由于这些政协委员不能广泛代表中国基督教 会，因此，这些政协基督教代表联同中华基督教男女青年会全国协会、基督教协进会、中华基督教全国总会的代表，组成一个全国性的基督教访问团，于1949年 年底到华东、华中、华北、东北、华南5区，共18个城市，一方面传达政协会议的经过、成就和中央人民政府有关宗教工作的政策等；而另一方面，访问团也收集 资料，草拟了《关于处理基督教问题的初步意见》，内容涉及肃清基督教中的帝国主义力量，实现宗教信仰自由，发还教会房产，教会机构登记等问题，并提出各地 干部侵扰教会的个案，要求政府正视宗教问题处理等。

1950年5月，周恩来总理先后3次接见了 访问团，指出“今天美帝国主义仍企图利用中国自己的宗教团体来进行破坏中华人民共和国的活动。‘中国教会’必须肃清内部的帝国主义的影响与力量。提高民族 自觉，恢复团体的本来面目，使自己健全起来。”吴耀宗根据周恩来的谈话将《初步意见》修改为《中国基督教在新中国建设中努力的途径》（以后简称《三自宣 言》），定稿后送交周恩来，呈报政务院（后改名国务院）批准。因为他的起草和发表并没有经过讨论，能代表教会的立场，为了获得广大信徒的信任和支持，吴耀 宗邀请40位有名的教会领袖人身分共同作发起人，于1950年7月28日，将《三自宣言》连征求签名信寄给全国1000多位基督教领袖。

当时中国教会也有不少人反对《三自宣言》， 认为宗教是超政治的，教会最好处于超然地位，不要直接参与政治运动。然而却没有人愿意草拟文件，以宗教立场谈三自革新来反制《三自宣言》的影响。9月23 日《人民日报》刊登《三自宣言》全文，并把第一批签名的1527名基督教人士的名单公布出來。发表《基督教人士的爱国运动》社论，鼓励信徒响应宣言。以后 《人民日报》发表《三自宣言》的日子，就成为中国基督教三自爱国运动的纪念日。据1954年最后公布的统计数字，在宣言上签名的基督徒共有41万7千多 人，约占全国基督徒42%。1950年6月25日，朝鲜战争爆发，10月9日，中国派遣人民志愿军跨过鸭绿江参战。国内掀起抗美援朝运动，反美情绪高涨， 基督教再次被指责被帝国主义所利用。12月29日，政务院通过郭沫若副总理所作的《关于处理接受美国津贴的文化教育救济机关及宗教团体的方针的报告的决 定》，具体方针是接受美国津贴的文化、教育、医疗或由政府接办，或由私人团体继续经营；救济机构由中国人民救济总会全部接办；宗教团体，改为中国信徒完全 自办的团体，政府对他们的自立、自养、自传运动予以鼓励。同时，政务院颁布《接受外国津贴及外资经营之文化教育救济机关及宗教团体登记条例》，要求有关机 关、团体依法向政府登记，并报告其工作及经济来源和使用情况。

1951年1月5日，吴耀宗等26位基督教 领袖发表了拥护政务院决定的宣言。同月，教育部和宣传部在北京召开处理接受外国津贴的高等学校会议，拟定了处理方案。2月12日，由美国津贴32年的燕京 大学，被教育部接收；圣约翰、东吴、岭南、华西、金陵、之江、齐鲁等大学先后于同年由政府接办。同时，200多所教会中学、1700多所教会小学也由政府 接办。1952年高校进行院系调整，大部分被接收的教会学校被分别并入他校，如燕京大学工科各系并入清华，文、理、法科各系并入北大；辅仁大学并入北京师 范大学等。在接收教会学校、医院的同时，1951年年初，3000多位西方宣教士离开中国，到了1952年底，便所剩无几了。

1951年4月16至21日，政务院文教委 员会宗教事务处在北京召开“处理接受美国津贴的基督教团体会议”，出席的基督教代表154人，代表31个宗派和26个团体。会议期间举行了控诉大会，自觉 清算帝国主义的影响，控诉过去的同工。成为日后全国控诉运动的样板。会议通过了《中国基督教各团体代表联合宣言》，号召全国基督徒最后地、彻底地、永远 地、全部地割断与美国差会及其它国家差会的一切关系，实现中国基督教的自治、自养、自传，积极参加抗美援朝运动，拥护《共同纲领》、政府的土地改革及镇压 反革命运动，检举潜伏在基督教中的反革命份子，在各地教会及团体中积极展开对帝国主义份子和反革命败类的控诉运动，加强爱国主义教育，广泛地开展学习运 动，提高信徒的政治认识。会议产生了基督教全国性统一的领导机构──“中国基督教抗美援朝三自革新运动委员会筹备委员会”，吴耀宗为主席，正式成为中国教 会的领导人。4月25日，三自筹委会召开第一次会议，通过“普遍展开对潜伏在教会内部之帝国主义分子及败类之控诉运动”的决议，以回应前一天《人民日报》 题为《开展基督教徒对美帝国主义的控诉运动》的文章。

