雍正朝，邊境並不平安。雍正七年（1729年）六月，準格爾部叛清，朝廷決定對西北兩路用兵，允祥奉命參與兵事之謀劃。朝廷又專設了商議軍事的軍需房（即軍機處之前身），命他出任首席軍機大臣，全權負責籌措兵馬糧草，以及各類軍需供給之事。允祥憑着對路程、山川地勢的熟悉，運籌帷幄，調度得宜，確保了大量軍需的供應，使戰事得以順利進行。且允祥嚴格保密，不擾民眾，在運軍需兩月有餘的時間裡，各省竟不知有出師運餉之事。

        允祥主管的內務府還全面包攬了武器的製作事項，產品包羅萬象，從打釘到製作大炮一應俱全。雍正五年（1727年）初一日，允祥命造“威遠將軍”鐵炮十尊，他具體指示云：“我府內有威遠將軍炮一位，尓要來將尺寸做法記明，照樣造十位。再查廢炮內，有此樣炮無有？富寧安說過有子母炮架樣子，尓向他問明，何樣做法？與造辦處所作炮架樣式同否？尓做一炮架樣並炮樣，俟我回來時看。”然後，不厭其詳的指示：“此樣甚好，着照樣做。其圈與挺子比此樣要純厚，楞子亦要渾實些。”之後，還拉去盧溝橋試跑。又同年正月二十二日，西安進竹管炮，允祥要求照樣做，但需減輕，郎中海望啟奏：“此炮皮薄，若再輕些，惟恐不能保重。今欲將炮膛做徑一寸八分。”允祥虛心接納建議。雍正六年（1728年）正月三十日允祥諭：“着將子母炮續造一百位。”鐵炮需配炮車，雍正七年（1729年）閏七月初三日，郎中海望奉允祥諭：“造車處已造成炮車三千四百輛，……尓再造六百輛。”又如雍正七年（1729年）閏七月，允祥命做腰刀一萬把，賞出征軍人用。雍正八年（1730年）三月二十二日，命製作鳥槍一千枝，腰刀兩千把，大小刀兩千把，等等。

        另外，允祥還負責了在天津建立海軍一事。雍正三年（1725年）十二月初六日，他提出議覆：“查天津之海，東接盛京，朝鮮邊界，南通福建、浙江等省，實海陸之要口，京師之重鎮。陸路雖設綠營訊兵，而海防更屬主要。”應該“將此所派兵丁，令八旗滿洲、蒙古都統等，於各該旗余丁內挑選堪學習操練者，每滿洲旗分各派兩百名，設立三佐領。蒙古旗分，每旗挑選五十名，設立一佐領。照依左、右兩翼，立左、右兩營。至水師兵丁，火器最為緊要，應將此兵丁俱設為炮手。再，天津附近京城，其管轄官兵，應設副都統一員。此所設副都統，應於現任副都統內欽點一員。鑄給信印，令其總管。”“仰傾皇上於漢侍衛綠營官內，揀選熟練水師者，多賞數員，分撥八旗教習。此所派出教習官員，俱令各食現任俸祿。俟教習三年後，特遣大臣查驗。如果學校熟練，即將教習官員交部議敘，以應升之缺即用。”允祥的這些建議，對守衛海防至關重要，不知他算不算最早提出建立水師（海軍）的人。

        此外，允祥還負責着全國中低級官吏（三品以下）的銓選工作。雍正曾贊之云：“至於教訓侍衛，練習禁兵，培養人才，振興士氣，俾將弁可被千城之選，軍旅皆成義勇之師，此又武備修明，而內外戎行，莫不收訖效也。”

        允祥自幼習武，善騎射，但那是一般滿族尤其是八旗出身的人都要學習的，沒想到他對兵事與兵器製造還這樣熟悉，這不能不令人稱奇。看來雍正說他“王少稱神勇，留意兵戎，帷幄運籌，計周萬里”並非完全的虛詞浮誇。