由於這些政協委員不能廣泛代表中國基督教 會，因此，這些政協基督教代表聯同中華基督教男女青年會全國協會、基督教協進會、中華基督教全國總會的代表，組成一個全國性的基督教訪問團，於1949年 年底到華東、華中、華北、東北、華南5區，共18個城市，一方面傳達政協會議的經過、成就和中央人民政府有關宗教工作的政策等；而另一方面，訪問團也收集 資料，草擬了《關於處理基督教問題的初步意見》，內容涉及肅清基督教中的帝國主義力量，實現宗教信仰自由，發還教會房產，教會機構登記等問題，並提出各地 幹部侵擾教會的個案，要求政府正視宗教問題處理等。

1950年5月，周恩來總理先後3次接見了 訪問團，指出“今天美帝國主義仍企圖利用中國自己的宗教團體來進行破壞中華人民共和國的活動。‘中國教會’必須肅清內部的帝國主義的影響與力量。提高民族 自覺，恢復團體的本來面目，使自己健全起來。”吳耀宗根據周恩來的談話將《初步意見》修改為《中國基督教在新中國建設中努力的途徑》（以後簡稱《三自宣 言》），定稿後送交周恩來，呈報政務院（後改名國務院）批准。因為他的起草和發表並沒有經過討論，能代表教會的立場，為了獲得廣大信徒的信任和支持，吳耀 宗邀請40位有名的教會領袖人身分共同作發起人，於1950年7月28日，將《三自宣言》連徵求籤名信寄給全國1000多位基督教領袖。

當時中國教會也有不少人反對《三自宣言》， 認為宗教是超政治的，教會最好處於超然地位，不要直接參與政治運動。然而卻沒有人願意草擬文件，以宗教立場談三自革新來反制《三自宣言》的影響。9月23 日《人民日報》刊登《三自宣言》全文，並把第一批簽名的1527名基督教人士的名單公布出來。發表《基督教人士的愛國運動》社論，鼓勵信徒響應宣言。以後 《人民日報》發表《三自宣言》的日子，就成為中國基督教三自愛國運動的紀念日。據1954年最後公布的統計數字，在宣言上簽名的基督徒共有41萬7千多 人，約占全國基督徒42%。1950年6月25日，朝鮮戰爭爆發，10月9日，中國派遣人民志願軍跨過鴨綠江參戰。國內掀起抗美援朝運動，反美情緒高漲， 基督教再次被指責被帝國主義所利用。12月29日，政務院通過郭沫若副總理所作的《關於處理接受美國津貼的文化教育救濟機關及宗教團體的方針的報告的決 定》，具體方針是接受美國津貼的文化、教育、醫療或由政府接辦，或由私人團體繼續經營；救濟機構由中國人民救濟總會全部接辦；宗教團體，改為中國信徒完全 自辦的團體，政府對他們的自立、自養、自傳運動予以鼓勵。同時，政務院頒布《接受外國津貼及外資經營之文化教育救濟機關及宗教團體登記條例》，要求有關機 關、團體依法向政府登記，並報告其工作及經濟來源和使用情況。

1951年1月5日，吳耀宗等26位基督教 領袖發表了擁護政務院決定的宣言。同月，教育部和宣傳部在北京召開處理接受外國津貼的高等學校會議，擬定了處理方案。2月12日，由美國津貼32年的燕京 大學，被教育部接收；聖約翰、東吳、嶺南、華西、金陵、之江、齊魯等大學先後於同年由政府接辦。同時，200多所教會中學、1700多所教會小學也由政府 接辦。1952年高校進行院系調整，大部分被接收的教會學校被分別併入他校，如燕京大學工科各系併入清華，文、理、法科各系併入北大；輔仁大學併入北京師 范大學等。在接收教會學校、醫院的同時，1951年年初，3000多位西方宣教士離開中國，到了1952年底，便所剩無幾了。

1951年4月16至21日，政務院文教委 員會宗教事務處在北京召開“處理接受美國津貼的基督教團體會議”，出席的基督教代表154人，代表31個宗派和26個團體。會議期間舉行了控訴大會，自覺 清算帝國主義的影響，控訴過去的同工。成為日後全國控訴運動的樣板。會議通過了《中國基督教各團體代表聯合宣言》，號召全國基督徒最後地、徹底地、永遠 地、全部地割斷與美國差會及其它國家差會的一切關係，實現中國基督教的自治、自養、自傳，積極參加抗美援朝運動，擁護《共同綱領》、政府的土地改革及鎮壓 反革命運動，檢舉潛伏在基督教中的反革命份子，在各地教會及團體中積極展開對帝國主義份子和反革命敗類的控訴運動，加強愛國主義教育，廣泛地開展學習運 動，提高信徒的政治認識。會議產生了基督教全國性統一的領導機構──“中國基督教抗美援朝三自革新運動委員會籌備委員會”，吳耀宗為主席，正式成為中國教 會的領導人。4月25日，三自籌委會召開第一次會議，通過“普遍展開對潛伏在教會內部之帝國主義分子及敗類之控訴運動”的決議，以回應前一天《人民日報》 題為《開展基督教徒對美帝國主義的控訴運動》的文章。

