也被算作是克多恩通過“叛徒網絡”事先部署的。當時，許多骨瘦如柴的柬埔寨民眾拼着最後的體力穿過山林逃往泰國邊界。一個逃到泰國的難民“考”（Kao）訴說:“我們拼命朝泰國邊界方向跑。紅高棉的槍聲不斷，他們追擊和掃射逃跑者。一會兒時間，我就失去了父親、兄弟和姐妹。我非常害怕。不知道我們隱蔽和走了多麼長的時間，我們遇到了5個泰國兵，他們給了我們一些食物，把我們送到了（泰國邊界的）難民營。” 這些難民們，首次揭露了在柬埔寨所發生的種種怪異和血腥的事情，引起國際社會的驚訝，也伴有懷疑。

柬埔寨北部一帶的民眾逃亡事件，導致塔莫的西南大區幹部進駐北區，層層清洗北區當地幹部。僅在1977年3月份，就有1,059名重要的北區幹部被捕，占滿了S-21的全部空間。由原北區部隊改編的310師和450師也遭到清洗。在一份長達1,178頁的文檔里，集合了所有在招供文被提及的310師人員的情況。不久，清洗擴大到了中部大區，因為中部大區原屬北區，以前是克多恩開闢的“解放區”。

中部大區首領柯袍說:“1977初，我召集副書記斯仁、圖爾（Tol）和瑟（Sey），我告訴他們不要提到關於克多恩的任何事，不然他們可能也會被處決。不久，金邊來人拘捕了分區首領幹部胡（Hoh）和阿查文（Achar Ven）。這兩人被逮捕後，他們的口供牽連到了克多恩。金邊派人來指示我準備在中部大區清查克多恩的人。我去了金邊見到波布和農謝，他倆給我看了所有的在北區和商業部清洗（所得到）的招供文，說明（克多恩案）結論清楚，不能改正。我說:‘如果安卡已經決定這樣做，我沒有任何意見。’ 一些被捕的幹部自從1968年就跟着我打游擊，但是他們現在被指控是美國中央情報局（CIA）的人。我不知道應該怎樣做，我就把他們交給上面的兄弟去處理。”

柯袍敘述中部大區的清洗情況是:“1977年2月，金邊的安全部門逮捕了中部大區的農業、工業、商業和公共事業部的各位首領。金邊安全部門的卡車隊也抓捕了41號分區的5-6個首領、42號分區的5-6個首領和43號分區的5-6個首領。35號分區的首領們也被逮捕。在逮捕了所有的分區委員會的成員以後，也逮捕了地區部隊的指揮員們。在總數上有60個分區級（註：相當於省級）的幹部被逮捕。1977年5月，金邊的卡車隊又來到中部大區逮捕區域級（註：相當於縣級）幹部，每個區域逮走2-3個首領。然後，一些小區級（註：相當於鄉鎮級）的幹部也被逮捕。到了6月，逮捕的第一個浪潮才結束。那時，中部大區幹部僅僅留下我一個人，沒有其它幹部被留下。此時上面的兄弟決定從西南大區調人替代那些被捕的中部大區幹部。西南大區來了大約200個幹部。”

但是柯袍閉口不提自己的邪惡方面。克多恩對他有重用提拔之恩。在克多恩的戰友和部屬遭清洗時，唯柯袍沒有被牽連，反而受到“黨中央”的賞識。只有出賣別人、努力推動大清洗的人才會有如此待遇。

克多恩在酷刑下崩潰了。他被逼在招供文里玷污和誣陷自己，還寫下許多涉及“叛變”的名字。這些名字包括高級的黨政人物、在北部曾與他共事的幹部和軍事人員、以及他在商業部的同事們。此外，許多他所認識的人也成了新目標，不久那些人都遭到了逮捕。在紅高棉組織系統裡，克多恩的人脈最為廣泛，呈縱向和橫向分布。在他的招供文里列出了在東北、西北、磅遜和金邊的龐大“網絡”，所有被列出的幾百名幹部陸續被捕，然後這些人的親友和工作關聯者也都被逮捕。克多恩“網絡”層層擴大，致使逮捕範圍越來越大，呈現無法收場的狀態。

在審訊克多恩時，拷問員全力尋找多重的“叛徒網絡”關係。克多恩不得不編造自己在內戰時期曾與美國情報局人員、越南共產黨密探的見面。一個月後克多恩，這個曾為紅高棉賣命的漢子，在獄中被悲慘地割頸殺死。這時他已揭發了幾百個名字、以及關於“叛徒行為”的敘述，包括企圖謀殺波布、建立反對“黨中央”的秘密網絡、聯合泰、美、越三國的支持、以及讓紅高棉軍隊意志消沉，等等，當然這些罪名都不合邏輯而且無法證實。但是克多恩的招供文正好被用來進一步證明了“黨中央”的預知能力。當喬森潘告訴西哈努克，“克多恩是越南人和美國中央情報局的代理人。” 西哈努克懷疑:“你能肯定嗎？” 喬森潘無言片刻，承認道:“不能”。

1977年1月底，公共事務部長塔池（Tuch）被捕。兩星期後，都恩被捕。在已經被捕的人里，都恩是最接近“黨中央”的人，他曾經代理紅高棉政權的元首，現在他繼任商業部長剛剛不久。在內戰時期都恩與克多恩緊密合作，在1976-1977年都恩經常與克多恩討論工作，但是當都恩被捕後，那些工作討論卻變成了“陰謀密談”。都恩在酷刑的逼迫下嘗試在記憶里翻找自己的“罪狀”，他供認在未得到“黨中央”的許可之前栽種果樹。他也承認在內戰中與越共幹部有密切的交往，雖然當時越共在為紅高棉打天下，而與越共配合工作是很必需的事，但現在這卻變成“通敵”行為。都恩還被逼承認策劃謀反“黨中央”。 有研究著述提到，喬森潘可能是造成都恩失勢的主要原因，此後喬森潘掌管了“870辦公室”，他肯定是都恩被捕的最大獲益者。而且喬森潘成為了紅高棉“中央委員會”的一個成員。現在它的組成是：波布、農謝、英薩利、宋成、溫威、索平、塔莫、三巴特、柯袍和喬森潘，共10人。