方舟子這篇《肖氏法院》緣由如下。若干年前，肖傳國教授指控方舟子的一篇科普文章抄了《科學》雜誌一篇英文論文。這個指控，經將方舟子的中文文章與英文論文逐句比較，確實成立（相關的比較可見亦明所著《方舟子惡鬥肖傳國》一書）。另外，有人指控方舟子確實有“抄”的習慣（參見，《方舟子抄襲潁河》）。可以說，肖教授對方舟子的指控並非誣告。

後來，方舟子多次批判肖教授作假。除使用大量貶低詞句外，方舟子的主要事實指控是：（1）肖教授用“用集會摘要冒充論文”， 在簡歷中“玩掩眼法”，並說肖教授20年中在國際刊物上揭曉的論文只有4篇，被引用總共只有9次；（3）“肖氏反射弧”是自吹自擂的，“在海內醫學界也沒有得到認可”；（2）肖教授同時在美國的紐約大學和華中科技大學任全職，腳踏兩隻船（因此沒有資格當中國科學院院士）。

對此，肖傳國在武漢市江漢區人民法院起訴方舟子，指控方舟子損害他的名譽權。2006年，江漢區人民法院經取證審判後，判決肖傳國獲勝，責成方舟子在判決生效後15天內刊登聲明向肖傳國賠罪道歉、並賠償肖傳國精力損害撫慰金3萬人民幣。

方舟子不服上訴，並向法院提供了支持他的《473名海內外知識分子關於肖傳國訴方舟子案的公開信》（此信因沒有簽名，被視為不可信證據）。武漢市中級人民法院維持原判。根據網上公開的判決，判決考慮的證據（原始文件的拷貝）包括：（1）肖教授揭曉論文有93篇；（2）肖傳國發現“人工體神經器官—內臟神經器官反射弧”（肖氏反射弧、肖氏手術）被列入國家衛生部刊行的高檔醫學院教材和國際泌尿外科權威教科書CAMPBELS UROLOGY；（3）肖教授於2003年與2005年，兩次獲得JACK LAPIDES尿流動力學和神經器官泌尿外科研究特等獎（附該獎為權威獎項的洋基金、洋教授證明）；（4）肖教授獲251萬美元NIH研究資金的證明（附NIH對肖反射弧的評價）；（5）紐約大學證明肖教授為兼職而非全職的證明；如此，等等，等等。

方舟子在終審判決之後不知有沒有按判決刊登道歉書，但是顯然沒有繳納賠償金（具體經過，在亦明書中有詳述）。後來，武漢法院從方舟子配偶的賬號上取走了判決裁定的3萬元（再加利息等）。這才引發了方舟子這篇《肖氏法院》。

在美國的司法系統下，法庭極具權威。當年，美國最高法院判總統競選不得再重數票數，戈爾也不敢說那是“布什法院”。如果美國法庭判決一方在限定時間內作出賠償，而後者沒有執行，就可能視為藐視法庭，最終可能因“民事藐視”（Civil contempt)而坐牢。加州有個叫RICHARD FINE的70歲律師大肆揭露加州法庭的“黑幕”，被法院吊銷律師執照並判繳納幾萬美元律師費，該律師拒絕交錢，於2009年被打入大牢，在牢裡呆了1年多，他上訴到美國最高法院也被駁回。按加州法院的說法，FINE律師出獄的鑰匙在他自己手裡：交錢不就得了？在另一個案子中，一位男士離婚後拒絕繳納法庭裁定的金額給其前妻，在牢裡呆了幾十年。最高法院的一位法官就此判決道，既然他寧願坐牢也不願交錢，如果放了他豈不是讓他鑽了法律的空子。

將“肖傳國v方是民”案與美國的案例對比，我們可以結論，中國法院的權威還得大大的增強才能完善法治。