会议以后，全国各地教会纷纷举行控诉大 会，1952年9月底为止，全国124个城市共举行了规模较大的控诉大会169次。控诉内容包括美国传教士如何利用基督教破坏中国基督教的爱国运动；煽动 基督徒以“超政治”或追求“属灵”来反对共产党；宣教士蔑视中国文化、看不起中国教牧人员；宣教士搜集情报，从事间谍活动；控诉中国教会内追随美国宣教 士、甘心充当美帝国主义走狗的败类。同时，各地教会在中国基督教抗美援朝三自革新运动筹委会的领导下，进行了爱国主义学习，通过办三自革新学习班、学习共 同纲领、听报告、参观展览会、观看电影等形式，使教牧人员认识到三自革新运动的必要性，培养一批骨干份子，在各地教会中主导三自运动。自1953年8月开 始，所有牧师、传道人都要参加教牧人员学习班。在基督教出版和神学教育方面，1951年3 月，中央出版总署在北京召开基督教出版会议，规定所有基督教出版社必须以反帝、教会自治为原则，宣传爱国主义，拥护政府政策，以及不再接受海外资助。另外 成立基督教出版社的联合组织“中华基督教出版协会”，统一发行工作，由吴耀宗任总干事，负责委派有关人员审查教会出版物。而建国初期，全国共有五、六十间 神学院，1952年11月，由华东的13 所不同宗派的神学院合并成立南京金陵协和神学院，由国外归来的丁光训担任院长；1953年4月，华北7个不同宗派的神学院又联合成立了燕京协和神学院。各 神学院必须设立各种政治学习课程，且必须参加党及政府号召的政治运动。

三自革新运动进行了4年以后，三自筹委会于 1954年7月22日至8月6日在北京召开了中国基督教全国会议。来自全国各地的代表共232人出席了会议，代表62个教会和团体。会议的前7天，完全是 政治学习和讨论，由政府有关领导作报告和讲话。7月28日，吴耀宗作了《中国基督教三自革新运动四年来的工作报告》，并建议领导机构名称由“三自革新”改 为“三自爱国”。大会最后正式成立“中国基督教三自爱国运动委员会”，发表《中国基督教全国会议告全国同道书》。通过了中国基督教三自爱国运动委员会简 章，产生139位委员，吴耀宗当选全国三自会主席。

在三自运动期间，一些持守基要信仰的教会领 袖指斥三自主要领导人如吴耀宗等为主张社会福音的“不信派”，拒绝与他们合作，不参加他们的组织，坚持政教分离原则。代表人物王明道连续发表文章《顺从人 呢？顺从神呢？》、《真理呢？毒素呢？》、《我们是为了信仰！》，对这些“现代派”进行尖锐批评。而各地家庭聚会也在这时开始迅速增加。

1955年8月，王明道以“反革命”罪名被 捕。10月29日，政府宣布，三自以外任何基督教活动均属违法，所有三自会管理以外的教会都已构成被捕的理由。同年，广州传道人林献羔与同工、部分信徒被 打成“大马站反革命集团”被捕。1956年1月，政府宣布破获“倪柝声反革命集团”；其实早在主后1952年4月，倪柝声已被捕，至四年后被提控，指他支 持帝国主义及国民政府、反对民众运动、败坏青年、破坏生产、犯淫乱等罪，判刑15年。聚会所改组，正式加入三自会。1957年“反右”运动，三自会副主席 陈崇桂等一大批基督徒因批评政府或干部而成为右派份子，遭到批判、斗争，其中一部份人被押送劳改。翌年“大跃进”运动，全国教牧人员都被送进政治学习班学 习，以后被安排到工厂、农村从事体力劳动或其它工作。结果许多教会无人牧养，三自会于是安排“联合崇拜”，使教会数量大减。上海的200间教会剩下20 间；而北京原有教会65间，只剩下4间。

1966年，“文化大革命”爆发，全国城乡 所剩的三自教会全部被红卫兵冲击或勒令关闭。在长达十年的时间，中国所有基督教教会和机构都被打倒：教堂被查封，掠夺，圣经和属灵书刊被当作“四旧”（旧 风俗、旧文化、旧习惯、旧思想）而烧毁；教牧人员和信徒被打成“牛鬼蛇神”，遭批判、斗争、关进监牢或押送劳改、流放。

1971年后，虽然教会都关闭了，但这只表 示有形的教会的关闭，事实上在全国各地，基督教徒透过家庭聚会的方式，秘密聚会崇拜。这种名叫“家庭教会”的无形教会在这段时期茁壮成长。许多人的心灵在 文革中受到创伤，信徒却愿意把福音传开，成为医治。此外，信徒在苦难中更加同心。神也兴起新一代游行布道者，信徒热切起来传扬福音。

1976年9月毛泽东去世，10月“四人帮”被捕。1978年12月18日，中共中央宣告“文化大革命”已经结束，国家的工作重点转移到实现“四个现代化”上来。政府对宗教的态度回复到建国初期的情况。