抗戰勝利後， 國民黨因為軍隊遠離戰場一時無法派兵到達前沿， 採取了三種方式同共產黨對抗， 第一， 命令土共不准接受鬼子投降， 第二祈求鬼子不要投降不要放下武器。 第三， 就是對土匪惡霸，漢奸二鬼子封官許願。  特別是東北， 土共留下的火種不多， 百姓對蔣介石的正統心存希望， 一時間東北上校少將滿天飛， 師長旅長遍地走。  初來乍到的八路軍也許沒有料到，流落在社會上的包括偽軍、偽警察、日本軍人在內的這些日偽殘餘，他們秘密地和潛伏在當地的國民黨特務，和土匪武裝相互勾結起來，頻繁地暗殺爆炸等各種恐怖活動。 東北早期同共產黨作戰的土匪多達20-30萬。通化政變就是一次大規模的屠殺行動。 當然 ， 國民黨勾結鬼子的屠殺恐怖活動也招致當地百姓的報復， 形成了日本鬼子念念不忘的大屠殺。
孫耕堯是通化暴亂的核心頭目之一，日偽時期曾任通化地方職員訓練所所長。1944年自辦通化王道學院並任院長，在14年日本奴化思想的浸淫下，孫耕堯積極宣揚，“日滿一家，民族和諧”的思想，熱衷於為日偽政權效力，人稱“二鬼子”。 
而暴亂的另一核心頭目是藤田實彥，化名“田友”，曾任日本關東軍125師團參謀長。日本投降後，藤田實彥逃匿到通化石人礦區潛伏，躲過一劫。1945年 12月，藤田實彥加入國民黨，在通化市民中影響很大，被稱為“帶鬍子的大佐”。  
當年，日本關東軍在《滿鮮方面對蘇作戰計劃要領》中這樣寫道，“即使放棄滿洲四分之三，也要確保通化這個戰略要地”。1945年8月，蘇軍對日宣戰後，大批關東軍主力部隊開始向通化轉移，日本關東軍更是將司令部和滿洲國國都由新京長春遷往通化。通化成了日本在東北的最後堡壘。日本投降後，數以萬計的日本軍人一部分返回了日本，一部分則留在了通化。
據日本人統計，到1945年底，聚集在通化的日本人已經達到22432人。大部分是官員、軍人和商人，還有28家株式會社，幾家醫院、學校和妓院。大量日本人滯留在通化，為後來的暴亂埋下了禍根。
國民黨想利用聚居在通化的日本人，對現實生活不滿和不甘心失敗的心理，發動武裝暴亂。推翻剛剛建立的共產黨政權。在國民黨遼寧省黨部主任李光忱，一手策劃下，由日本和國民黨雙料特務近藤晴雄，從瀋陽來到通化，秘密聯繫了當時任國民黨通化市黨部書記的孫耕堯，傳達了遼寧省黨部關於配合國民黨正規軍，在通化舉行暴動的決定。
1945年12月15日，孫耕堯在國民黨通化縣，黨部成員姜際隆家中，第一次見到了藤田實彥。雙方在討價還價中，孫耕堯向藤田實彥承諾，如果日本人能夠幫助國民黨推翻共產黨政權，事成後將在通化成立中日聯合政府，日後通化的產業開發、建設等相關事宜將交給日本人來經營。孫耕堯開出如此豐厚的條件，藤田實彥當即表示願意合作，用武力把八路軍趕出通化。 
1946年1月22日，通化縣國民黨部骨幹成員，與部分關東軍軍官在孫耕堯家裡舉行了第三次秘密會議。最終決定由孫耕堯、藤田實彥和姜際隆擔任總指揮。並制定了一套完整細緻的作戰方案。暴亂方案代號叫“山與川”，就山上的山，川。暴亂暗號是玉皇山，就在這個制高點。燃放三堆火。 
暴動時間的確定，也令孫耕堯一伙人頗費心思，經過多次反覆商討，最終定在了2月3日的凌晨四點。那天正好是農曆大年初二。趁着八路軍守備空虛，過年時容易麻痹大意的心理，出其不意地發動閃電戰術。春節將至，此時的通化百姓正在為置辦年貨而忙碌着，他們全然不知暴亂分子，也在緊鑼密鼓地秘密籌備，暴亂所用的軍需物資，包括糧食, 錢. 當時李光忱給拿了大概是二十多萬。還有一部分那就是從各個人手裡拿的，當時我記得日本關東軍在這裡，有個最大的一個中將，中將叫今利龍雄好像叫這麼個名字，他家屬這塊兒，他拿很多錢，同時他家屬還發動了和他一起的人，還拿了不少錢。通化縣國民黨部還徵集了50輛馬車和3000噸食品。根據日軍方面提供的信息，暴亂分子還在通化周邊地區，取出了關東軍秘密埋藏的槍支彈藥等軍需物資。
