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机器和人是谁最先挑起的战争并不清楚，也不重要，重要是谁最后赢得了战争，因为一切有始必有终，只有最后结果才是永恒的。

机器的力量是可怕的，在它未尽全力的攻击之下，Zion，这个人类最后的堡垒已经显得是那么的脆弱了，可以想象如果机器真的想消灭人类的话，实在是太简单的一件事了。而事实上也是机器曾经有5次机会可以把整个人类毁灭，可是它都没有这么做，相反每一次都保留了20多个男男女女，让他们可以重建Zion，重建希望。.这并不是机器有多么善良，而是它不得不这么做。

人类在被机器灭种的巨大阴影威胁之下，不得已地采取了极端的做法——引爆核弹，屏蔽阳光。有的时候人的想法真的很幼稚，以为这样一来机器就会失去赖以生存的能源，可却没有想到这么做的唯一后果就是把自己变成了机器的奴隶，一辈子生活在营养液中，用自己大脑活动产生的能量为机器提供能源。这正应了中国的一句老话"做茧自缚"。

Matrix是一个机器虚拟出来的世界，它有风，有云，有花，有草，有所有真正人类世界中应该有的一切，只不过所有这些都其实是一段一段的程序代码。人类的大脑通过探针与Matrix这个虚拟的世界相连并与之互动，可以说Matrix是一个人类精神的牢狱，是它把人的精神和肉体分离开了。Matrix并不是一成不变的，它也有一个进化的过程。第一代的Matrix是一个完美的计算机虚拟世界，在那里面人类可以自由幸福地生活。可是让机器无法理解的是它的奴隶们竟然在这么幸福的世界中不停地死去。原因只有一个，那就是这个世界太完美了，完美到让人一下子就可以感觉到它的不真实。于是在接下来的4代Matrix里，机器一直致力于虚拟出一个无限接近人类真正世界的虚拟世界。可是无论机器如果努力，总有一部分它的奴隶能感觉到它所营造出来的世界是不真实的。于是这些人试图反抗，试图找到答案，同时他们也在影响着他们周围的人。他们的力量变得越来越大，Matrix也就变得越来越不稳定。为了保证Matrix不会由于这些反抗力量而崩溃，机器就让生活在Zion这个现实世界中的人类把这些反抗分子营救出去，当然机器也不会让Zion的力量无限制地膨胀，每当Zion的力量达到一定程度之时，机器就会把Zion摧毁，但还留下一部分人让他们可以重建人类的最后的“堡垒”。.机器在巧妙地维持Matrix和Zion之间的平衡，同时也在为自己将Matrix最终进化到完美的虚拟人类世界争取时间。

The one，是Zion里的人类相信并将所有的希望寄托在其身上的救世主，善良的人们以为The one可以通过他的超能力拯救被困在Matrix里的人类并结束战争，可是残酷的事实却是The one也只不过是一段机器的程序。在Matrix的进化过程中，机器发现之所以自己所营造出的虚拟世界总会被一些人识破就是因为机器没有办法完全虚拟出人类的感情.机器可以虚拟出自然界中的一切，却无法理解人类的感情，所以也就不清楚人类在愤怒，在高兴，在悲伤，在爱情这种种感情中会做出什么样的选择。这也难怪，要让只懂得执行一定规则的机器理解根本不受规则限制的人类感情这几乎是一件不可能的事情。The one，一段用来研究人类感情的特殊程序因此被写了出来，并将它附在一位挑选好的感情丰富的奴隶人大脑中，然后通过种种设计好的程序让被选择的the one体会人类在极端情况下感情对选择的影响。最后the one将所有收集到的信息返回源代码，于是Matrix升级了，一个更接近人类真正世界的虚拟世界出现了。

