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新冠病毒、中東病毒的共同秘密(小結篇)
送交者: 苦難與榮耀 2024年03月12日11:23:35 於 [教育學術] 發送悄悄話


接續:
新冠病毒、中東病毒的共同秘密(下)

由於之前的兩篇文章都篇幅較長,信息量較大,因此,通過本文作一個簡明的概括、總結。

SARS-CoV-2 2019年11、12月現身於武漢,MERS-CoV 2012年9月現身於沙特。兩種病毒的現身地遠隔重洋、相距萬里,它們原本應該素昧平生、從未謀面、向無交集。

順便有請諸位思考以下問題。SARS-CoV-2為什麼偏偏出現在武漢?這是偶然的巧合,還是特意的選擇?是某所泄漏了SARS-CoV-2,還是有人營造假象、栽贓嫁禍,轉移視線、瞞天過海?如果是後者,為什麼這麼做?核心目的是什麼?

這組問題不難想到,然而很少有人提起;“SARS-CoV-2偏偏出現在武漢”是一個重大疑點,上述問題可能是破解、查明SARS-CoV-2來源真相、疫情發生真相的關鍵所在和突破口,然而,耐人尋味的是,很多人對此諱莫如深、絕口不提,從不深究。

真相往往就隱藏在被刻意忽略、被刻意迴避的細節之中。

是假象就會有破綻,作案者、製造假象者難免露出馬腳。有沒有發生過泄漏?疫情究竟是不是某所泄漏引起的?筆者作過兩個分析,簡明分析參見:

科學界為什麼,為誰掩蓋新冠病毒來源真相?(上)

一文“謊言一”小節的“兩個疫情基本事實”部分;詳細分析參見:

武漢病毒研究所是否泄漏了新冠病毒

一文。

言歸正傳。

SARS-CoV-2是β譜系B支系(乙型冠狀病毒屬Sarbe亞屬)冠狀病毒,MERS-CoV 是β譜系C支系(乙型冠狀病毒屬Merbe亞屬)冠狀病毒,雖然隸屬同一譜系(屬),但兩者基因組差異非常巨大,進化距離非常遙遠。SARS-CoV-2、MERS-CoV全基因組序列(核苷酸序列)僅28%可比對(Blast比對結果中的Query Cover值為28%),可比對部分相似度為67.06%;兩種病毒Spike蛋白aa序列(amino acid sequence,氨基酸序列)76%可比對,可比對部分相似度僅為34.91%;在決定受體結合能力的Spike蛋白RBD(receptor binding domain,受體結合域)部分,兩種病毒aa序列相似度同樣非常低,僅為19.1%。

雖然發現地遠隔重洋、相距萬里,雖然素昧平生、向無交集,雖然基因組差異非常巨大,進化距離遙不可及,但SARS-CoV-2、MERS-CoV卻如同心有靈犀的跨時空靈魂知己,如同無比默契的同門師兄弟,它們在感染、致病的關鍵環節、關鍵位點,存在諸多極低概率的,極為反常、離奇的,極度不可思議的結構、能力巧合。


DPP4結合能力、利用能力巧合


DPP4,dipeptidyl peptidase IV,二肽基肽酶4,是一種非常重要的人體絲氨酸蛋白酶兼多功能蛋白。

這組巧合包括以下4項具體巧合:

1、SARS-CoV-2、MERS-CoV都具有DPP4結合能力;

2、SARS-CoV-2、MERS-CoV都能以DPP4為受體感染人體細胞;

值得注意的是,SARS-CoV-2的“近親”病毒,SARS-CoV-2同支系的眾多冠狀病毒,無一具有人類或動物DPP4結合能力,無一能以DPP4為受體感染人體或動物細胞(蛋白結合能力是以該蛋白為感染受體的先決條件)。

而且,以DPP4為感染受體,或具有DPP4結合能力的病毒非常罕見,截止2020年,具有DPP4結合能力的病毒可能只有4種:艾滋病病毒HIV-1、扁顱蝠冠狀病毒HKU4、MERS-CoV、SARS-CoV-2 。因此,SARS-CoV-2、MERS-CoV 共同擁有的DPP4結合能力、以DPP4為感染受體的能力,是一種非常罕見的病毒能力。

