雍正朝，边境并不平安。雍正七年（1729年）六月，准格尔部叛清，朝廷决定对西北两路用兵，允祥奉命参与兵事之谋划。朝廷又专设了商议军事的军需房（即军机处之前身），命他出任首席军机大臣，全权负责筹措兵马粮草，以及各类军需供给之事。允祥凭着对路程、山川地势的熟悉，运筹帷幄，调度得宜，确保了大量军需的供应，使战事得以顺利进行。且允祥严格保密，不扰民众，在运军需两月有余的时间里，各省竟不知有出师运饷之事。

        允祥主管的内务府还全面包揽了武器的制作事项，产品包罗万象，从打钉到制作大炮一应俱全。雍正五年（1727年）初一日，允祥命造“威远将军”铁炮十尊，他具体指示云：“我府内有威远将军炮一位，尓要来将尺寸做法记明，照样造十位。再查废炮内，有此样炮无有？富宁安说过有子母炮架样子，尓向他问明，何样做法？与造办处所作炮架样式同否？尓做一炮架样并炮样，俟我回来时看。”然后，不厌其详的指示：“此样甚好，着照样做。其圈与挺子比此样要纯厚，楞子亦要浑实些。”之后，还拉去卢沟桥试跑。又同年正月二十二日，西安进竹管炮，允祥要求照样做，但需减轻，郎中海望启奏：“此炮皮薄，若再轻些，惟恐不能保重。今欲将炮膛做径一寸八分。”允祥虚心接纳建议。雍正六年（1728年）正月三十日允祥谕：“着将子母炮续造一百位。”铁炮需配炮车，雍正七年（1729年）闰七月初三日，郎中海望奉允祥谕：“造车处已造成炮车三千四百辆，……尓再造六百辆。”又如雍正七年（1729年）闰七月，允祥命做腰刀一万把，赏出征军人用。雍正八年（1730年）三月二十二日，命制作鸟枪一千枝，腰刀两千把，大小刀两千把，等等。

        另外，允祥还负责了在天津建立海军一事。雍正三年（1725年）十二月初六日，他提出议覆：“查天津之海，东接盛京，朝鲜边界，南通福建、浙江等省，实海陆之要口，京师之重镇。陆路虽设绿营讯兵，而海防更属主要。”应该“将此所派兵丁，令八旗满洲、蒙古都统等，于各该旗余丁内挑选堪学习操练者，每满洲旗分各派两百名，设立三佐领。蒙古旗分，每旗挑选五十名，设立一佐领。照依左、右两翼，立左、右两营。至水师兵丁，火器最为紧要，应将此兵丁俱设为炮手。再，天津附近京城，其管辖官兵，应设副都统一员。此所设副都统，应于现任副都统内钦点一员。铸给信印，令其总管。”“仰倾皇上于汉侍卫绿营官内，拣选熟练水师者，多赏数员，分拨八旗教习。此所派出教习官员，俱令各食现任俸禄。俟教习三年后，特遣大臣查验。如果学校熟练，即将教习官员交部议叙，以应升之缺即用。”允祥的这些建议，对守卫海防至关重要，不知他算不算最早提出建立水师（海军）的人。

        此外，允祥还负责着全国中低级官吏（三品以下）的铨选工作。雍正曾赞之云：“至于教训侍卫，练习禁兵，培养人才，振兴士气，俾将弁可被千城之选，军旅皆成义勇之师，此又武备修明，而内外戎行，莫不收讫效也。”

        允祥自幼习武，善骑射，但那是一般满族尤其是八旗出身的人都要学习的，没想到他对兵事与兵器制造还这样熟悉，这不能不令人称奇。看来雍正说他“王少称神勇，留意兵戎，帷幄运筹，计周万里”并非完全的虚词浮夸。