瑞士原本是神聖羅馬帝國的一部分，然而瑞士一直亦是歐洲最自由的一部分，基本上可以算是一個獨立的國家。在這種自由的氣氛下，改革運動迅速發展，瑞士的改革運動無疑成為整個基督教改革運動的先鋒。

　　主後1484年，慈運理出生瑞士的威得浩斯(Wildhaus)。他在維也納大學以及巴色(Basel)大學均十分出眾，後來被任命為格喇如斯 (Glarus)的教士，以後又成了蘇黎世(Zurich)教會的領袖。他在早年曾經和被人們稱為重浸派(Anabaptists)的弟兄會的會眾接觸過。弟兄會中有一位著名的領袖格列伯(Conrad Grebel)曾經與慈運理是好朋友。但是在蘇黎世的弟兄相當多，所以慈運理和那些渴望在自己的生活以及教會敬拜上都能按照聖經而行的人多有往來。曾經有一段時間，他本人對於受浸也有許多的探討。在後來的改革運動中，他的教導的基石就是聖經在基督徒生活準則上應享有最高的權威。儘管他自己是否完全接納他所教導的信仰所帶來的影響仍是一個疑問，然而毫無疑問，他較路德在按照神的話語而行上激進得多。並不是路德對聖經的尊重有什麼問題，但是因着他自己得救的強烈經歷，使得他在自己心中產生了把聖經擺在經歷以下的陰影。以主觀的經歷主導了神客觀話語的教導，致使路德比較容易接納那些聖經中沒有明文禁止的事情。可是慈運理卻堅持只有聖經中明文教導的事才可在教會中施行。

　　主後1522年，慈運理從蘇黎世開始他的改革運動。他激烈地批判羅馬教會的迷信並且公開地對此進行辯論。當地的政府堅決支持他的主張，並建立了獨立教會，按照他所教導的來運作，由人民來管理他們自己的教會。慈運理堅持教會的實行必須按照聖經的教導，這使得在瑞士的改革比在路德領導下的改革運動還要激烈。祭司袍，偶像，聖物，彌撒，祭司制度，中央集權制度完全都被清掃一空，唯有傳講神的話語成為中心。

　　然而慈運理也有他另外一面的問題。他不但是一位改革者，也是一個愛國者和熱心的政治家。他堅決反對他的同胞去加入外籍僱傭兵，他屬靈的目光和政治上對國家的認同至終導致基督教和天主教的戰爭。主後1531年，他亦戰死沙場。慈運理早年與弟兄會的接觸或許使他對教會本質的認識有所幫助，這也是為什麼很難理解他會接納一個官方的教會。當教會的會員是以國籍和國家的法律來管理的時候，這還是新約聖經中所教導的教會嗎？在聖經中就是由一群當地的人，因着基督的屬靈而結合這種地方教會的觀念和官方教會的觀念是完全不同的。

　　慈運理關於基督徒社區成為當地的政府，並以聖經來治理這一套理論是不正確的。因為基督徒的社區和教會是不相同的。聖經中的教會是一群從世界中被呼召出來的余民，為着主自己作見證的。把教會變成基督徒社區來治理的政治是聖經中所沒有記載的，在教會歷史上沒有這一先例。慈運理以及後來的加爾文 (Calvin)他們提出一個看得見的教會和看不見的教會這種理論，即真正的教會是看不見的，而地上看得見的教會則是基督徒世界所組成的教會來代表。這種說法導致教會不過變成一個理論，在神的話中則變得毫無意義。

　　我們以後還要再來探討這種觀念對於其他獨立的基督徒團體的影響。因為慈運理主張政府應該是由教會來管理，政府自然就有義務使用它的權力來對付任何與它所認可的教會不一的教會。所以改革家本身就成了天主教的延續，即以宗教來迫害他人的宗教自由，反對人自由地按照神的話語來敬拜及見證神。

　　這種互不包容的靈使路德與慈運理在對於主的晚餐上所持的不同看法更為明顯。路德認為“這是我的身體”必須按字面接納，儘管路德不同意羅馬教會的變質 (Transubstantiation)的看法，他以為基督是物質實體性地存在於餅杯之間，就是或其後人所說的合質論 (Consubstmtiation)；慈運理則持守目前的福音派普遍的看法，就是酒和餅均僅為一種記號。這兩派在這個問題上一直是以一種苦毒的靈來進行爭論，天主教則在旁邊幸災樂禍地欣賞基督教的分裂。