會議以後，全國各地教會紛紛舉行控訴大 會，1952年9月底為止，全國124個城市共舉行了規模較大的控訴大會169次。控訴內容包括美國傳教士如何利用基督教破壞中國基督教的愛國運動；煽動 基督徒以“超政治”或追求“屬靈”來反對共產黨；宣教士蔑視中國文化、看不起中國教牧人員；宣教士搜集情報，從事間諜活動；控訴中國教會內追隨美國宣教 士、甘心充當美帝國主義走狗的敗類。同時，各地教會在中國基督教抗美援朝三自革新運動籌委會的領導下，進行了愛國主義學習，通過辦三自革新學習班、學習共 同綱領、聽報告、參觀展覽會、觀看電影等形式，使教牧人員認識到三自革新運動的必要性，培養一批骨幹份子，在各地教會中主導三自運動。自1953年8月開 始，所有牧師、傳道人都要參加教牧人員學習班。在基督教出版和神學教育方面，1951年3 月，中央出版總署在北京召開基督教出版會議，規定所有基督教出版社必須以反帝、教會自治為原則，宣傳愛國主義，擁護政府政策，以及不再接受海外資助。另外 成立基督教出版社的聯合組織“中華基督教出版協會”，統一發行工作，由吳耀宗任總幹事，負責委派有關人員審查教會出版物。而建國初期，全國共有五、六十間 神學院，1952年11月，由華東的13 所不同宗派的神學院合併成立南京金陵協和神學院，由國外歸來的丁光訓擔任院長；1953年4月，華北7個不同宗派的神學院又聯合成立了燕京協和神學院。各 神學院必須設立各種政治學習課程，且必須參加黨及政府號召的政治運動。

三自革新運動進行了4年以後，三自籌委會於 1954年7月22日至8月6日在北京召開了中國基督教全國會議。來自全國各地的代表共232人出席了會議，代表62個教會和團體。會議的前7天，完全是 政治學習和討論，由政府有關領導作報告和講話。7月28日，吳耀宗作了《中國基督教三自革新運動四年來的工作報告》，並建議領導機構名稱由“三自革新”改 為“三自愛國”。大會最後正式成立“中國基督教三自愛國運動委員會”，發表《中國基督教全國會議告全國同道書》。通過了中國基督教三自愛國運動委員會簡 章，產生139位委員，吳耀宗當選全國三自會主席。

在三自運動期間，一些持守基要信仰的教會領 袖指斥三自主要領導人如吳耀宗等為主張社會福音的“不信派”，拒絕與他們合作，不參加他們的組織，堅持政教分離原則。代表人物王明道連續發表文章《順從人 呢？順從神呢？》、《真理呢？毒素呢？》、《我們是為了信仰！》，對這些“現代派”進行尖銳批評。而各地家庭聚會也在這時開始迅速增加。

1955年8月，王明道以“反革命”罪名被 捕。10月29日，政府宣布，三自以外任何基督教活動均屬違法，所有三自會管理以外的教會都已構成被捕的理由。同年，廣州傳道人林獻羔與同工、部分信徒被 打成“大馬站反革命集團”被捕。1956年1月，政府宣布破獲“倪柝聲反革命集團”；其實早在主後1952年4月，倪柝聲已被捕，至四年後被提控，指他支 持帝國主義及國民政府、反對民眾運動、敗壞青年、破壞生產、犯淫亂等罪，判刑15年。聚會所改組，正式加入三自會。1957年“反右”運動，三自會副主席 陳崇桂等一大批基督徒因批評政府或幹部而成為右派份子，遭到批判、鬥爭，其中一部份人被押送勞改。翌年“大躍進”運動，全國教牧人員都被送進政治學習班學 習，以後被安排到工廠、農村從事體力勞動或其它工作。結果許多教會無人牧養，三自會於是安排“聯合崇拜”，使教會數量大減。上海的200間教會剩下20 間；而北京原有教會65間，只剩下4間。

1966年，“文化大革命”爆發，全國城鄉 所剩的三自教會全部被紅衛兵衝擊或勒令關閉。在長達十年的時間，中國所有基督教教會和機構都被打倒：教堂被查封，掠奪，聖經和屬靈書刊被當作“四舊”（舊 風俗、舊文化、舊習慣、舊思想）而燒毀；教牧人員和信徒被打成“牛鬼蛇神”，遭批判、鬥爭、關進監牢或押送勞改、流放。

1971年後，雖然教會都關閉了，但這隻表 示有形的教會的關閉，事實上在全國各地，基督教徒透過家庭聚會的方式，秘密聚會崇拜。這種名叫“家庭教會”的無形教會在這段時期茁壯成長。許多人的心靈在 文革中受到創傷，信徒卻願意把福音傳開，成為醫治。此外，信徒在苦難中更加同心。神也興起新一代遊行布道者，信徒熱切起來傳揚福音。

1976年9月毛澤東去世，10月“四人幫”被捕。1978年12月18日，中共中央宣告“文化大革命”已經結束，國家的工作重點轉移到實現“四個現代化”上來。政府對宗教的態度回復到建國初期的情況。