18世紀上半葉，中亞形成了布哈拉、希瓦、浩罕3大汗國三足鼎立的格局。其中，依託綠洲農業和手工業發達的費爾干納盆地而崛起的浩罕汗國（烏茲別克人為主體），雖然政權建立時間較晚（18世紀初），但在當時的中亞卻堪稱“地區小霸”，一度稱雄整個錫爾河流域。

　　浩罕領土大都通過武力擴張，併吞弱小部族和侵略鄰邦攫取而來，其中也包括中國。原本二者並不接壤，也沒有很緊密的聯繫，直到1759年清朝平定準噶爾、回部之亂，在追討叛軍餘部的過程中兵臨浩罕邊界，雙方才正式“搭上線”。

　　起初，浩罕統治者還想跟清軍干一仗，但懾於後者軍威沒敢找事，遂遣使向清朝稱臣納貢（註：英國人包爾傑所著《阿古柏伯克傳》一書甚至認為，1758和1760年清軍曾2次進入浩罕，並攻陷2座重鎮塔什干、浩罕，迫使浩罕汗國臣服）。次年，乾隆帝發下冊封敕書，綿亙百餘載的清浩宗藩關係就此確立。

　　從乾隆二十四年（1759年）至道光元年（1821年）的半個多世紀裡，浩罕對於清朝總體上比較恭順，其遣使喀什噶爾（今喀什，當時駐有清朝處置中亞事務的機構、參贊大臣和駐軍）超過50次，另有至少9次派使團遠赴京城覲見清廷。之所以如此，一方面由於這段時期清朝國力還比較強大，另一方面則是因為朝貢體系（清朝對宗藩普遍免徵貿易稅）給浩罕提供了牟取巨額商業利潤、壯大自身實力的天賜良機。

　　19世紀以前，浩罕也曾試圖侵占中國領土，比如1762年向清政府提出“以喀什噶爾嶺為界”的無理要求，但遭到乾隆嚴厲斥責，浩罕統治者感覺惹不起清朝，只得暫時收斂野心，將侵略矛頭轉向西方。

　　浩罕早期僅占據安集延、浩罕等4城，人口不過6萬餘戶，但其軍隊素以驍勇善戰著稱，特別是安集延士兵被譽為“能夠以一當百”。經過數十年軍事征服，到19世紀前期，浩罕國勢日臻極盛，版圖北抵錫爾河下游，西至錫爾河左岸，南與英屬印度接壤，向東則通過鯨吞原屬清朝宗藩的布魯特（吉爾吉斯族）、哈薩克各部，侵占了巴爾喀什湖以南和西南的大片中國領土（包括伊塞克湖及周邊地區），治下人口達百萬之眾。

　　與此同時，清朝卻自嘉慶時期開始衰落，對西北疆域的控制力、影響力都在減弱，這就給了浩罕繼續向東入侵以可乘之機。另外，浩罕統治者長期收留、豢養乾隆年間逃亡的回部叛軍頭目（即大小和卓）後裔，清廷在招撫失敗的情況下，竟然花錢（按英國人記載是每年“獎賞”價值2250至3500英鎊的銀兩）讓浩罕方面“監視”和卓家族。

　　這種花錢消災的做法雖暫時奏效，卻讓浩罕統治者對清廷的態度更加驕橫，更埋下了後來和卓後裔南疆作亂30餘載的禍根。靠着手中這張“王牌”（和卓後裔），奇貨可居的浩罕汗國在天山南北獲得了近乎壟斷地位的貿易特權，浩罕商隊在南北疆做生意，不僅來往貨物基本免稅，還通過“包銷”（浩罕汗國控制了中亞至南北疆的商道）其他地區商品大發利市。

　　經過多年經營，至道光皇帝即位時，喀什噶爾城內的浩罕商戶已達3500至5000人，並藉助與當地人通婚形成一股強大勢力。更有甚者，從嘉慶年間開始，浩罕統治者就不斷要求向喀什噶爾派駐所謂“商務監護官”，企圖騙取清朝西北邊疆關稅權。而當清廷予以拒絕後，浩罕統治者便決定利用和卓後裔張格爾等人為先導和鷹犬，武裝入侵南疆。

　　1820年，浩罕愛瑪爾汗指使張格爾糾集300多人竄犯喀什噶爾以西的清軍哨所，殺害官兵15人，後遭清軍大部隊追剿，張格爾只帶20餘名殘匪逃回浩罕。清政府查明浩罕系幕後推手，但為避免雙方直接衝突而息事寧人，也沒採取有效措施加強邊防。

　　過了4年，新上台的浩罕瑪達里汗再次支持、慫恿張格爾連續3次進犯喀什噶爾。前2次沒有得逞，但清軍也付出沉重代價，特別是1825年夏，幫辦大臣巴彥巴圖等300餘名官兵在進山搜捕叛匪時被圍陣亡。

　　道光六年（1826年）6月，張格爾又率500餘人進犯南疆並拜謁其先祖墓地，得到大批回部信眾（白山派）相迎，叛軍氣焰陡漲，規模擴至萬人。當時清軍在整個南疆只有約4000人馬，領隊大臣烏凌阿、穆克登布抽調千餘官兵迎戰叛匪，卻因寡不敵眾而先勝後敗，烏凌阿、穆克登布皆戰死疆場。

