到了南宋時期，開始在澎湖列島經營。南宋周必大的《敷文閣學士宣奉大夫贈特進汪公大猷神道碑》記載了一件事：乾道七年，有一群叫做“毗舍耶”的蠻族侵擾了平湖（澎湖），於是泉州知州汪大猷就在澎湖列島修建了200間房屋，駐紮水師，從此“蠻不復來”。這件事說明了南宋已經管轄了澎湖列島。