第二時期：1949—1956

1949年10月1日，中華人民共和國成立。經過連年戰亂，中國百廢待興。為加強宗教事務管理，周恩來採納了吳耀宗等提出的“自治，自養，自傳”的“三自”政策。
1949年10月，倪弟兄創辦以琳印刷廠，加速文字出版工作。期間印發《今日基督徒的態度》和《被交》等幾篇重要刊物。

1950年，倪弟兄在上海靜察一年。那時他與各省同工們仍保持交通、聯繫。他認為，只要我們不惹政府的氣，中國召會和福音仍有前途。

1951年3月，倪弟兄赴京參加“北京宗教會議”。當時中國政府的態度是：在“自治，自養，自傳”的前提下，實行各教派獨立（仍能站住地方立場），教義自由（仍能保住恢復成果）。故倪弟兄在會議結束後，馬上寫了《致北京長老的信》。回到上海後，他又帶領全國各地地方召會第一次辦理“三自”簽名登記手續。由於新政權剛剛確立，郵遞工作落後，許多地方登記表格沒有寄到，故此次登記人數只有三萬多，倪弟兄本人登記在鼓嶺。

1951年夏天，政府為清理外國津貼，遂在全國宗教界掀起反帝愛國運動。倪弟兄當時心裡無法接受，認為西教士費財費力，將福音傳入中國，我們怎能反他呢？經禱告並查證聖經之後，他發現屬靈不能與政治相混淆。我們感謝西教士，我們也愛他們。但反帝是政治一面，神既已命定我們活在政治代表權柄之下，我們就不能超政治。遂於1951年8月寫了《我是怎樣轉過來的》一書。1951年10月，倪弟兄第二次帶領全國各地地方召會辦理“三自”登記手續。此次登記總人數為五萬多（仍有個別地方因登記表格沒有寄到而沒有登記），倪弟兄本人登在上海。

在倪弟兄的正確帶領下，從1951年③冬季到1955年冬季的整四年期間，聚會正常，福音興旺，得救人數大大增加，文字工作也順利進行（以琳印刷廠大量出版了《十二籃》、增訂本詩歌及其它許多書籍），成為解放後中國地方召會發展史上少有的“黃金時期”。

第三時期：1956—1978

然而，這段“黃金時期”實在是太短太短了！

自倪弟兄帶領全國各地地方召會辦理“三自”登記手續後，王明道（北京堂會主義傳教士、律法主義者）便開始在他所主編的《靈食季刊》上咒罵倪弟兄及參加“三自”者是“猶大”，中國政府是“敵基督”。

此時的撒旦加緊了牠破壞的工作。牠把各種不良的“感覺”、“理由”放到了汪佩真④姊妹的心思里。在她越來越“嘆息”地方召會“軟弱”的同時，她也越來越欽佩王明道的“剛強”和“勇敢”。

由於落到“着迷”里並不自知，她終於為好奇心所驅，到北京拜訪王明道。及至於見了面，她更為王明道的反“三自”言論所折服。回到上海後，她便號召（姊妹出頭）所有弟兄姊妹參加反“三自”。結果全國各地召會普遍響應，幾乎全部參加了反“三自”。
然而，“抗拒的必自招處罰”。

1956年1月18日，全國大逮捕。

1958年秋，聖經沒收，會所關閉，“三自愛國運動委員會”也解散，所有聚會一律停止。

所以從1958年到1978年的這二十年，又可叫作無“三自”時期。在這二十年期間，有十年是“文化大革命”時期。在“文化大革命”的混亂期間，中國時而處於無政府狀態。這樣，在那“誰也講不清楚的年代”，主在許多地方又再次復興了祂的召會。