主要功過
推動種族平等
經過50年代黑人運動的發展，到了肯尼迪時代黑人已經取得了一些權益，但種族歧視依然嚴重。作為一個在選舉過程中得到了很多黑人選票的總統，他一上任就開始着手解決黑人問題。但剛開始的都是一些由行政部門主導的象徵性的措施，比如在總統就職典禮上，肯尼迪發現海岸警衛隊裡沒有黑人，就下令他們取消“只收白人”的規定。它還指示國防部長增加儀仗隊中黑人的比例，但對國民警衛隊中實際存在的種族歧視問題，卻未敢採取行動。同時肯尼迪還在政府中任命了一批黑人，比如住房建築與房屋財政署長羅伯特.韋佛，副新聞秘書長安德魯.哈徹以及上訴法院法官瑟古德.馬歇爾等，但負責處理種族關係的關鍵部門官員仍由白人擔任。
它還任命副總統林登.約翰遜擔任就業機會均等委員會主席，以增加他的權威性，但實際上這個委員會建樹很少。特別是黑人感到失望的是，肯尼迪沒有按照黑人領袖的請求在解放黑奴宣言發表100周年紀念日上公布一項內容廣泛的民權問題總統命令；而對於在競選時承諾的“大筆一揮”解決住房方面的種族歧視問題，則一直拖到了1962年，於是黑人民權活動分子給白宮寄去大量的鋼筆和墨水以示諷刺。
這不是說肯尼迪沒有解決黑人問題的意願，而是作為一個政治家他知道美國的種族歧視是很多白人的集體意志，不能一夜之間解決。比如在1957年的小石城事件中，當事黑人學生回憶道：“一個看起來很慈祥的老女人也在白人抗議隊伍中向他吐口水。”白人反對黑人學生入校不是具體憎恨某個黑人，而是基於一種根深蒂固的宗教上觀念，當時白人抗議的牌子上寫的標語有“人種混合是共產主義“，”反對反基督行為之人種混合“等。所以司法部長，總統的弟弟羅伯特.肯尼迪在最初的種族問題上採取了溫和的態度，並表態不能像小石城事件那樣動用聯邦軍隊去解決問題。
溫和的態度也是為了考慮白人的立場，畢竟他們是美國社會的主體，但白人種族主義者對此並不領情。各民權組織在1961年春發起了“自由乘客“運動，黑人和白人可以混坐汽車。但在5月14日，有自由乘客在阿拉巴馬州遭到毆打，汽車被燒毀； 5月20日蒙哥馬利市有發生了毆打自由乘客的事件，當時正在執行任務的司法部長行政助理約翰.西根索爾也被打傷。總統和司法部長要求阿巴拉馬州長維持秩序，但州長對此要求置之不理，並說：“阿巴拉馬不是剛果。”無奈之下司法部長請求法院發布命令，要求蒙哥馬利市警察局保護自由乘客，並派遣幾百名聯邦執法官去制止暴力事件。
1962年密西西比州的梅雷迪斯事件中，州立大學兩次拒絕黑人詹姆斯.梅雷迪斯入學申請，於是他向聯邦地區法院控告該校種族歧視並獲得司法部的支持。但當聯邦執法官和司法部檢查人員陪同梅雷迪斯到密西西比大學時，州長羅斯.巴特尼卻向他宣讀了拒絕接收他入學的報告。9月30日，總統命令500名聯邦執法官陪同梅雷迪斯入學報到，並調集聯邦軍隊作為震懾。當天晚上種族主義者對聯邦執法官發動襲擊，甚至動用步槍，直到第二天清晨聯邦軍隊趕到才平息事件。騷亂中70人受傷，2人死亡，其中一名是法國記者。這是一個小石城事件的升級，也違背了不動用聯邦軍隊解決種族問題的承諾。這件事情使肯尼迪有所震動，但他依然沒有放棄通過行政手段化解問題的努力，而促使他決定從立法層面改善種族狀況的是伯明翰黑人示威。
伯明翰是美國種族隔離最嚴重的城市，那裡的飲水機，浴室，更衣室服裝店，必須按種族區分。儘管自由乘客已經受到政府支持，伯明翰的私營的巴士公司，救護車，警車，電梯，影院，公園，牢房，醫院，酒店，和墓地都延續了種族隔離；黑人仍不允許參與一些遊戲比如打牌，跳棋，擲骰子；公共圖書館也只對白人開放。黑人在1963年市長選舉之後進行了一系列的抗議示威活動，當地警方逮捕了大批黑人，包括馬丁.路德.金。馬丁.路德.金被保釋後，又有數千人走上街頭進行示威。5月3日，伯明翰警察局長尤金.公牛.康納授權警察使用暴力驅趕和逮捕示威者，甚至動用了裝甲車，有些黑人被迫使用瓶子回擊。
伯明翰事件中黑人突破了“非暴力“的界限，也在國際上引起了強烈反響，許多國家頭條新聞都着意渲染警察的殘暴行徑。也使肯尼迪看到了黑人運動的力量，他擔心暴力事件將會使政府失去對民權運動的控制，於是改變了僅通過行政部門緩解問題的策略，開始着手從立法層面解決民權問題。
而阿巴拉馬州的一個事件給了他宣布這個決策的機會，時任阿巴拉馬州長喬治.華萊士聲稱：“我將親臨校門，禁止任何黑人進入。”肯尼迪警告無效後，將阿巴拉馬州部分國民警衛隊置於聯邦管轄，迫使州長放棄這個企圖。然後在電視演講中宣稱：“我們這個國家和民族面臨着一場道義危機，這不能使用警察的鎮壓行動，街頭示威去解決，也不能僅使用象徵性的行動和言論來平息...”在隨後的咨文中肯尼迪談到要向國會送交新的民權法案，新法案在1963年6月提出，規定因種族、膚色、宗教信仰、性別或來源國而有的歧視性行為均屬非法；並禁止了公民投票中的不平等待遇以及在學校、工作場所和公共空間中的種族隔離；在黑人學生或家長擔心報復而不去抵制歧視時，法案授權司法部門主動發起訴訟。1963年民權法案是戰後美國提出的範圍最廣，內容最自由主義化的立法建議，受到民權運動和自由派的廣泛支持。雖然當時因為議會阻撓沒有通過，但為1964年民權法案的通過奠定了基礎。
作為對此法案的聲援，1963年8月28日，20萬黑人和支持民權運動的白人在華盛頓舉行和平示威，期間小馬丁.路德.金發表了“我有一個夢想”的著名演說。肯尼迪總統讚揚了這次示威活動的克制和井然有序，此時他已經由一個民權運動的接受者轉變為支持者。
