1979年1月24日下午，在北京全国政协礼堂，邓小平亲自为吴芝圃平反并主持追悼会。悼词中宣布：“对于强加给吴芝圃同志的一切诬蔑不实之词应予全部推倒，彻底为吴芝圃同志平反昭雪，恢复名誉。”说他“为中国人民的解放事业和共产主义事业鞠躬尽瘁，无私地贡献了自己的一生”。