不能把现代的观念读进圣经。

圣经说约拿在大鱼肚腹中待了三天三夜就是指三个整天加上三个晚上吗？
未必，圣经从来没有这么清楚地描述。

很有可能只是一个整天，加上前后一天的一部分而已。
这可能是当时人对所谓的三天三夜的理解。

所以，从经文本身来看，并没有矛盾。

举一个例证：

Est 4:16 「你当去招聚书珊城所有的犹大人，为我禁食三昼三夜，不吃不喝；我和我的宫女也要这样禁食。然后我违例进去见王，我若死就死吧！」

Est 5:1 第三日，以斯帖穿上朝服，进王宫的内院，对殿站立。王在殿里坐在宝座上，对着殿门。

这里的第三天，不是三天之后，而是第三天 (on the third day) 。