何祚庥的成果包括以馬列主義哲學為基礎的, 閃耀着毛澤東思想光輝的的“層子模型”。“層子模型”獲得國家自然科學獎，然而，“層子模型”卻是一個不被國際認可的“偽科學"。

何祚庥的支持者特地搜索了一個國際科學文獻數據庫 (SciSearch at LANL)，找到了他在在物理學期刊(1974 - 1999)上發表的31篇文章，以此來佐證他的學術成就。不過，其中的17篇是發表在中科院理論物理所自己辦的英文刊物 (COMMUNICATIONS IN THEORETICAL PHYSICS) 和國內雜誌“中國科學”(SCIENTIA SINICA)上。更遺憾的是，他是第一作者的論文寥寥無幾。

何祚庥的支持者專門強調的3篇文章，有一篇共有16個作者署名，何祚庥是第15個；另一篇有5個作者，何祚庥是最後一個；還有一篇是1984年同夫人合寫的，何祚庥是第二作者

新華社在“何祚庥簡介”中特別提到他“早期從事粒子理論、原子彈和氫彈理論的研究”，後來“關注科學領域中的哲學問題”，近十幾年來“關注社會現實問題”。新華社羅列的主要著作，除了“用馬列主義哲學分析物理現象”之類的外，就是“反偽科學論戰”和 “批判”的報告集。

中科院理論物理所對何祚庥的介紹倒是用了“著名”二字，不過，說的是“我國著名的哲學家、自然辯證法專家，在哲學、政治、經濟等方面也先後發表約 100 多篇科學論文。”可見“著名”的是(馬克思主義)哲學家，而不是理論物理學家。可以這麼說，何祚庥對物理學家來說是馬克思主義哲學家，對馬克思主義哲學家來說他又是物理學家，這正是他“得天獨厚”的地方。