我并不认为这个笑话说明现行的科学研究方法有什么错误，也并不觉得作者自以为是的讽刺如何精辟。

文中的教授用实验的方法进行因果推断并没有错，只是下结论的时候出了问题。通过实验控制所能下的结论是：折断腿是蛤蟆不能服从指令的原因。但是至于不能服从指令，可能有多种因素。服从指令是一个从感觉到运动的综合过程，这个过程不能成功进行说明其中至少有一个环节有问题，但是并不能确定究竟是哪个环节。

科学来源于观察，实验的推论严格说只能用于观察的表象，要推论到不可直接观察的本质上去就有风险。换一个角度，任何结论所实际涉及的最多只能是那些不可直接观察的本质的操作性定义。文中的例子里面，教授把服从指令作为听觉的操作性定义，或者说用服从指令来测量听觉。我们知道这不合适，是因为我们对于感觉和运动的概念很清楚，而且经验告诉我们，我们可以构造出一系列把感觉和运动加以分离的实验，于是教授这种明显混淆了二者的做法是失败的。但是对于很多概念，其定义本身就不清楚，或者说定义本身就来源于操作的经验，这是最麻烦的。人对于世界的认识（概念的定义）最终来源于和世界的交流（操作），在我们碰到能够把感觉和运动加以区分的情形之前，我们都像那个教授一样。

应该注意到，科学方法论中间本身就包含了对于自身的可能问题的充分认识和避免的方法，大多数科研人员也能尽量注意到这一点。人类的认识能够认识到自身的缺陷和界限，这也是理性的一个伟大的方面。