1524年在德國境內爆發了德國農民戰爭。首先起義的是瑞士、施瓦本和巴登的農民，其它地區的農民聞風響應，甚至一些對貴族和主教特別不滿的城市也參加了。農民的要求從恢復他們的權利，到撤銷農奴制，一直到基本的民主權。他們以聖經作為他們要求的基礎，視自己的要求為正義的，他們認為路德和宗教改革是站在他們一邊的。

一開始農民獲得了一些勝利，貴族開始組織一支軍隊，不過在第一場戰役中這支貴族軍隊戰敗了。後來一些農民謀殺了一位伯爵和他的隨從。路德至此對農民的起義和要求沒有發表任何言論，但這時他撰寫了他的著名的《反對謀殺的農民惡棍》一文。這篇文章促使所有貴族——不分他們的信仰——用所有的武力來鎮壓農民。這樣那些信奉路德的貴族也參加到貴族軍隊中來了。

1525年農民起義波及圖林根和薩克森。路德過去的學生和改革者托馬斯·閔採爾成為農民的發言人。一開始他和路德一樣試圖贏得貴族對改革的支持，但路德鼓勵選帝侯拒絕接受閔採爾的要求後閔採爾的改革實驗被禁止。

此後閔採爾成為了農民軍的首領，他打算將農民軍帶往曼斯費爾德，趕走那裡的伯爵。但他的農民軍被貴族軍包圍。農民軍只有鐮刀等作為武器，而且幾乎沒有作戰經驗，閔採爾又不是將軍，而是一個能言善辯的布道者。貴族軍騎兵衝散農民軍後進行大屠殺，約五千人被殺。閔採爾數日後被捕和被砍頭。

路德稱此為對“魔鬼”正義的懲罰，他說“魔鬼”將天國和地上世界混合到了一起，試圖反抗神的規則。雖然如此他也覺得他對大屠殺有責任，因為大屠殺是在他的號召後發生的。

此後其它地區的起義也被撲滅。歷史學家估計約13萬農民喪身。他們的要求中沒有一個獲得實現，許多徭役反而加倍加重。這次失敗後還要過300多年在德國封建主義才被推翻，還要過400多年君主制才被克服。

近年來路德對猶太人的排斥越來越受人關注，這個排斥對納粹德國的歷史影響有很大的爭議。

可以肯定的是路德的反感是逐漸形成的。1523年路德在他的《耶穌是一個猶太人》中強調耶穌是從神的人種中來的。他拒絕對猶太人施行暴力，他將猶太人的社會上的隔離看作是“完善”猶太人的標誌，即應該版依猶太人。他希望教會改革後猶太人更容易版依為基督徒。他希望教會改革後猶太人更容易版依為基督徒。

但路德對猶太人對宗教改革的反應非常失望，此後他變成了一個猶太敵人。在他後來的文章中如《寫給一個朋友反對猶太人的信》（1538年）和《猶太人和他們的謊言》（1543年）等體現出其敵對。

路德將猶太人與魔鬼置於一地，稱他們為基督教最大的敵人，並引用新約中反猶太人的章節來證明他的觀點。

他在《猶太人和他們的謊言》中寫道：

這些猶太人是如此的絕望、邪惡、毒意和被魔鬼所占據，1400年來他們是我們的瘧疾、鼠疫和所有的不幸，而且還一直是。他們是真的魔鬼。
假如我能夠的話，我希望將他（猶太人）打倒在地上，在我的憤怒中用劍將他刺穿。
是的，他們將我們（基督徒）束縛在我們自己的國土中，他們讓我們勞漢耕作來賺得金錢和財產，而他們自己則坐在火爐後面偷懶、睡覺、烤洋梨、吃、喝、享受，用我們勞作來的財產，用他們的高利貸將我們和我們的財產束縛在他們的鏈子上，然後還嘲笑我們，對我們吐痰，讓我們勞作，而他們卻成了懶惰的地主……他們成了我們的主人，我們成了他們的僕人。
然後他列出對待猶太人的七步計劃：

第一，點燃他們的猶太教堂和學校，所有無法燒的東西都埋到地里，這樣從此無人可以再看到它的一磚一瓦。我們應該這樣做，奉獻給我們的主和整個基督社會，讓神看到，我們是基督徒。第二，同樣破壞和摧毀他們的住房，因為他們在他們的住房裡做與在他們的學校里同樣的事。然後象吉普賽人一樣將他們圈在一個大廳或畜欄里，好讓他們知道在我們的國土內他們不是主人。第三，沒收所有他們的書和經書，因為在這些書裡他們傳播偶像崇拜、謊言、詛咒和對神的誹謗。第四，禁止他們的拉比教書。第五，不向猶太人提供保護，不許他們使用街道。第六，禁止他們放高利貸，沒收他們的錢幣和金銀。第七，給年輕和健壯的猶太人鐮刀、斧頭、鏟子、紡織機，讓他們用自己的汗水賺他們的麵包。
這七條今天看上去象是在號召後來納粹針對猶太人施行的一些措施。因此路德當時的動機非常可疑。

歷史學家指出，路德的文章是寫給信教統治者的，而不是寫給大眾的。路德強調他不想攻擊猶太人，而是攻擊他們的“謊言”。他想達到這些“謊言”（即猶太教）不再被傳播。因此他要求統治在他們的統治地內嚴厲壓迫和驅逐所有猶太人。但這些統治者（不像在1525年的農民戰爭中那樣）沒有聽從他的呼籲。

有爭議的是路德對猶太人的敵對是出自他的神學理論呢還是出於當時的群眾觀點。當時有許多敵對猶太人的文章。反猶太的基督徒是很普遍的。因此需要研究的問題有路德的言論與天主教傳統有什麼區別和它們當時有什麼作用。

後來的反猶太主義者（比如阿爾弗雷德.羅森堡）常常引用路德，使用他的言論來為迫害猶太人製造理由。但他們完全忽視了路德本人承認猶太人是神的人種，直到他最後一次布道路德依然堅持版依猶太人，而不是殺猶太人。

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路德和迫害巫婆
馬丁·路德與加爾文一樣深信人可以與魔鬼達成協議、可以崇拜魔鬼和可以進行邪惡的魔術。因此他贊成法庭懲罰魔術師和巫婆。

舊約中的“行邪術的女人，不可容她存活。”（《出埃及記》22，18）對路德來說是有效的。1526年5月6日路德在一次針對巫婆的布道中就引用這句話。

在這次布道中他敘述了他對巫術的深刻憎惡，對被懷疑的婦女的無情判決表示歡迎：

處死女魔術師是一個正義的法律，因為她們會造成許多破壞，至今為止人們忽視了這些破壞。她們可以從其他人家裡偷牛奶、奶油和所有的東西……她們可以將兒童變成別的東西……她們也可以在人的膝蓋中造成神秘的病，使得人身摧殘……她們造成身心摧殘，她們釀造魔劑和召喚魔鬼，散布仇恨、炙愛、壞天氣和對房屋和田地的破壞，從一里以外或更遠她們就可以射她們的魔箭，而別人察覺不到她們……
女魔術師必須被處死，因為她們是小偷、姦婦、強盜、殺人犯……她們破壞巨大。因此她們必須被處死，不只因為她們造成破壞，而因為她們與魔鬼接觸。
馬丁·路德明確地贊成對黑魔術處死刑，而且他在這一點上特別敵對婦女。在上述布道中他五次說“她們必須被殺”。不過他本人並未特別熱衷於抓巫婆。

許多信義宗的神學家、布道士和法學家後來引用路德的言論。直到今天在信義宗的教義問答手冊中還有關於巫術和魔術的章節。