1997年11月，楊尚昆就自己的日記，向中央政治局請示："我身體極度虛弱，有可能去見馬克思，如何處理有關我的日記資料檔案？"李鵬代表中央政治局常委會告知楊尚昆："現在工作繁多，也很複雜，還是你保管好。" 1998 年3月2日，在中共第十五屆第三次全會後，楊尚昆又提出有關資料問題。中共中央主席江澤民代表中央政治局常委會，對楊尚昆說："常委和部分政治局委員都看過，還是由你保存比較合適，考慮到多個方面：黨內團結、黨的形象、鄧小平同志功過評價、等方面。"直至楊尚昆逝世後，他的日記一直由中央政治局屬下的機要局保管。 2009年3月，中共對楊尚昆日記作了啟封，有限範圍作黨史研討，不作政治結論。 

1989年4月8日上午9時，耀邦在出席中共中央政治局第17次會議時，突感胸悶難受，經過一時搶救後住院，直至4月15日突然逝世。在這七天中，中央醫療小組先後在4月12日、4月14日和4月15日發出三次病危通知。 1989年4月13日，鄧小平在家召開中央政治局會議。會上，李鵬和喬石提出："小平同志能否安排到醫院探望一下耀邦？"鄧小平遲疑一下說："我可不是大夫。他的情況我了解，不是大病，住幾天醫院就好了。" 1989年4月14日，在醫院第二次發出胡耀邦病危通知後，江澤民，李鵬，喬石，楊尚昆等聯署上書鄧小平："盼小平能到醫院看望自己五十年的戰友。"鄧小平委託鄧林傳話："我從不勉強別人，也不希望別人來勉強自己。" 1989年4月15日，胡耀邦逝世。19日，中央政治局請示鄧小平的意見："是否出席耀邦同志的追悼會，是否由鄧小平致悼詞？"鄧小平口述指示："不要唯心，也不要勉強"，"紫陽致悼詞便可，我身體不好，就不便去了"。但4月22日鄧小平在卓琳的勸說下，還是參加了胡耀邦的追悼會。

 1988年7月13日—8月24日，楊尚昆去胡耀邦家六次，每次長談約五個小時。 以下是楊尚昆日記中，有關胡耀邦與楊尚昆談話的部分摘錄： 1988年7月14日："耀邦告訴我，沒想到小平同志這麼霸道，聽不得任何的不同意見。竟然搞垂簾聽政。很後悔採用卑鄙手段搞倒華國鋒，扶持鄧小平。耀邦說，西單民主牆就是在鄧小平的慫恿下搞起來的，目的就是搞臭華國鋒，讓鄧小平上台。但沒想到，鄧小平上台後便把民主牆封掉了，把魏京生也抓進了大牢。" 

1988年7月19日：“耀邦告訴我，1976年四五事件也是鄧小平慫恿他搞起來了的。他已經與作家師東兵在88年3月和4月兩次談過四五事件的來龍去脈。是秘密地在家裡與師東兵見的面，連家人和秘書都瞞住了。耀邦告訴我，76年1月15日，鄧小平在周總理追悼會上致完悼詞後。找到我，說，今天我給總理致悼詞，或許我們死後就沒有人給我們致悼詞了。我們不能坐以待斃，要搞點行動。3月中旬，鄧又找到我，說他的孩子聽人說，4月5日清明期間，有人決定去天安門給總理送花圈。這是個好機會，要想辦法把事情搞大，給主席一個刺激，證明並不是人人都聽他的。耀邦又說，小平讓我找幾個幹部子女，讓他們去工人中間鼓動一下，把矛頭對準江青和張春橋。但有個別人把矛頭對準主席，這也是我們沒有料到的。另外，那些人又大搞打砸搶，打傷了許多的解放軍，小平後來也很生氣。認為這是讓他下台的直接導火線。這也是後來我們沒有給四五高調平反的原因。因為如果那幾個人如果不把矛頭對準主席，不搞打砸搶，主席根本就不會讓小平下台。而他就會在政治局會議上反擊江青和張春橋了。 76年4月5日鄧小平專門坐車去了天安門一趟，觀察廣場的動靜。回來後，透過家人對我說，廣場人很多，幹得好！但他謊稱是去北京飯店理髮的。其實鄧小平一直都是讓北京飯店的師傅去他家理髮。” 

1988年8月5日："又和耀邦見了一面，耀邦說，小平是過河拆橋式的人，你要當心。同時，耀邦又向我透露了一件大事，說這是他最見不得人的事件，不說出來對不起自己的良心。80年4月，我們當時以清理‘三種人’為理由，將北京市公安部門24名科級到處級的幹部騙到雲南大理秘密槍決，當時還派了王震去現場觀看。
我問，為啥子秘密槍決他們，他們犯了啥子罪？耀邦說，他們當時掌握了我和小平是76年四五事件幕後指揮的證據。另外，有些人也掌握了鄧榕和其他的高幹聯動成員是1966年8月5日打死北京師範大學附屬女子中學副校長卞仲耘兇手的證據。當然，還有人也掌握了聯動成員於66年8月在北京大興縣殺死大批所謂的“黑五類”人員的證據。我說，我知道這件事，殺人的主謀高福興和胡德福不是當時就被判刑了麼？耀邦說，是呀，可高福興和胡德福在75年9月突然翻供了，說是聯動成員干的。他們是冤枉的。但75年9月小平同志已是政治局常委，把這件事壓下來了。83年小平指示我給高福興和胡德福平反，我便照着做了。但北京市公安部門的幾個幹部秘密向這些“黑五類”人員的家屬通風報信，結果這些家屬便起來鬧事，反對給高福興和胡德福平反。小平很震怒，指示我將北京市公安部門的這幾個幹部也作為三種人秘密殺掉。

我聽了後很震驚，說我們現在講法治，怎麼可以這樣隨便殺人，四人幫也沒有這麼幹過呀？耀邦說，所以我內心有愧呀。但我已經指示將這24名幹部作為因公死亡處理了，也給了他們的家屬撫恤金。其中五個幹部也授予了烈士稱號。"