HIV-1能以gp120蛋白(HIV-1的包膜蛋白—gp160蛋白的受體結合亞基)結合DPP4,但筆者未見有論文將DPP4稱為HIV-1的感染受體;HKU4適宜結合蝙蝠DPP4,對人類DPP4結合能力微弱,它只能感染蝙蝠細胞,不能感染人體細胞。因此,在大千世界不計其數的病毒(包括冠狀病毒和非冠狀病毒)中,能以DPP4為受體感染人體細胞的病毒可能僅有兩種,就是SARS-CoV-2和MERS-CoV。

還不止如此。

3、SARS-CoV-2、MERS-CoV在結合DPP4時錨掛的4個DPP4關鍵氨基酸位點相同。


SARS-CoV 、SARS-CoV-2 、MERS-CoV 受體結合能力對照、關聯圖。

如圖所示,SARS-CoV-2 Spike、MERS-CoV Spike 在結合DPP4時錨掛相同的4個DPP4關鍵氨基酸(K267、R336、R317、Q344)。

4、MERS-CoV在結合DPP4時共錨掛了14個DPP4氨基酸位點,巧合的是,DPP4在人體內的結合伴侶--人類腺苷脫氨酶(ADA)在結合DPP4時也錨掛了共14個DPP4氨基酸位點;令人震驚的是,而MERS-CoV、人類腺苷脫氨酶(ADA)所錨掛的14個DPP4氨基酸位點居然完全相同、一個不差!

MERS-CoV、人類腺苷脫氨酶(ADA)錨掛的14個共同的DPP4氨基酸位點,按照論文依據指出它們時的順序依次是:1-R336、2-Q286、3-T288、4-R317、5-Q344、6-K267、7-L294、8-Y322、9-A291、10-L294 、11-I295、12-V341、13-I346、14-N229。

人類DPP4共有766個氨基酸位點。在766個氨基酸位點中恰好錨掛了14個相同的氨基酸位點,這實在是太過於巧合、太過於離奇、太過於匪夷所思了!

上述巧合表明:SARS-CoV-2、MERS-CoV極有可能都參照、借鑑、模仿了人類腺苷脫氨酶(ADA)的DPP4結合機制。MERS-CoV完全照搬、復用了ADA的14個DPP4結合/錨掛位點,SARS-CoV-2可能作了一些調整、變通,只復用(或至少復用)了ADA 14個DPP4結合/錨掛位點中的4個最關鍵位點。


S1/S2處氨基酸序列模式巧合


S1/S2表示冠狀病毒Spike蛋白S1亞基、S2亞基的交界處。S1/S2位點是冠狀病毒感染、致病的關鍵位點。

SARS-CoV-2、MERS-CoV S1/S2位點左側的氨基酸序列模式高度相似。

4種病毒S1/S2(箭頭指示處)位點附近的氨基酸序列

註:圖中的SARS-CoV、SARSr-CoV RaTG13都是同譜系、同支系的SARS-CoV-2“近親”病毒。

如上圖所示,SARS-CoV-2、MERS-CoV S1/S2位點左側氨基酸序列的高度相似性至少體現在以下3個方面:

1)、SARS-CoV-2  S1/S2位點左側存在兩種“近親”所欠缺的獨特四氨基酸插入PRRA,近親欠缺,MERS-CoV 不缺,MERS-CoV S1/S2位點左側恰巧存在與PRRA對應、匹配的四氨基酸PRSV。

2)、二者的四氨基酸組合PRRA、PRSV皆以PR(脯氨酸-精氨酸)開頭,皆以非極性氨基酸結尾(A-丙氨酸、V-纈氨酸都是非極性氨基酸)。

3)、SARS-CoV-2、MERS-CoV在S1/S2處都具有furin酶切位點/furin切割位點(furin cleavage site,FCS)。PRRA、PRSV之後同為精氨酸R,RRA與R構成了SARS-CoV-2的furin切割序列RRAR,RSV與R則構成了MERS-CoV的furin切割序列RSVR。

對比鮮明且極為反常的是,SARS-CoV-2的所有“近親”病毒,SARS-CoV-2同支系的所有冠狀病毒,無一例外,在S1/S2處全都空缺與PRRA 對應的氨基酸,無一例外,在S1/S2處全都沒有furin切割序列/furin酶切位點!如以下兩圖所示。

