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12月30日，省、市、區‘三級疾控中心形成《關於醫院報告華南海鮮市場多例肺炎病例情況的調查處置報告》’。30日下午15時10分、18時50分，武漢市衛健委相繼向轄區內醫療機構下發了兩個紅頭文件：《關於報送不明原因肺炎救治情況的緊急通知》，《關於做好不明原因肺炎救治工作的緊急通知》。其中，第二份文件要求嚴格信息上報，強調“未經授權任何單位，個人不得擅自對外發布救治信息”。這兩份內部文件於當天下午及晚上先後被上傳至互聯網公諸於眾。

30日夜間10點20分，武漢市衛健委又向各醫療機構發出內部通知，大意是：關於不明原因肺炎，不要隨意對外發布，避免引起群眾恐慌；如果因為信息泄露引發恐慌，將追究泄漏者的責任。

（應同在30日）武漢衛健委還向各大醫院內部傳達了幾個信息：1，不是非典；2，不會人傳人；3，不會死病人；4，不會讓醫護人員感染。

兩位《南方周末》採訪對象後來向記者提供的相關微信群截圖顯示，30日，（武漢市中心醫院）各科室微信群內轉發了來自武漢市衛健委的信息：“請大家……不要隨意對外發布關於不明原因肺炎的通知及相關信息……否則市衛健委將嚴肅查處。”

同時，（中心醫院）院領導還通知各科主任，逐個電話告知每個同事，一律不得外泄病毒的任何消息。該醫院還要求醫生上班不得戴口罩。

31日凌晨1點半，李文亮被醫院領導叫到武漢市衛健委了解情況。當時衛健委正連夜召開會議，中心醫院的院領導和醫務室主任都參加了會議，會議結束後，院領導向李文亮詢問了消息來源。次日上班後，李文亮又兩三次被叫到醫院監察科，答覆消息來源問題以及是否認識到 “造謠的錯誤”，並應要求寫下了一份《不實消息外傳的反思與自我批評》。

31日凌晨，國家衛生健康委員會作出安排部署，決定派出工作組、專家組立即趕赴武漢市，指導做好疫情處置工作，開展現場調查。隨後，中國疾控中心應急中心主任李群等9名專家乘當日最早航班從北京趕赴了武漢。
31日上午，國家衛健委第一批專家組抵達武漢，展開了相關檢測核實工作。

31日一早，多名身着防護服、背着噴霧器的防疫人員出現在華南海鮮市場，開始執行消毒任務。

31日上午，武漢大學中南醫院召開“不明原因肺炎”防控會議，會上成立了“不明原因肺炎”診療小組。負責相關工作的副院長布置了應對不明原因肺炎的各項工作，要求按照防控“非典”的舉措去防範，要求各個科室按照傳染病去籌備防護物資。這位副院長認為該病存在人傳人。同時，與會的領導還強調，此事不要外傳。

31日，武漢協和醫院也正式啟動了“不明原因肺炎”的防控工作。“醫院多次開會布置相應工作，梳理改造了發熱門診的設置構架，嚴格按照傳染病管理要求，設置獨立空間，避免交叉感染”。醫院把主院區感染科的整個一層改成24個床位的呼吸道傳染病隔離病區，專門收治不明肺炎患者。24張床很快被填滿，隔離病區擴大到二層，不久又滿了，三層、四層也很快被騰空，原有的重症病人集中到五層。近30名感染科醫生已經不夠用，醫院動員了全院資源，尤其是呼吸科和急診科的內科醫生來輪班，護士也全院調配。（資料來源：《健康報》、《財新網》）

12月31日上午10點半，《新京報》發表文章，稱就網傳消息詢問中心醫院後湖院區時，醫務處工作人員向該報記者闢謠說，目前並無疑似或確診的患者；新京報記者還從湖北省疾病預防控制中心辦公室了解到，湖北省疾控正在對此事展開調查，目前尚未確定是否有網傳非典型性肺炎病例，待有調查結果會在官方渠道予以公布。