為確保暴亂行動萬無一失，指揮部要求各電台通訊聯絡，一律改用密碼收發。遼寧省國民黨頭目李光忱，還提醒藤田實彥，暴亂開始後“要化妝，走三步一回頭，拐彎抹角朝後看”等等。

管八路軍在暴動前，幸運地得知這一情報，但當時大多外出剿匪，城內兵力空虛，只有500多人分別把守着十幾個重要地點。有些地方僅有區區幾十人，形勢岌岌可危。以日本關東軍為主組成的各路突擊隊，在武士道精神和復仇心理的驅使下，手持機槍、步槍，揮舞着戰刀一路吼叫着，分兵數路向共產黨所占領的重要目標，發起了瘋狂地衝鋒。 
面對數倍於己的敵人，處於被動的八路軍冒死抵抗，戰鬥打得異常慘烈。

關東軍衛生部隊的殘忍。抗戰勝利後，關東軍衛生部隊投降並表明願意為中國軍隊和市民提供人道救援後，八路軍將這支130人的衛生部隊成建制地保留了下來。不料後來這支部隊在暴動中成為骨幹並殘忍地用手術刀等醫療器械將中國軍隊的傷員統統挑死。在這所野戰醫院被制服後，醫院部隊長柴田久中尉被處決。據中國參戰人員和日本生還者描述，中國人殺紅了眼，凡是口令答不上來了的，上去就是一槍。凡是躲在洞裡或隱藏起來的，二話不說，手榴彈就扔進去了。凡是躲地窖里的，統統堵死出口和通風口，一律活埋。日本人戰後抗議了很多次， 這也是唯一一個日本人控訴中國人要求國際上主持公道的事件，在蔣介石時代一貫是中國人控訴日本人要求國際上主持公道， 所謂孫立仁活埋日本俘虜不過是中國百姓編造的故事，從來沒見日本人真正抗議過。
日本人奧佐後來在《從望鄉到友好》一書中，這樣寫道，世界像凍結了一樣，我在寂靜的大道上走着，到處可見日本人的屍體。
當時很多日本人實際上是老百姓殺死的，回想起這些依然傲慢兇殘的日本人，特別是在他們投降後，將大量儲備的棉被、軍服和糧食，統統焚燒掉，甚至將沖入火中搶奪食物的百姓，打死打傷的慘狀。老百姓正是懷着強烈的復仇心理，與這些日本人展開了肉搏戰。 
所以群眾自己也出來了，拿着鎬，拿着鍬，群眾自發地把日本人也是殺了不少，也給打死不少。
正當八路軍拼命抵抗之際，一支由朝鮮義勇軍組成的增援部隊，終於趕到，他們從背後猛攻暴亂之敵，逐漸扭轉了八路軍被動的局面。很快，堅守在各個陣地的八路軍，便傾巢而出，與增援部隊一起對暴亂分子形成包夾態勢。除少數逃竄外，大部日本人被殲滅。 
第二天早晨，說是看看怎麼回事呀，打完仗了。一看老百姓發現那河裡面死屍不少，就是他們打死的人，都推到那個二道河子，就新華橋的上下。當時百姓窮天氣冷，老百姓一看有衣服就扒了，剩下的屍體如同白條豬，一河裡頭，河裡都是。那後來政府出面調集 老百姓的大車，白條子往車上一裝，像白條豬似的，裝完拉到江南，冰窟窿里拉倒了。 
解說：中日雙方對死亡數字所記載的相差甚遠，但最保守的估計約有一千八百多日本人，在這場暴亂中喪生。大部分死者赤條條的被老百姓和朝鮮士兵仍進渾江里進行“水葬”。
當時天特別冷，通化當時不想現在，現在通化冬天最低氣溫也就二十多度。當時通化最低氣溫大概，當時二三事件那年能有零下三十多度以上。
所以這一千八百多人，你如果要想上山去刨，去埋，就是實行咱們所謂的用土葬的辦法，那是不可能的。因為三十多度，用鎬上刨，一刨一個點，這是不可能。
