瑞士原本是神圣罗马帝国的一部分，然而瑞士一直亦是欧洲最自由的一部分，基本上可以算是一个独立的国家。在这种自由的气氛下，改革运动迅速发展，瑞士的改革运动无疑成为整个基督教改革运动的先锋。

　　主后1484年，慈运理出生瑞士的威得浩斯(Wildhaus)。他在维也纳大学以及巴色(Basel)大学均十分出众，后来被任命为格喇如斯 (Glarus)的教士，以后又成了苏黎世(Zurich)教会的领袖。他在早年曾经和被人们称为重浸派(Anabaptists)的弟兄会的会众接触过。弟兄会中有一位著名的领袖格列伯(Conrad Grebel)曾经与慈运理是好朋友。但是在苏黎世的弟兄相当多，所以慈运理和那些渴望在自己的生活以及教会敬拜上都能按照圣经而行的人多有往来。曾经有一段时间，他本人对于受浸也有许多的探讨。在后来的改革运动中，他的教导的基石就是圣经在基督徒生活准则上应享有最高的权威。尽管他自己是否完全接纳他所教导的信仰所带来的影响仍是一个疑问，然而毫无疑问，他较路德在按照神的话语而行上激进得多。并不是路德对圣经的尊重有什么问题，但是因着他自己得救的强烈经历，使得他在自己心中产生了把圣经摆在经历以下的阴影。以主观的经历主导了神客观话语的教导，致使路德比较容易接纳那些圣经中没有明文禁止的事情。可是慈运理却坚持只有圣经中明文教导的事才可在教会中施行。

　　主后1522年，慈运理从苏黎世开始他的改革运动。他激烈地批判罗马教会的迷信并且公开地对此进行辩论。当地的政府坚决支持他的主张，并建立了独立教会，按照他所教导的来运作，由人民来管理他们自己的教会。慈运理坚持教会的实行必须按照圣经的教导，这使得在瑞士的改革比在路德领导下的改革运动还要激烈。祭司袍，偶像，圣物，弥撒，祭司制度，中央集权制度完全都被清扫一空，唯有传讲神的话语成为中心。

　　然而慈运理也有他另外一面的问题。他不但是一位改革者，也是一个爱国者和热心的政治家。他坚决反对他的同胞去加入外籍雇佣兵，他属灵的目光和政治上对国家的认同至终导致基督教和天主教的战争。主后1531年，他亦战死沙场。慈运理早年与弟兄会的接触或许使他对教会本质的认识有所帮助，这也是为什么很难理解他会接纳一个官方的教会。当教会的会员是以国籍和国家的法律来管理的时候，这还是新约圣经中所教导的教会吗？在圣经中就是由一群当地的人，因着基督的属灵而结合这种地方教会的观念和官方教会的观念是完全不同的。

　　慈运理关于基督徒社区成为当地的政府，并以圣经来治理这一套理论是不正确的。因为基督徒的社区和教会是不相同的。圣经中的教会是一群从世界中被呼召出来的余民，为着主自己作见证的。把教会变成基督徒社区来治理的政治是圣经中所没有记载的，在教会历史上没有这一先例。慈运理以及后来的加尔文 (Calvin)他们提出一个看得见的教会和看不见的教会这种理论，即真正的教会是看不见的，而地上看得见的教会则是基督徒世界所组成的教会来代表。这种说法导致教会不过变成一个理论，在神的话中则变得毫无意义。

　　我们以后还要再来探讨这种观念对于其他独立的基督徒团体的影响。因为慈运理主张政府应该是由教会来管理，政府自然就有义务使用它的权力来对付任何与它所认可的教会不一的教会。所以改革家本身就成了天主教的延续，即以宗教来迫害他人的宗教自由，反对人自由地按照神的话语来敬拜及见证神。

　　这种互不包容的灵使路德与慈运理在对于主的晚餐上所持的不同看法更为明显。路德认为“这是我的身体”必须按字面接纳，尽管路德不同意罗马教会的变质 (Transubstantiation)的看法，他以为基督是物质实体性地存在于饼杯之间，就是或其后人所说的合质论 (Consubstmtiation)；慈运理则持守目前的福音派普遍的看法，就是酒和饼均仅为一种记号。这两派在这个问题上一直是以一种苦毒的灵来进行争论，天主教则在旁边幸灾乐祸地欣赏基督教的分裂。