通常認為，1346年，在蒙古軍隊進攻黑海港口城市卡法（又譯克法，現烏克蘭城市費奧多西亞）時，用拋石機將患鼠疫而死的人的屍體拋進城內，這是人類歷史上第一次細菌戰。鼠疫原產中亞，其攜帶者是土撥鼠。在蒙古帝國之前鼠疫曾多次傳入中國，所以雖然中國也曾發生過地區性鼠疫傳染，但中國人也逐漸有了對鼠疫的免疫力，而歐洲人則在此之前從未接觸過鼠疫。在卡法的一個熱那亞商人將帶病的跳蚤無意間帶到意大利，於是鼠疫在歐洲廣泛傳播，成為令人聞之色變的“黑死病”，因為鼠疫患者皮下淤血、全身發黑而死。

也有一種說法認為鼠疫是絲綢之路上的商人把病菌帶到中東，然後又傳播到歐洲的。

黑死病使得中世紀的歐洲失去三分之一的人口，對人的關心的人文主義隨之覺醒。歐洲人文主義文學的第一部代表作《十日談》就是卜伽丘在黑死病泛濫最猖獗的時期寫成的，描述1348年發生在意大利的可怕瘟疫。歐洲就此迎來了文藝復興的曙光。