所謂火葬也不可行， 火葬需要煤和柴火， 東別的冬天柴火就是生命，八路軍進駐通化以後，長時間的糧食煤和柴火也很緊張， 所以水葬也就是為宜可行的辦法了。
組織發動這場暴亂的通化國民黨部的骨幹和一些土匪幾乎沒有一個人參加戰鬥，暴亂發生後，他們有的都躲在家裡“坐山觀虎鬥”，如一算盤是如果日本人打贏了，那麼他們就出來，就當新成立的通化市這官和那官的，日本人敗了他們就則倉皇出逃。
暴亂平息後，八路軍宣布全城實行戒嚴，打掃戰場，集中戰俘。同時，抽調精幹部隊，在全城進行整整兩周的地毯式大搜捕，清剿潰散在逃的暴亂分子。
有個姓倪的，倪震邦，原來礦務局的。過年，大過年都上老老百姓家打麻將。倪震邦呢，沒跑了，叫八路軍逮去了。也沒打也沒罵就是審查，後來第二早晨了，說是他說我家就在城後，倪家大院，就是我家。可能就派人去調查了，調查完就把他放了。
當時的做法是抓完以後就得審問，審問內容就是你是被迫的還是主動參與的， 凡是被迫的就放了。當場釋放的日本人就有八百多名， 讓後來的中國糞青們嘆息不已，咋就沒有殺光了。 大概是年代的共產黨被別人殺的太狠，自己實在不願意殺他多人。
暴亂的策劃者和主謀者無一漏網，根據審訊日本戰犯和國民黨特務的筆錄，在全城大搜捕中，八路軍抓捕了一百多名日本暴民和幾百名躲在家裡，等待勝利消息的漢奸和特務，最後槍斃了100多名通敵縱敵者。

孫耕堯的死頗具戲劇性，暴亂發生後，被關押在分省委大院的孫耕堯揚揚得意，他堅信共產黨在通化區區的軍事力量，會很快被日本人擊潰，他甚至要求這些共產黨人趕快投降，負責審訊的中共分省委書記吳溉之，為了避免孫耕堯等人趁亂逃跑，便下令將這些要犯就地槍斃。槍響後，唯獨孫耕堯沒死，大概是因為天黑，或者是小戰士聽槍一響心情緊張， 反正孫耕堯當時沒死，所以後來又斃了一次。 
當然，共產黨殺人的時候，特別是“罪大惡極“的首領一般都不會草草砍頭，而是要開公審大會， 要讓百姓上台控訴，一般匪首看到自己製造的寡婦孤兒殘廢后，在死前都會認罪。 比如說暴亂的日方頭目藤田實彥，是在全城大搜捕中，第七天被特工人員從日本商社的一棟住宅閣樓中發現，同時被捕的還有29名參加並阻止叛亂的日本鬼子。藤田實彥在通化“裕豐厚”商店臨時搭建的展覽台上不斷地向參觀者懺悔，直到 1946年3月14日羞愧而死 ，這天恰巧是他的生日。 可以說通化死掉的日本人確實要找他算賬， 他的羞愧懺悔應該不光是被殺害的中國人。

主謀分子的下場     暴亂核心人物一是原關東軍第125師團參謀長藤田實彥大佐，二是漢奸國民黨通化黨部主任孫耕堯。
   孫耕堯暴亂前因機密泄漏被八路軍事先逮捕，審訊後被判死刑立即執行。不料因為凌晨暴亂已經開始，電路被切斷，行刑戰士黑暗中沒有擊中孫耕堯。等到天亮時，暴亂潰敗，八路軍返回駐地發現孫耕堯等暴動頭目均活着，遂補槍擊斃所有罪犯。
   藤田實彥則是在全城大搜捕中第七天被民主聯軍從日本商社的一棟社宅閣樓中發現，同時三十多名日本人被捕。八路軍在槍決所有日本主謀者的時候，唯獨留下了藤田實彥的活口，五花大綁下讓藤田實彥在展覽會向所有參觀者和遊人反反覆覆地承認罪行。每見到日本人來參觀，藤田實彥都會鞠躬謝罪：“真對不起了，真對不起了。”最後藤田實彥羞憤成疾病死在通化民眾醫院。 藤田實彥對日本人說對不起是由衷的，正是因為他在通化日本人中的威望和地位，以及他對形勢的錯估，堅持聯合國民黨幫助國民黨奪取通化政權，最終導致暴亂失敗後，在通化的所有日本男人都遭了殃。而以害盟友，坑把兄弟著稱的國民黨又坑了一次日本鬼子， 估計給蔣介石出謀劃策的崗村寧次不會知道通化慘案的真相， 或者是知道了真相故意給蔣介石出餿主意。