明代是回族最终形成时期。因为从某种意义上讲，伊斯兰教中国化的过程就是回族形成的过程。而明代的伊斯兰教已经彻底完成了中国化的进程，使回族在中国本土上孕育成长了起来，形成了一个有着异域风格的新型民族。

进人明代以后，回回人经过数几代人在中国本土上的繁衍生息，受文化、地理、气候等环境的长期影响，通用的语言中夹杂着大量波斯、阿拉伯语词汇的汉语。此外还有经堂语、回辉语、康家语、河州话也是回族独有的语种。 长期经商的回国人也开始有了长期稳定的居住区域，常常聚寺而居，共同生活在一起，这些稳定的居住区域，并不象其他古老的民族那样，共同孤立地生活在同一个广阔的地理环境中，而是以一个或几个村子，一条或几条街道为共同的居住区域，在这一区域中必定有一个或几个清真寺，由于有了共同的居住区域用么才有可能形成共同以清真寺为核心的社区文化，而这个文化就是中国特色的伊斯兰文化，是回族文化，即聚寺而居是回族人民正常的生存权利。 “天下回回是一家”、“回回见面三分亲”、“党护族类”、“行赉居送，千里不持粮”、“同类相遇则亲厚”、“固守其俗终不肯变”、“回回的亲甘草的根，越挖越深”、“回回的亲，打断骨头连着筋”、“回女不外嫁”……等等，这些都是古人对整个回族群体特征习俗的描述，一直沿袭至今，代代不息。回族风俗习惯的约定能够保存至今，也说明了一个新的民族这时已经完全成熟。

由于时代是回族发展、壮大、定型的时代，所以这一时期有非回族人士融人回族。包括后期来华原籍为阿拉伯、波斯、西域突厥诸种回回。寄住回回，是指侨居的外国穆斯林，他们往往以“贡使’”形式进入中国，使团成员多达数百，有的贡事完毕返归本国，有的则侨居或定居中国，比如永乐间苏禄东王病逝山东德州，其子守坟，成为德州北营村回民的主要先祖。这时的开封犹太人也因不食猪肉与回族习俗相似已有一部分开始融人回族。与元代相比，明代回族人已没有了优待身份，兴盛发达时期已过，明朝廷对回族的政策是高压，比如朱元漳曾禁止蒙古色目人更易姓氏，限制回族人本族通婚，采取强迫同化政策（只是局部短时间）。但是明代也是与回族人关系比较密切的朝代。这不仅仅因为回族民间有“十回保一朱”的说法，认为明朝江山是回回打下来的，而且有朱元漳御制“至圣百字赞”流传下来，再加上明皇室确有修建清真寺和保护清真寺宗教职业人员的谕旨，另外，武宗还禁止百姓养猪，并在评论诸教时也说过：“儒者之学，虽可以开物成务，而不足以穷神知化。佛老之学，似类穷神知化，而不能复命皈真。盖诸教之道皆各执一偏，惟清真认主之教深原子正理，此所以垂教万世，与天壤久也”以天方至圣实录》卷二十二人对伊斯兰教评价颇高。再依据其他许多史料，有的中外学者甚至认为朱元璋本人就是回族，明王室信仰伊斯兰教。说朱元漳是回族，明王室是否信仰伊斯兰教还存有争议，但说朱元璋和明王室与回族关系密切却是没有争议的。因为学术界一致的看法是朱元璋的马皇后（马秀英）本人就是回族，开国元勋多为回族，七下西洋的郑和也是回族，另外，明朝皇帝的近卫军也有很多回回，有史书记载：“豹房，多回人。” 所谓豹房，就是大内高手云集的地方。明朝王室的很多政策并非是歧视回回，而是出于国家统一和安全考虑。武宗也曾纳回回女为妃，在回人遍天下的时代，回族人在皇宫内院很多，因而皇室家族是否会在某些方面保留一些回族习俗甚至信仰伊斯兰教也是完全可能的，这也可以回答明史上的许多史料疑点，同时也说明了伊斯兰教和回族人在明代社会，尤其是明皇室中确有很大影响。当时在中国游历的西域旅行家详细记载了明朝王室的伊斯兰宗教生活习俗，这些记载后来保存在奥斯曼帝国的皇家档案机构中。有待日后考证。

在明代，许多杰出的回族人物脱颖而出。开国功臣有胡大海、冯国用、冯胜、常遇春、沐英、蓝玉、丁德兴等人，并出现了回族历史上第一个反侵略的英雄麻英，他曾在日本人侵朝鲜时赴朝作战，西北战场上则有抗击蒙古的达云等戌边名将。有明一代，最知名的当推著名的航海家郑和，刚直不阿的著名政治家、清官海瑞、反封建礼教的著名思想家、文学家李费，都以其杰出的成就显示了明代回族文化人的档次和水平。回族官员除海瑞以外，还有任兵部尚书和吏部尚书的马文升和清官孙继鲁。文化名人还有丁鹤年、马自强、金大车、金大舆、马继龙、闪继迪、马上捷、马锦等。值得一提的是，回族杰出的伊斯兰学者在这时涌现。除了经堂教育创始人胡登洲外，还有以汉文译著闻名于世的王岱舆、张中、伍遵契等人，他们的众多著作对中国穆斯林社会的影响十分深远。在科技方面，回国历仍然是明代主要历法，与大统历参用，陈友、赵荣先后主持过京城一些建筑项目，回回炮则演变成“金眼回回”，并被封为“大将军”号。