中科院的新中心大樓不用“華羅庚”這個眾志成城的名字，而由丘力主，讓丘的朋友出資幾百萬冠以朋友的“思源”的大名。1998年，正值中國數學會申辦2002年ICM（國際數學家大會）主辦權的關鍵時刻，丘採取了另搞一套的做法，倡議成立“國際華人數學聯盟”和召開ICCM（國際華人數學家大 會），同中國數學會爭奪領導權。
中國數學會曾就此事同丘成桐協商，希望團結一致共同把申辦工作和ICM大會的籌備工作搞好。但丘傲慢而愚蠢地加以拒絕。說他愚蠢是因為他完全不懂IMU（國際數學聯盟）的規章，申辦和主辦都必須由所在國的數學會與IMU合作進行。換言之，他另搞一套的做法根本行不通。
但是丘藐視中國數學會的態度立即造成中國數學界的混亂，並引起大多數中國數學家的不滿。由於申辦和舉辦 ICM已被認定為國家行為，中央十分重視，由科技部下達正式文件，表明：不宜成立“華裔數學家聯盟”以及希望丘成桐教授採取某些適當的方式推遲華裔數學家大會（ICCM）的召開。對此丘採取了激烈的對抗，策動香港數學會代表在會上提出把舉辦地點從北京改為香港的動議。當時的香港代表及時向當時的中國數學會理事長馬志明院士透露了丘成桐教授的計劃。在了解了事實真相後他表示香港數學會將同中國數學會保持一致，決不做損害國家利益的事。會議最終以壓倒多數通過 ICM2002在北京舉行的決議，丘的計劃遭到挫敗。為此丘斷絕了與該香港教授的關係，並對之多方打擊報復。在中國數學會領導下和全國數學家的共同努力下，ICM2002在北京如期召開並取得了巨大成功。在這過程中丘採取了不合作的態度，拒絕中國數學會多次邀請，堅決不參加大會。
馬志明院士是繼陳景潤之後得到在蘇黎世舉行的世界數學家大會45分鐘報告邀請殊榮的中國數學家（同時受邀的還有張恭慶院士）。當時，馬院士在科學院內部眾望所歸，除了他大家甚至找不到可以擔任中科院數學院院長的合適人選。可是，由於在北京舉辦世界數學家大會的過程中馬志明得罪了丘成桐，丘成桐和楊樂在中科院大打大鬧，影響極壞，要求其他人出任這個數學院院長的職位。馬志明心灰意懶，遂把這職位交給自己都沒做好準備的郭雷。經歷了文革嚴霜的中國數學界剛剛恢復了一點元氣，丘成桐和楊樂醞釀的政治戰爭又開始了。
