針灸與中醫的治病原理與西醫迥異，好比經濟學有宏觀與微觀經濟學一樣：西醫注重微觀研究或頭痛醫頭、腳痛醫腳的局部性治療，而針灸與中醫則強調宏觀或全身性的診治。針灸與中醫用宏觀的理論，將諸如：細菌、病毒、化學毒素、風害……等對身體有害的因素，通稱邪（病）氣，而將一切諸如：營養、維生素、氧氣、血液、紅白血球、抗體、益菌……等，對身體健康有益的因素，通稱正（元）氣。

身體的正（元）氣足，則邪（病）氣不侵，或侵入後被正氣所消減；身體維持一個平衡和協的健康體系。身體的正（元）氣不足，則邪（病）氣入侵，正（元）氣虛弱無力對抗邪氣，破壞身體平衡和協的體系，而百病生。

人類歷經生、老、病、死的生命過程，無時無刻不受不良飲食、睡眠（過多過少）、運動（過多過少）、休息不足、抽煙、酗酒、吸毒、細菌、病毒、化學毒素、風吹、雨打、日曬……等影響，讓邪（病）氣有機可乘，這時如果年輕力壯或正（元）氣充足，則邪不勝正，身體尚可維持健康狀態；如果年老體衰或正（元）氣不足，則百病叢生。

西醫偏重微觀研究，治病重點在排除致病的邪（病）氣，從細菌、病毒、組織器官到分子細胞、遺傳基因、DNA……等，深入研究各種致病的因素及基理，並研發各種止痛藥、抗生素、特效藥……等，對排除致病的邪（病）氣，發揮快速、有效率、普及、便利的效果。

而中醫尤其是針灸則從宏觀的理論，重視正（元）氣的培固；強調恢復或提高身體的抵抗力、免疫力、或自療能力 （Self-healing Power），乃治病強身的第一要務。中醫、針灸、與氣功有句名言：藥補不如食補，食補不如氣補。這句話的真諦：並不是鼓勵病人生病不吃藥，更不是要人練氣不吃飯；而是主張治病強身應固本正元，先從「調控」氣血或增強正（元）氣或身體的抵抗力、免疫力、或自療能力（包括睡眠、休息、運動、針灸等）著手，其次重視飲食營養，最後才以藥物控制病情或治病。

因此，針灸的治病，先從調整氣血開始。經絡乃全身氣血的循行通道，它循行全身，通達表里，貫穿上下，對身體有「調控」氣血輸送、營養內外的生理作用，並使身體重要組織及腑臟器官之間，保持和諧平衡。一但經絡阻塞不通，必然會影響氣血或正氣輸送的調控，讓邪（病）氣侵入，促使相關組織及腑臟器官發生病變。

而穴位又是「調控」經絡的「樞紐」。當針灸的針（不論留針或不留針），經皮膚刺進穴位後，會產生「□麻脹重痛」等得氣感；「凡走過的路必留下痕跡」，「凡扎過的穴位尤其是留針」，也必然會引起自律神經系統的一連串反應：如加速血液循環、促進免疫系統分泌、增加身體強壯與對抗疾病或痛苦的各種內分泌如 Endorphins等。通過針灸，讓氣血通暢；氣血通則正（元）氣足，正氣足則身體的免疫力、抵抗力、或自療能力增強，疾病自然消減。

西醫也同意：百分之八、九十的病，靠身體本身的免疫力、抵抗力、或自療能力，都可不藥而愈。很多人誤認針灸只能用來醫治關節酸痛，而不知針灸可以調整氣血，增強身體強壯與對抗疾病的能力，至少可以治療幾十種常見的疾病，譬如感冒、咳嗽、哮喘、過敏、胃腸系統病痛、呃逆、嘔吐、腹瀉、脫肛、痔瘡、急慢性闌尾炎、高血壓、中風、偏癱、眩暈、心腦血管疾病、陣發性心跳過速、癲癇、頻尿、尿閉、陽萎、遣精、各種沁尿及生殖系統疾病、失眠、頭痛、面部神經麻痹、三叉神經痛、鼻炎、牙痛、咽痛、中耳炎、肩背病、腰痛、腿股痛、坐骨神經痛、關節酸痛、風濕、扭傷、麻木、發熱、中暑、月經不調、經痛、經閉、白帶、子宮下垂、胎位不正、盆腔炎、引產、催產、不孕症、落枕……等。了解針灸的治病原理，就不難明白：為甚麼小小一根針，能治這麼多病，真是打遍天下醫療體糸，無技（藥）可比！

針灸最基本的治病原理在陰陽、五行及經絡學說。人體除任督二脈之外，十二臟腑又各有一條經脈，這十二條經脈的循行方向，以六氣陰陽分為少陽（陽氣初生）、太陽（陽氣大盛）、陽明（陽氣極盛）、少陰（陰氣初起）、太陰（陰氣大盛）、及厥陰（陰氣殆盡）。手上有三條陰經，從藏胸走手；三條陽經，從手走頭。足之三陽，從頭走足，足之三陰，從足走腹。

這十二條經脈的循行次序為：手太陰肺經→ 手陽明大腸經→足陽明胃經 →足太陰脾經→ 手少陰心經→手太陽小腸經→足太陽膀胱經→足少陰腎經→手厥陰心包經→手少陽三焦經→足少陽膽經→足厥陰肝經的順序而復入於肺。這十二條經脈左右各一條共二十四條，再加任督二脈共二十六條經脈。

任脈、督脈、二條胃經、二條膀胱經更是人體六絛最重要經絡，具貫穿頭、頸、胸、腹、五臟 （心、肺、肝、脾、腎） 、六腑 （胃、大腸、小腸、膀胱、膽、三焦）、腰、背、及雙腳的戰略功能。

這六條經脈對人體的健康，就如同美國加州聖地亞哥 （San Diego） 的 5、8、15、805、78、 56、52、94號高速公路一樣，對該市的人文、交通、經濟、社會，具戰略關鍵性功能。這幾條高速公路一但發生阻塞，全市必陷入混亂。

同理，任督胃及膀胱經如有阻塞，全身氣血循行與健康必受影響。確保這幾條高速公路的暢通，乃促進該市政經發展的基石；打通這六條經絡，也是治病強身的要理。

由於藥會互相干擾，三焦有病（就是心或肺上焦。胃、肝、或腎中焦。大小腸、膀胱、或生殖糸統下焦等同時有病），不論中西醫，群醫必束手無策，病人也只能臥以待斃，只有針灸尚有一線希望。三焦有病，針灸師主張先治中焦，先讓病人能吃能睡，如能打通這六條經絡，使全身氣血暢通，則培本固元，「也許」能穩住病情，再設法治療上下焦的病。