同日，“財新網、第一財經兩家媒體的記者致電武漢市衛健委，對於不明原因肺炎情況獲得證實。”

據《端傳媒》20年1月25日的文章《十七年：被瞞報的 SARS 與被孤立的武漢》，12月31日，（到）武漢當地的媒體幾乎都收到了禁令，「編輯老師說只能跟官方通報，解釋性的解讀科普也不讓做」。

31日中午1點半許，武漢市衛健委面向社會發布通報，通報中說：
近期部分醫療機構發現接診的多例肺炎病例與華南海鮮城有關聯；
目前已發現27例病例，其中7例病情嚴重，其餘病例病情穩定可控，有2例病情好轉擬於近期出院；
分析認為上述病例系病毒性肺炎；
到目前為止調查未發現明顯人傳人現象，未發現醫務人員感染。

（註：
根據本文先前的內容，12月30日，僅金銀潭醫院就已至少收治了27例或36例（9+27）不明肺炎病例。
1月24日金銀潭醫院副院長黃朝林等在《柳葉刀》上所發表論文中的數據顯示，截止2019年12月30日，已至少有新冠患者37例。
中疾控2月12日在《中華流行病學雜誌》上投稿的論文數據顯示，按照發病日統計，2019年12月31日前有感染者104人，這些人中有15人死亡。
3月13日《南華早報》披露的政府內部數據顯示，11月即報告9例病例，12月20日病例數達60例，2020年1月1號病例增加到381例。
）

31日下午，國家衛健委專家組成員及湖北省內專家在金銀潭醫院大會議室開會研討。這時，金銀潭醫院收治的相關病人已經從9例增加到了20多例（30日已有27例）。大家把所有病人全部過了一遍，得出兩個結論：第一，‘這些病人畫像畫完都是一個樣子，所以肯定是同一種病’；第二，‘這可能是病毒感染，不是其他感染’。

31日晚，召開了一個跨年的工作會議。約在1月1號凌晨兩三點鐘，武漢市領導作出決定：關閉華南海鮮市場。（此二段資料來源：《中國之聲》）

“當地時間2019年12月31日，中國向世衛組織報告了一組湖北武漢不明原因肺炎病例。”（據世界衛生組織網站4月8日公布的世衛疫情時間線）

世衛組織（WHO）的最新《國際衛生條例》（2005年通過）規定，各成員國負有對國際關注的突發公共衛生事件作出迅速反應和迅速通報的法律義務。簡明地說，這一義務即，對可能構成國際關注的有公共衛生風險的突發事件，成員國應在事件確定的48小時內完成對事件的評估， 並在評估後24小時內向世衛組織透明地報告所有的相關事件信息。

12月31日，台灣衛生福利部疾病管制署向大陸疾控中心及世界衛生組織(WHO)IHR窗口確認疫情訊息。傍晚，國家衛健委通過兩岸醫藥衛生合作協議聯繫窗口書面回復台方，已派專家赴武漢，進行病原檢測及感染原因調查，陸方向台方提供了武漢市衛健委12月31日的通告，並表示，若有進一步消息，將及時通報台方。

31日，台灣疾病管制署通過WHO「國際衛生條例」(IHR)聯繫窗口，以電郵方式要求WHO提供進一步資訊時，郵件中特別提及「非典型肺炎」，「病患已進行隔離治療」等訊息或文字，暗示該病有「人傳人」的可能。管制署事後解釋說，這麼做是‘由於SARS的經驗。。。當時疫情資訊不明，各項傳聞紛紛。。。尤其已接近有大量人流移動之中國春節’，是‘為求慎重’，‘為使各方能有高度警覺’。

由於強烈懷疑已有人傳人現象，31日當天，台灣迅速啟動了邊境檢疫強化措施，即日起，對從武漢直航入境班機，實施派員登機檢疫。