通常认为，1346年，在蒙古军队进攻黑海港口城市卡法（又译克法，现乌克兰城市费奥多西亚）时，用抛石机将患鼠疫而死的人的尸体抛进城内，这是人类历史上第一次细菌战。鼠疫原产中亚，其携带者是土拨鼠。在蒙古帝国之前鼠疫曾多次传入中国，所以虽然中国也曾发生过地区性鼠疫传染，但中国人也逐渐有了对鼠疫的免疫力，而欧洲人则在此之前从未接触过鼠疫。在卡法的一个热那亚商人将带病的跳蚤无意间带到意大利，于是鼠疫在欧洲广泛传播，成为令人闻之色变的“黑死病”，因为鼠疫患者皮下淤血、全身发黑而死。

也有一种说法认为鼠疫是丝绸之路上的商人把病菌带到中东，然后又传播到欧洲的。

黑死病使得中世纪的欧洲失去三分之一的人口，对人的关心的人文主义随之觉醒。欧洲人文主义文学的第一部代表作《十日谈》就是卜伽丘在黑死病泛滥最猖獗的时期写成的，描述1348年发生在意大利的可怕瘟疫。欧洲就此迎来了文艺复兴的曙光。