最嚴重的自然災害是連續數年的乾旱。明朝崇禎五年至十五年（公元1632～1642年）間，黃河流域發生了連續11年的大旱，這是近500年來連旱時間最長、受災範圍最廣的一次極為嚴重的旱災。乾旱初期，黃河流域僅少數地區有莊稼受害和人畜饑饉的現象。後來旱區向南擴展到蘇、皖等省，個別地區有人相食的現象。到了1640年和1641年，年降水不足300毫米，每年5月至9月旱情加重，禾苗盡枯，莊稼絕收。山西汾水、漳河均枯竭。河北九河俱干，白洋淀涸。這種淀竭、河涸現象遍及各地，人吃人現象嚴重發生了。1640年，晉、陝、冀、魯、豫嚴重乾旱還伴隨着蝗蟲災害和嚴重的疫災，使災情更趨嚴重。河南“大旱遍及全省，禾草皆枯，洛水深不盈尺，草木獸皮蟲蠅皆食盡，人多飢死，餓殍載道，地大荒”。甘肅大片旱區人相食。陝西“絕糶米市，木皮石麵食盡，父子夫婦相剖啖，十亡八九”。崇禎十二年（公元1639年），每石米價銀一兩，崇禎十三年以後，石米漲到銀3兩至5兩，加上沉重的賦役，民不聊生，迫使農民揭竿而起，起義不斷，導致明朝崩潰。