　　形勢由此急轉直下。張格爾乘勢分派手下進攻英吉沙爾（今英吉沙縣）、葉爾羌（今莎車）、和闐（今和田）、阿克蘇諸城，並焚毀沿途清朝驛站、軍台，導致從6月20至26日，僅一周時間清廷與上述4城的文報聯繫即告中斷。6月22日，張格爾攻破喀什噶爾回城（回部居民為主），緊接着掉頭大舉圍攻喀什噶爾滿城（清朝辦事機構、駐軍所在地）。參贊大臣慶祥親自督陣堅守，多次殺退圍城之敵，雙方一時陷入僵持狀態。

　　為防夜長夢多（擔心駐伊犁清軍來援），張格爾以豐厚戰利品和割讓城池為條件，向浩罕瑪達里汗“借兵”。後者對人口數十萬、富得流油的喀什噶爾垂涎已久，馬上帶兵1萬趕到前線。但沒想到這段時間裡，因回部群起響應，叛軍猛增至10餘萬人，加上探得清朝援兵短期難以到達，張格爾又變卦不想跟瑪達里汗“分贓”，結果二者翻臉。

　　怒火衝天的瑪達里汗一邊大罵張格爾白眼狼，一邊“自求富貴”，指揮部隊攻城，張格爾則作壁上觀。浩罕軍隊連續發起4次進攻，傷亡千餘人，城下屍體堆積如山，也沒能拿下喀什噶爾滿城。瑪達里汗平生未遭此慘敗，痛哭流涕着帶領殘兵敗將撤退。張格爾瞅准這個節骨眼半道“截胡”，將2000餘名浩罕軍人收作麾下親兵，進一步增強了叛軍實力。

　　1826年8月25日，被圍近70天的喀什噶爾滿城終因彈盡糧絕被攻破，清朝參贊大臣慶祥率部巷戰，力竭自盡殉國，所屬官員皆死於亂軍之中，和闐、英吉沙爾、葉爾羌3城也先後陷落。竊據南疆4城後，張格爾縱兵搶掠燒殺，不但將民房、衙署焚毀，還把當地積蓄60餘年的官私財富搜刮殆盡並運往浩罕。

　　邊警傳來，清廷很快做出反應，於當年7月從全國選派精兵強將組建平叛大軍。整個平叛戰爭中，道光先後從吉林、黑龍江、四川、陝甘和北疆等地抽調3.6萬官兵出征，並籌集1116萬銀兩用作軍費。史載，當時清軍每月耗糧1.5萬石，運費高達10多萬銀兩。都說道光“摳門”，但在收復西北這個重大問題上，前者絕對是個明白人。

　　1826年10月，集結完畢的清軍在揚威將軍長齡、陝甘總督楊遇春和固原提督楊芳指揮下，兵分3路向喀什噶爾進軍。楊芳率6000精銳一馬當先，晝夜兼程穿越戈壁天險。1827年2月，短短8天內楊芳就指揮部隊3戰3捷，以少勝多殲滅數萬叛軍。

　　1827年2月底，清軍主力進逼喀什噶爾，張格爾率10萬之眾在城郊渾河南岸列陣20里據守。3月1日，楊芳趁夜間颳風起霧，派騎兵在河岸活動迷惑對手，同時帶領大部隊從上游偷渡，一舉突破叛軍防線。此役殲敵超3萬，不僅收復了喀什噶爾，還擒獲包括張格爾之侄等叛軍頭目在內4000多名俘虜。

　　得知張格爾已逃走，清軍馬上分兵追擊並收復另外3座重鎮。1827年7月下旬，鑑於遠征追剿勞師無功，清軍主力撤回內地，留下楊芳領兵8000屯邊警戒。當年12月，楊芳打聽到張格爾妄圖捲土重來的消息，遂將計就計，誘敵深入。12月27至28日，楊芳率精兵疾馳300里，最終將叛軍500餘人（都是騎兵）聚殲於喀爾鐵蓋山，並生擒張格爾。

　　但麻煩並沒有到此結束。因痛恨瑪達里汗支持張格爾，清廷在平叛獲勝後對浩罕實施經濟制裁和封鎖，結果引發後者新一輪武力報復。1830年9月，浩罕組織了一支3萬多人的侵略軍入侵南疆，圍攻喀什噶爾、英吉沙爾、葉爾羌等城。但沒等清軍主力趕到，浩罕統治者就因本土遭布哈拉汗國入侵而提前撤軍。

　　敵人突然撤走，清廷上下一片譁然，圍繞是戰是和爭論不休。最終，深感國庫空虛的道光帝選擇了議和，而浩罕統治者也不願兩線作戰（同時對付布哈拉和清朝），於是雙方一拍即合。1832年議和後，浩罕不僅從清政府手裡拿到了通商免稅和“商務監護官”任免權（等於霸占清廷關稅），獲得了發還被查沒財產等經濟補償，還通過在喀什噶爾派駐類似領事的外交代表（管束浩罕僑民），得以在南疆享有實質性的治外法權。而此舉對中國主權和領土完整的破壞，比後來簽署的中英《南京條約》整整早了10年。