最近，我和seasea對基因概念及其他觀點有不同地理解，進行了針對性的討論，實際上大家發現目前的基因概念不夠完整和嚴謹，有待於更新，這裡我將討論匯總，歡迎各位提出你們的看法。

1.基因概念的差異

seasea 說：“今年ENCODE　PROJECT發表重訪1%人類基因組序列之後我覺得“基因”這個概念或許應該這麼解釋：基因就是包括調控和得到轉錄的一段核酸序列。”他將MicroRNA、反義RNA等非編碼RNA算獨立基因。

而我的基因定義是這樣：基因的概念包括編碼蛋白多肽和獨立功能性RNA的編碼核苷酸序列以及啟動子、增強子、Micro等附屬的表達調控性序列。在我的概念中，MicroRNA、反義RNA等算附屬調控序列，不算獨立基因。

2.混淆的概念

Seasea開始提出選擇性剪接算不同基因，我舉了兩個果蠅的基因DSCAM和ParA,存在數萬個以上的選擇性剪接產物，大多數人認為還是單個基因，他已經同意這個觀點。

但他還是混淆了選擇性剪接（alternative splicing)和選擇性轉錄(selection of tranxxxxional start site)兩個概念。選擇性剪接是初始mRNA轉錄後加工，是選擇性的內涵子切除過程，與轉錄因子無關，選擇性轉錄才與轉錄因子有關。

seasea對兩個概念的混淆反映在這兩段話中：

"目前很多所謂的“選擇性拼接”中有多少其實正是由於轉錄因子選擇了不同的調控序列所致。”。“若這些產物只是選擇性拼接而來，可視為同一基因，畢竟它們都利用了相同的調控序列。而我特別指出的是，目前很多“選擇性拼接產物”實為“選擇性轉錄產物”，利用了不同的調控序列，那麼它們是不同的基因。

3.基因總數的不同觀點

實際上我們對基因概念的不同導致的，但目前科學家討論人的基因數目時通常都說20000-30000個，我持此觀點，因此認為方舟子計算出人牛融合細胞的基因比例為0.1%沒什麼錯誤。

而seasea認為：ENCODE　PROJECT的研究結果是“一重大遺傳學進展”，“今年之遺傳學已經不是去年的遺傳學”。基因總數目前不可估計，方舟子的計算是錯誤的。

在我看來，這些只是一些基因概念的新提法，是否能否被多數人接受，有待數據積累和經受時間的考驗，但他卻認為其他基因概念都是過時的，不對的。

另外，seasea 說“至於我為何十餘年前翻來覆去地想GENE的定義，那是因為當時我發現轉基因植物往往轉的並不是“基因”，而是一段核酸序列，當時就在想，這個“基因”應該就是一段得到轉錄的核酸序列。而至於後來將調控序列也列入基因的一部分，則歸功於今年ENCODE　PROJECT的研究結果，並結合到自己多年來研究中發現的與選擇性拼接有異的現象，其實就是選擇性轉錄。至於人基因組編碼的基因數目，如果你能斬釘截鐵地告訴大家，我只好說又一個方舟子誕生了。”

他將調控序列歸於基因的概念認為是“ENCODE　PROJECT的研究結果”和他“自己多年來研究中發現的與選擇性拼接有異的現象，其實就是選擇性轉錄”，我認為選擇性轉錄和調控序列歸於基因不是很新的概念。

還有一些其他觀點，我們有不同意見，他挑了我一些字誤，比如我對人類基因數的估算“2450+3+40=25000 ”，實際應為24500+3+40 約為25000。

開卷有益，理性討論也有益，有些分歧，5-10年後再看吧。

2007-10-1

以下是seasea的原話，供參考

"我提供的文章只不過是一篇綜述，而其相關文章有數十篇陸續發表在GENOME　RESEARCH上，基本上每篇都用到了不同的生物信息學方法進行相互校正，最後的結果還是由試驗驗證（諸如RACE，MICROARRAY，CHIPONCHIP等等）。寫這篇綜述的幾個作者很可能不是搞生物學出身的，有些句子極其晦澀，讀不大通。但他們將ENCODE　PROJECT對1%人基因組序列的分析進行了一個綜合，難度也是相當大的。我囉嗦一堆實際上是對“基因”這個概念的外延進行描述，你可以看出“基因”實際上並不是如你所說“一個能被獨立轉錄的DNA片段就是一個基因”，象病毒的基因組就以RNA居多。在定義“基因”時，並未將RNA轉錄後的處理，諸如不同拼接方式考慮進去，而必須將轉錄調控考慮進去，因為產生的選擇性轉錄產物是“獨立轉錄”的，與報道的基因僅僅分享一些序列，可能會編碼一些不同的產物，這就難以大規模研究了。根據那篇綜述作者所言，如果以“功能”進行定義的話，確實有可能陷入“一個基因組就是一個基因”的泥潭。而我只不過指出基因就是一個轉錄單位，包括調控序列和轉錄序列，這也是為什麼加了一段你沒讀懂的解釋。最後，基因這個詞用於從原核到真核的所有生物以及病毒，除非用不同的名稱進行區分，若要繼續用這個詞，就不能避免一個“大一統”的基因定義。當然綜述的作者提及這個問題，或許將來有一天用“TRANxxxxS”來替代“GENE”這個詞，那樣就避免了“FUNCTION”的問題，也就不存在一個基因組就是一個基因的泥潭了，我正是吸收了這一提法。但總的說來，目前要給出一個人類基因組編碼的基因數目是不可能的，管他25000還是30000，只有等若干年後，沒人再能檢測到獨立轉錄的RNA產物後，咱們再掰手指頭去數吧。"

"你可以看看我以前的帖子，我說那些選擇性拼接的產物中有多少是選擇性轉錄而來的呢？不知你對REAL-TIME　PCR熟悉否，如果你用這種方式來檢測某轉錄因子對靶基因轉錄的調控，你是否做過一些對照：如果靶基因不太大（2K以內），你可以設計引物檢測全長互補DNA（根據已報道的序列），同時用5'端，中間以及3'端引物進行REAL-TIME　PCR檢測，你發現過一些非常有趣的現象沒有？例如REAL-TIME　PCR結果不能和全長互補DNA　PCR結果吻合；或者其中有那麼兩對REAL-TIME　PCR引物得到相反的結果。這是曾經困擾我多年的一個問題，當然後來費了老大的勁，經過RACE確認了3個不同的轉錄產物（而不是拼接），其中兩個居然在同一細胞中表達，C/EBP　ALPHA　激活其中一個而抑制另一個的轉錄。不知還有人這麼傻呵呵地設計兩三對引物進行REAL-TIME　PCR的，　當然他們的結果到底是咋回事也就搞不清楚了。這些結果引起我對選擇性轉錄的興趣，正好ENCODE　PROJECT的大量DATA上來了，原來這選擇性轉錄也是很普遍的。

至於人類基因組編碼基因的總數目，當然是一定的，但現在是不能確定的。象MIRAN，2002年才首次在人類細胞中檢測到，預測總數在450至1500之間，是否只有這麼多呢？未必。本人不太信任生物信息學，還是到了一定時候經過試驗一一驗證了再說。其次，那些選擇性轉錄的產物，能否編碼蛋白，功能如何也有待試驗驗證。目前不知有什麼方法可以檢測並定量總的基因數目？"