1916年6月袁世凯死后，由黎元洪继任大总统，《临时约法》与国会得以恢复。袁世凯的手下段祺瑞被任为国务总理。后国会又补选袁世凯另一手下冯国璋为副总统，他和段祺瑞分别控制直、皖两派势力，彼此勾心斗角。时中央政府实权为段祺瑞所掌握，黎元洪手中无兵，乃联冯以制段，于是中央政府遂出现「府(总统府)院(国务院)之争」。列强亦介入其间，日本扶植段祺瑞，英、美等支持黎元洪、冯国璋。1917年，日本鼓动段祺瑞政府对德宣战，段祺瑞想以武力胁迫黎元洪和国会同意参加欧战案。黎元洪便于5月将段祺瑞免职，段祺瑞则令属下各省督军宣布独立，并在天津设「独立各省总参谋处」，拟进兵北京。

黎元洪因情势危急，乃电召安徽督军张勋入京调停。1917年6月，张勋率军五千北上，路过天津时曾与段祺瑞磋商，段祺瑞欲藉张勋之手解散国会、驱逐黎元洪，因而对之佯示支持，极力怂恿其入京。张勋遂在天津通电迫黎元洪解散国会，旋即拥兵入京。7月1日凌晨，张勋、康有为等迎清朝末帝溥仪出御太和殿，改民国六年为宣统九年。张勋受命为议政大臣、直隶总督兼北洋大臣，北京城重挂前清黄龙旗。此乃民国建立后第二次恢复帝制，史称「张勋复辟」。

宣统复辟称帝时，黎元洪逃入日本使馆，一面电请冯国璋代总统之职，一面被迫重任段祺瑞为国务总理。段祺瑞见国会已解散，黎元洪已被驱逐，遂转而出兵反对复辟，自任讨逆军总司令，率兵进攻北京。7月12日，段祺瑞率军入京，张勋遁入荷兰使馆，溥仪再次退位。此次复辟仅历时十二天即告夭折。

民国成立后短短数年，便先后发生袁世凯称帝及张勋复辟的闹剧，可见中国由君主专制转入共和政体的道路，见多么的崎岖曲折。