明代是回族最終形成時期。因為從某種意義上講，伊斯蘭教中國化的過程就是回族形成的過程。而明代的伊斯蘭教已經徹底完成了中國化的進程，使回族在中國本土上孕育成長了起來，形成了一個有着異域風格的新型民族。

進人明代以後，回回人經過數幾代人在中國本土上的繁衍生息，受文化、地理、氣候等環境的長期影響，通用的語言中夾雜着大量波斯、阿拉伯語詞彙的漢語。此外還有經堂語、回輝語、康家語、河州話也是回族獨有的語種。 長期經商的回國人也開始有了長期穩定的居住區域，常常聚寺而居，共同生活在一起，這些穩定的居住區域，並不象其他古老的民族那樣，共同孤立地生活在同一個廣闊的地理環境中，而是以一個或幾個村子，一條或幾條街道為共同的居住區域，在這一區域中必定有一個或幾個清真寺，由於有了共同的居住區域用麼才有可能形成共同以清真寺為核心的社區文化，而這個文化就是中國特色的伊斯蘭文化，是回族文化，即聚寺而居是回族人民正常的生存權利。 “天下回回是一家”、“回回見面三分親”、“黨護族類”、“行賚居送，千里不持糧”、“同類相遇則親厚”、“固守其俗終不肯變”、“回回的親甘草的根，越挖越深”、“回回的親，打斷骨頭連着筋”、“回女不外嫁”……等等，這些都是古人對整個回族群體特徵習俗的描述，一直沿襲至今，代代不息。回族風俗習慣的約定能夠保存至今，也說明了一個新的民族這時已經完全成熟。

由於時代是回族發展、壯大、定型的時代，所以這一時期有非回族人士融人回族。包括後期來華原籍為阿拉伯、波斯、西域突厥諸種回回。寄住回回，是指僑居的外國穆斯林，他們往往以“貢使’”形式進入中國，使團成員多達數百，有的貢事完畢返歸本國，有的則僑居或定居中國，比如永樂間蘇祿東王病逝山東德州，其子守墳，成為德州北營村回民的主要先祖。這時的開封猶太人也因不食豬肉與回族習俗相似已有一部分開始融人回族。與元代相比，明代回族人已沒有了優待身份，興盛發達時期已過，明朝廷對回族的政策是高壓，比如朱元漳曾禁止蒙古色目人更易姓氏，限制回族人本族通婚，採取強迫同化政策（只是局部短時間）。但是明代也是與回族人關係比較密切的朝代。這不僅僅因為回族民間有“十回保一朱”的說法，認為明朝江山是回回打下來的，而且有朱元漳御製“至聖百字贊”流傳下來，再加上明皇室確有修建清真寺和保護清真寺宗教職業人員的諭旨，另外，武宗還禁止百姓養豬，並在評論諸教時也說過：“儒者之學，雖可以開物成務，而不足以窮神知化。佛老之學，似類窮神知化，而不能復命皈真。蓋諸教之道皆各執一偏，惟清真認主之教深原子正理，此所以垂教萬世，與天壤久也”以天方至聖實錄》卷二十二人對伊斯蘭教評價頗高。再依據其他許多史料，有的中外學者甚至認為朱元璋本人就是回族，明王室信仰伊斯蘭教。說朱元漳是回族，明王室是否信仰伊斯蘭教還存有爭議，但說朱元璋和明王室與回族關係密切卻是沒有爭議的。因為學術界一致的看法是朱元璋的馬皇后（馬秀英）本人就是回族，開國元勛多為回族，七下西洋的鄭和也是回族，另外，明朝皇帝的近衛軍也有很多回回，有史書記載：“豹房，多回人。” 所謂豹房，就是大內高手雲集的地方。明朝王室的很多政策並非是歧視回回，而是出於國家統一和安全考慮。武宗也曾納回回女為妃，在回人遍天下的時代，回族人在皇宮內院很多，因而皇室家族是否會在某些方面保留一些回族習俗甚至信仰伊斯蘭教也是完全可能的，這也可以回答明史上的許多史料疑點，同時也說明了伊斯蘭教和回族人在明代社會，尤其是明皇室中確有很大影響。當時在中國遊歷的西域旅行家詳細記載了明朝王室的伊斯蘭宗教生活習俗，這些記載後來保存在奧斯曼帝國的皇家檔案機構中。有待日後考證。

在明代，許多傑出的回族人物脫穎而出。開國功臣有胡大海、馮國用、馮勝、常遇春、沐英、藍玉、丁德興等人，並出現了回族歷史上第一個反侵略的英雄麻英，他曾在日本人侵朝鮮時赴朝作戰，西北戰場上則有抗擊蒙古的達雲等戌邊名將。有明一代，最知名的當推著名的航海家鄭和，剛直不阿的著名政治家、清官海瑞、反封建禮教的著名思想家、文學家李費，都以其傑出的成就顯示了明代回族文化人的檔次和水平。回族官員除海瑞以外，還有任兵部尚書和吏部尚書的馬文升和清官孫繼魯。文化名人還有丁鶴年、馬自強、金大車、金大輿、馬繼龍、閃繼迪、馬上捷、馬錦等。值得一提的是，回族傑出的伊斯蘭學者在這時湧現。除了經堂教育創始人胡登洲外，還有以漢文譯著聞名於世的王岱輿、張中、伍遵契等人，他們的眾多著作對中國穆斯林社會的影響十分深遠。在科技方面，回國曆仍然是明代主要曆法，與大統歷參用，陳友、趙榮先後主持過京城一些建築項目，回回炮則演變成“金眼回回”，並被封為“大將軍”號。