1524年在德国境内爆发了德国农民战争。首先起义的是瑞士、施瓦本和巴登的农民，其它地区的农民闻风响应，甚至一些对贵族和主教特别不满的城市也参加了。农民的要求从恢复他们的权利，到撤销农奴制，一直到基本的民主权。他们以圣经作为他们要求的基础，视自己的要求为正义的，他们认为路德和宗教改革是站在他们一边的。

一开始农民获得了一些胜利，贵族开始组织一支军队，不过在第一场战役中这支贵族军队战败了。后来一些农民谋杀了一位伯爵和他的随从。路德至此对农民的起义和要求没有发表任何言论，但这时他撰写了他的著名的《反对谋杀的农民恶棍》一文。这篇文章促使所有贵族——不分他们的信仰——用所有的武力来镇压农民。这样那些信奉路德的贵族也参加到贵族军队中来了。

1525年农民起义波及图林根和萨克森。路德过去的学生和改革者托马斯·闵采尔成为农民的发言人。一开始他和路德一样试图赢得贵族对改革的支持，但路德鼓励选帝侯拒绝接受闵采尔的要求后闵采尔的改革实验被禁止。

此后闵采尔成为了农民军的首领，他打算将农民军带往曼斯费尔德，赶走那里的伯爵。但他的农民军被贵族军包围。农民军只有镰刀等作为武器，而且几乎没有作战经验，闵采尔又不是将军，而是一个能言善辩的布道者。贵族军骑兵冲散农民军后进行大屠杀，约五千人被杀。闵采尔数日后被捕和被砍头。

路德称此为对“魔鬼”正义的惩罚，他说“魔鬼”将天国和地上世界混合到了一起，试图反抗神的规则。虽然如此他也觉得他对大屠杀有责任，因为大屠杀是在他的号召后发生的。

此后其它地区的起义也被扑灭。历史学家估计约13万农民丧身。他们的要求中没有一个获得实现，许多徭役反而加倍加重。这次失败后还要过300多年在德国封建主义才被推翻，还要过400多年君主制才被克服。

近年来路德对犹太人的排斥越来越受人关注，这个排斥对纳粹德国的历史影响有很大的争议。

可以肯定的是路德的反感是逐渐形成的。1523年路德在他的《耶稣是一个犹太人》中强调耶稣是从神的人种中来的。他拒绝对犹太人施行暴力，他将犹太人的社会上的隔离看作是“完善”犹太人的标志，即应该版依犹太人。他希望教会改革后犹太人更容易版依为基督徒。他希望教会改革后犹太人更容易版依为基督徒。

但路德对犹太人对宗教改革的反应非常失望，此后他变成了一个犹太敌人。在他后来的文章中如《写给一个朋友反对犹太人的信》（1538年）和《犹太人和他们的谎言》（1543年）等体现出其敌对。

路德将犹太人与魔鬼置于一地，称他们为基督教最大的敌人，并引用新约中反犹太人的章节来证明他的观点。

他在《犹太人和他们的谎言》中写道：

这些犹太人是如此的绝望、邪恶、毒意和被魔鬼所占据，1400年来他们是我们的疟疾、鼠疫和所有的不幸，而且还一直是。他们是真的魔鬼。
假如我能够的话，我希望将他（犹太人）打倒在地上，在我的愤怒中用剑将他刺穿。
是的，他们将我们（基督徒）束缚在我们自己的国土中，他们让我们劳汉耕作来赚得金钱和财产，而他们自己则坐在火炉后面偷懒、睡觉、烤洋梨、吃、喝、享受，用我们劳作来的财产，用他们的高利贷将我们和我们的财产束缚在他们的链子上，然后还嘲笑我们，对我们吐痰，让我们劳作，而他们却成了懒惰的地主……他们成了我们的主人，我们成了他们的仆人。
然后他列出对待犹太人的七步计划：

第一，点燃他们的犹太教堂和学校，所有无法烧的东西都埋到地里，这样从此无人可以再看到它的一砖一瓦。我们应该这样做，奉献给我们的主和整个基督社会，让神看到，我们是基督徒。第二，同样破坏和摧毁他们的住房，因为他们在他们的住房里做与在他们的学校里同样的事。然后象吉普赛人一样将他们圈在一个大厅或畜栏里，好让他们知道在我们的国土内他们不是主人。第三，没收所有他们的书和经书，因为在这些书里他们传播偶像崇拜、谎言、诅咒和对神的诽谤。第四，禁止他们的拉比教书。第五，不向犹太人提供保护，不许他们使用街道。第六，禁止他们放高利贷，没收他们的钱币和金银。第七，给年轻和健壮的犹太人镰刀、斧头、铲子、纺织机，让他们用自己的汗水赚他们的面包。
这七条今天看上去象是在号召后来纳粹针对犹太人施行的一些措施。因此路德当时的动机非常可疑。

历史学家指出，路德的文章是写给信教统治者的，而不是写给大众的。路德强调他不想攻击犹太人，而是攻击他们的“谎言”。他想达到这些“谎言”（即犹太教）不再被传播。因此他要求统治在他们的统治地内严厉压迫和驱逐所有犹太人。但这些统治者（不像在1525年的农民战争中那样）没有听从他的呼吁。

有争议的是路德对犹太人的敌对是出自他的神学理论呢还是出于当时的群众观点。当时有许多敌对犹太人的文章。反犹太的基督徒是很普遍的。因此需要研究的问题有路德的言论与天主教传统有什么区别和它们当时有什么作用。

后来的反犹太主义者（比如阿尔弗雷德.罗森堡）常常引用路德，使用他的言论来为迫害犹太人制造理由。但他们完全忽视了路德本人承认犹太人是神的人种，直到他最后一次布道路德依然坚持版依犹太人，而不是杀犹太人。

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路德和迫害巫婆
马丁·路德与加尔文一样深信人可以与魔鬼达成协议、可以崇拜魔鬼和可以进行邪恶的魔术。因此他赞成法庭惩罚魔术师和巫婆。

旧约中的“行邪术的女人，不可容她存活。”（《出埃及记》22，18）对路德来说是有效的。1526年5月6日路德在一次针对巫婆的布道中就引用这句话。

在这次布道中他叙述了他对巫术的深刻憎恶，对被怀疑的妇女的无情判决表示欢迎：

处死女魔术师是一个正义的法律，因为她们会造成许多破坏，至今为止人们忽视了这些破坏。她们可以从其他人家里偷牛奶、奶油和所有的东西……她们可以将儿童变成别的东西……她们也可以在人的膝盖中造成神秘的病，使得人身摧残……她们造成身心摧残，她们酿造魔剂和召唤魔鬼，散布仇恨、炙爱、坏天气和对房屋和田地的破坏，从一里以外或更远她们就可以射她们的魔箭，而别人察觉不到她们……
女魔术师必须被处死，因为她们是小偷、奸妇、强盗、杀人犯……她们破坏巨大。因此她们必须被处死，不只因为她们造成破坏，而因为她们与魔鬼接触。
马丁·路德明确地赞成对黑魔术处死刑，而且他在这一点上特别敌对妇女。在上述布道中他五次说“她们必须被杀”。不过他本人并未特别热衷于抓巫婆。

许多信義宗的神学家、布道士和法学家后来引用路德的言论。直到今天在信義宗的教义问答手册中还有关于巫术和魔术的章节。