第二时期：1949—1956

1949年10月1日，中华人民共和国成立。经过连年战乱，中国百废待兴。为加强宗教事务管理，周恩来采纳了吴耀宗等提出的“自治，自养，自传”的“三自”政策。
1949年10月，倪弟兄创办以琳印刷厂，加速文字出版工作。期间印发《今日基督徒的态度》和《被交》等几篇重要刊物。

1950年，倪弟兄在上海静察一年。那时他与各省同工们仍保持交通、联系。他认为，只要我们不惹政府的气，中国召会和福音仍有前途。

1951年3月，倪弟兄赴京参加“北京宗教会议”。当时中国政府的态度是：在“自治，自养，自传”的前提下，实行各教派独立（仍能站住地方立场），教义自由（仍能保住恢复成果）。故倪弟兄在会议结束后，马上写了《致北京长老的信》。回到上海后，他又带领全国各地地方召会第一次办理“三自”签名登记手续。由于新政权刚刚确立，邮递工作落后，许多地方登记表格没有寄到，故此次登记人数只有三万多，倪弟兄本人登记在鼓岭。

1951年夏天，政府为清理外国津贴，遂在全国宗教界掀起反帝爱国运动。倪弟兄当时心里无法接受，认为西教士费财费力，将福音传入中国，我们怎能反他呢？经祷告并查证圣经之后，他发现属灵不能与政治相混淆。我们感谢西教士，我们也爱他们。但反帝是政治一面，神既已命定我们活在政治代表权柄之下，我们就不能超政治。遂于1951年8月写了《我是怎样转过来的》一书。1951年10月，倪弟兄第二次带领全国各地地方召会办理“三自”登记手续。此次登记总人数为五万多（仍有个别地方因登记表格没有寄到而没有登记），倪弟兄本人登在上海。

在倪弟兄的正确带领下，从1951年③冬季到1955年冬季的整四年期间，聚会正常，福音兴旺，得救人数大大增加，文字工作也顺利进行（以琳印刷厂大量出版了《十二篮》、增订本诗歌及其它许多书籍），成为解放后中国地方召会发展史上少有的“黄金时期”。

第三时期：1956—1978

然而，这段“黄金时期”实在是太短太短了！

自倪弟兄带领全国各地地方召会办理“三自”登记手续后，王明道（北京堂会主义传教士、律法主义者）便开始在他所主编的《灵食季刊》上咒骂倪弟兄及参加“三自”者是“犹大”，中国政府是“敌基督”。

此时的撒旦加紧了牠破坏的工作。牠把各种不良的“感觉”、“理由”放到了汪佩真④姊妹的心思里。在她越来越“叹息”地方召会“软弱”的同时，她也越来越钦佩王明道的“刚强”和“勇敢”。

由于落到“着迷”里并不自知，她终于为好奇心所驱，到北京拜访王明道。及至于见了面，她更为王明道的反“三自”言论所折服。回到上海后，她便号召（姊妹出头）所有弟兄姊妹参加反“三自”。结果全国各地召会普遍响应，几乎全部参加了反“三自”。
然而，“抗拒的必自招处罚”。

1956年1月18日，全国大逮捕。

1958年秋，圣经没收，会所关闭，“三自爱国运动委员会”也解散，所有聚会一律停止。

所以从1958年到1978年的这二十年，又可叫作无“三自”时期。在这二十年期间，有十年是“文化大革命”时期。在“文化大革命”的混乱期间，中国时而处于无政府状态。这样，在那“谁也讲不清楚的年代”，主在许多地方又再次复兴了祂的召会。