β譜系B支系部分人類、果子狸、貉、穿山甲、蝙蝠冠狀病毒局部氨基酸序列比對


SARS-CoV-2(Wuhan-Hu-1毒株)與進化樹中冠狀病毒S1/S2位點附近的aa序列比對

由以上兩圖可見,SARS-CoV-2 S1/S2位點左側獨特的PRRA插入在圖中極為醒目、突兀、異常,兩圖中的其它病毒全都空缺與PRRA對應的氨基酸。

SARS-CoV-2 S1/S2處氨基酸序列的高度反常還在於,Spike與SARS-CoV-2 spike同源性(相似度)大於40%的冠狀病毒,無一具有furin 切割位點,當然更不具有S1/S2處的furin切割位點或furin切割序列。


P5位點脯氨酸巧合


SARS-CoV-2、MERS-CoV furin切割序列P5位點皆為脯氨基酸(P)。無比神奇、極度不可思之處在於,在大千世界不計其數的眾多病毒(包括冠狀病毒、非冠狀病毒)中,具有furin切割位點,且furin切割序列P5位點為脯氨酸(P)的病毒僅有兩種,這兩種病毒恰巧就是SARS-CoV-2、MERS-CoV!

這是何等的默契,何等的心有靈犀!

SARS-CoV-2 、MERS-CoV furin切割序列P5位點皆為脯氨酸(P)

基本furin切割序列RXXR(如RRAR、RSVR)的四個氨基酸位點從右至左依次被稱為P1、P2、P3、P4位點,P5位點是RXXR左側最鄰近的氨基酸位點。

P5位點使用脯氨酸是一個富有深意的設計,對病毒的感染、致病能力有多重作用(詳情見上一篇文章對應小節),包括下面即將提到的,用於構成脯氨酸定向激酶作用基序和磷酸化位點。


P6、P5位點脯氨酸定向激酶作用基序巧合


脯氨酸定向激酶(proline-directed kinases)有兩個二元(雙氨基酸)作用基序:SP、TP。SARS-CoV-2、MERS-CoV furin切割序列P6、P5位點恰好分別使用了這兩個作用基序,SARS-CoV-2使用了SP(絲氨酸-脯氨酸)基序,MERS-CoV則使用了另一個作用基序TP(蘇氨酸-脯氨酸)。

這又是何等的默契,何等的心有靈犀!

MERS-CoV、SARS-CoV-2 P6、P5位點的脯氨酸定向激酶作用基序TP、SP

P6位點是P5位點左側的下一個氨基酸位點。

由於furin切割序列P5位點為脯氨酸(P)的病毒僅有兩種,因此,furin切割序列P6、P5位點為脯氨酸定向激酶作用基序(SP、TP)的病毒同樣僅有兩種,還是MERS-CoV、SARS-CoV-2。

MERS-CoV、SARS-CoV-2為什麼要使用脯氨酸定向激酶作用基序?因為脯氨酸定向激酶作用基序構成病毒的磷酸化位點,基序中的絲氨酸或蘇氨酸可被脯氨酸定向激酶磷酸化。病毒可通過磷酸化位點干預、改變人體正常的磷酸化機制,擾亂、破壞正常生理過程,導致種種疾病。病毒還可通過磷酸化有關蛋白質,干預、劫持人體信號通路、信號傳導,阻滯/停滯細胞周期,使細胞處於有利於病毒複製、病毒生存的周期階段。

蛋白質磷酸化異常,包括磷酸化途徑的改變會導致多種嚴重疾病,尤其是癌症。SARS-CoV-2具有高度致癌性,SARS-CoV-2的致癌途徑異常豐富。其它與磷酸化異常有關的疾病包括糖尿病、心血管疾病、阿爾茨海默症(Alzheimer's disease)、炎症性疾病等等。

上述種種極低概率、極度離奇、極度詭異、極度不可思議的巧合,不是隨機性、無目的自然變異、自然演化所能解釋、所能敷衍的,它們鐵證如山地揭示、證明:SARS-CoV-2、MERS-CoV都是人為設計、製造的實驗室病毒;兩種病毒的設計思路高度一致、高度契合、一脈相承,它們極有可能出自同一實驗室、同一團隊或同一團伙之手。

(未完待續)

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