雍正跟年羹堯的私交非常好，並且給予了年特殊的榮寵。雍正認為有年羹堯這樣的封疆大吏是自己的幸運，如果有十來個像他這樣的人的話，國家就不愁治理不好了。平定青海的叛亂後，雍正極為興奮，不顧有失至尊的體統，說年羹堯是自己的"恩人"。雍正還要求世世代代都要牢記年羹堯的豐功偉績，否則便不是他的子孫臣民。

    雍正曾經對年羹堯說："朕不做一個出色的皇帝，就對不起你如此地待朕；你如果不作英武超群的大臣，就不能回報朕對你的知遇之恩。但願我們兩個能給後人做千古榜樣。"

    然而，此時的年羹堯，志得意滿，完全處於一種被奉承被恩寵的自我陶醉中，進而做出了許多超越本分的事情，最終招致雍正的警覺和忌恨，以致家破人亡。

    雍正二年十月，年羹堯第二次進京覲見雍正。在赴京途中，他令都統范時捷、直隸總督李維鈞等跪在道旁迎送。到北京以後，迎接他的王公以下官員也都跪在路邊，年羹堯安然坐在馬上，看都不看一眼。王公大臣下馬向他問候，他也只是點點頭而已。甚至他在雍正面前，態度竟也十分驕橫，要求雍正獎賞軍功，整治阿靈阿等人。這大大刺傷了雍正的自尊心。

    年羹堯回任後，即接到了雍正的諭旨，上面有一段論述功臣保全名節的話："作為人臣，建立功業很容易，但是守住這份功勞難；守住功勞容易，畢生持之以恆難。歷史上有很多例子，功臣卻倚功造過，結果導致帝王反恩為仇，這在人的性情中常有。"在這個硃諭中，雍正改變了過去嘉獎稱讚的語調，警告年要慎重自持。此後年羹堯的處境便急轉直下。

    兩年以後，雍正暗示下的朝廷議政大臣向雍正提交了年羹堯的九十二款大罪，請求立正典刑。雍正說，其中應服極刑及立斬的就有三十多條，但念及年羹堯功勳卓著、名噪一時，"年大將軍"的威名舉國皆知，如果對其加以刑誅，恐怕天下人心不服，自己也難免要背上心狠手辣、殺戮功臣的惡名，於是表示開恩，賜其獄中自裁。年羹堯父兄族中有官職的全部革職，嫡親子孫發遣邊地充軍，家產抄沒入官。叱咤一時的年大將軍以身敗名裂、家破人亡告終。