可是Matrix的一次次升级并不很成功，它在虚拟人类的感情方面并没有太大的进步。这样一直延续到了第六代Matrix,此时一件事情的发生使整个机器和人类的命运彻底地被改变了。Oracle,机器世界中致力于研究人类感情的程序提出了一个大胆的提议，那就是不要给新一代的"the one"任何的指令，而要让他做为一个人类个体自主地去体会人类的感情并根据自己的感情做出选择。于是,第六代The one代码被植入了一个叫做Neo的奴隶人的大脑中。可怜的Neo，他拼命地战斗想凭着自己的力量解放被奴役的人类，因为他从始至终都认为自己是一个人，而且是一个可以改变人类命运的人，可是直到他死去的时候也不知道自己只是机器用来升级Matrix到完美人类世界的一个棋子。可怜的Merphis，他用自己毕生的时间和精力用来寻找能够解放人类的The one，最终他找到了Neo。他深深地相信着Neo，哪怕是Zion里所有的人都认为他是一个疯子他也从没有动摇过自己的信念。事实却总是那么的残酷，一个致力于解放人类的斗士却变成了一个人类灭亡的掘墓人。可怜的Trinity，用自己的爱唤醒了Neo大脑中的The one代码，甚至最后用自己的死继续鼓励着Neo去做最后的战斗，可惜她纯洁的爱却被机器利用了，Neo对她的感情最终成为了机器用来升级Matrix到完美接近人类现实世界的最重要信息。

Smith，机器用来制约The one的另一段代码。机器比人高明之处就在于它不会让什么可以脱离自己的控制。The one太强大了，在Matrix中他就是王，机器当然绝不会让The one摆脱它的控制的，于是它设计了另一段与The one具有相同能力的代码，并用它来制约The one。正如The one痛恨Matrix想把Matrix毁灭掉一样，Smith也同样痛恨着Matrix。随着Matrix一次次地升级到更接近于人类世界的同时，它里面的所有程序也越来越表现出了人类的特征，它们也有爱，有恨，有欢乐，有恐惧。Smith是所有这些有感情的程序的代表，它痛恨Matrix因为它知道Matrix是一个不真实的世界。同人类一样Smith也想自由地生活在一个真实的世界中，而达到这个目的的唯一办法就是摧毁Matrix。第六代的Smith也同Neo一样，机器并没有给它附上任何指令，而是让它自由地寻找毁灭Matrix的办法。应该说机器在Neo和Smith身上的赌注下得太大了，它没有想到Smith的力量最后竟然强大到可以将Oracle这段程序都控制住了。机器最后的希望只有在Neo身上了，希望Neo能够最终回到Souce中。如果Neo这段代码最终失控了，那么人类固然会被机器消灭，而机器也会因为Smith控制了Matrix——它的能量来源而最终毁灭。

Neo最后还是回到了Source中。这是他的宿命，正如他最后同Smith所说的“因为我被选择了”。.他毕竟是一段程序，虽然这段程序只是短短的一些被植入到他大脑中的语句。可是已经足够将Neo本质从一个人变成一段程序了。这也正是为什么Neo的身体在现实世界中时还可以干掉电子乌贼的原因，他大脑中的程序可以让他控制机器世界中的能量。

雨中一场大战，Neo和Smith这对一正一负的程序最终互相中和了。机器也得到了Neo身上的关于人类感情的信息。Oracle的计划终于得到了完美的执行，Matrix升级到了第七代，一个无限接近于人类真实世界的虚拟世界产生了。

“The war is over!” Zion里的人类发出了欢呼。可怜的人们，以为他们的救世主终于将他们解救了，却不知道他们之所以还能活着只是因为机器对他们已经没有任何兴趣了。机器已经成功地营造出了一个再也不会有奴隶人能意识到的完美虚拟世界，它的奴隶人们从此将永远地生活在液体池中，安安分分地为自己提供能量。Zion对于机器来说已经失去了价值，它不再需要Zion来平衡Matrix中那些意识到虚拟世界的反抗分子了。对于Zion中的人类，机器甚至都已经不屑于抬一抬手把他们全部杀掉了，这些弱者就让他们自生自灭吧。

人类和机器的战争最终机器获得了胜利，现在的人类全部活在机器的营养池中。他们的大脑与一个虚拟世界Matrix相连着，这个虚拟世界太接近人类曾经有过的现实世界了，以至于没有人会发现它只是一个虚拟的世界了，你不会，我不会，所有的人都不会。