清朝平定準噶爾叛亂之後，回、漢、哈薩克等族大量湧入新疆，維族也從南疆擴張遷徒到北疆，多民族混居雜處，充滿歷史的糾紛和現實利益的矛盾。

　　新疆歷史之複雜和血腥，在於它夾雜在眾多強大的帝國之間，又是各種宗教交匯之地，所以這片土地幾次經歷劇烈的民族、宗教大洗牌。漢人向稱新疆「西域」。九世紀以前，匈奴、烏孫、鐵勒、柔然、吐蕃以及漢族移民先後在此交鋒。九世紀中葉，維吾爾族祖先回鶻從蒙古高原遷徒過來，先後建立了西周回鶻和喀喇汗王朝。

　　一一二四年契丹征服回鶻，一二零九年以後新疆又被蒙古統治。一七五九年，清軍徹底打敗天山北麓蒙古準噶爾部，又平定附庸於準噶爾的維吾爾族首領大小和卓的反抗。

　　清政府害怕準噶爾部東山再起，就對其實施種族滅絕政策，幾十萬人的強大游牧部落蕩然無存，只留下一個徒有其名的淮格爾盆地。而之後，清政府設立伊犁將軍府，建立滿城，又遷徒錫伯族、達斡爾族和漢族到北疆，來防範其餘的蒙古部落，從此改變了此前是北疆蒙古族、南疆維吾爾族的格局。平定準噶爾和回部後，乾隆皇帝將這裡定名「新疆」。

　　在十九世紀六七十年代的阿古柏之亂和左宗棠率湘軍進疆之後，新疆的民族格局進一步複雜化：大批維吾爾族隨著阿古柏的擴張遷徒到了北疆，讓維族影響力突破南疆，確立了維族的全新疆的主體地位；阿古柏大量接納逃亡的陝甘回民，從此回族成為新疆的一個主要民族；大量烏茲別克人隨阿古柏進入新疆，此後也成為新疆重要民族；

　　清政府依靠漢人平亂，漢人的數量和影響力大增，但是，在平亂過程中，左宗棠大開殺戒，埋下了維漢不和的種子。總之，這次戰爭之後，現代民族格局初步形成。之後，又有大量哈薩克族為躲避沙俄迫害，從哈薩克斯坦逃亡到北疆。尤其是列寧、斯大林時代更嚴重，僅一九一九年前後就有十二萬；到民國時已是新疆的第二大民族。

　　這樣，新疆逐步形成了維吾爾族、漢族、蒙古族、哈薩克族、滿族等共存的複雜局面。而各民族之間又充滿了歷史的糾紛和現實的矛盾。比如，同屬伊斯蘭教的維吾爾、哈薩克和回族間也有很深矛盾。因為維族認為哈薩克人是外來者，搶佔了其生存空間，而一九三四年回族軍閥馬仲英消滅維人的「東突厥斯坦」，更埋下維族對回族的仇恨。

　　清末民初，雖有漢人進入新疆，大多數是屯墾軍隊，始終沒有達到數量上的優勢。到一九五三年，中共接管新疆之初，新疆共有四百三十萬人口中只有二十九點九萬漢族，佔總人口的百分之六，而維吾爾族佔百分之七十五。之後，中央政府運用鼓勵青年「支邊」等多種手段，組織漢族人進入新疆。到一九六四年就迅速上升到總人數的百分之三十二點七，尤其是在北疆成為多數民族。到二零零零年，新疆漢族人口達到七百四十八萬，佔總人數四成。

　　近代，在泛突厥主義和蘇聯的影響下，維吾爾族多次謀求獨立。二十世紀初，奧斯曼帝國派大量教師和神職人員到新疆，新疆的上層人物也把子女送到土耳其接受教育，泛突厥主義、土耳其認同感在南疆流行開來。

　　一九三三年十一月，南疆地方實力派和宗教領袖利用新疆政局的混亂，成立了「東突厥斯坦」，但只存在了三個月。一九四四年在蘇聯的直接策劃下，伊犁、塔城和阿山（今阿勒泰）爆發革命，成立「東突厥斯坦」。獨立時間雖然不長，但泛突厥主義和建立「東突」國家的根深蒂固影響持續至今。

　　中共治理新疆，鐵腕人物起了重要作用。王震對新疆採取高壓統治，嚴厲鎮壓「反革命」。此後，雖然王震離職，但其制度被沿襲下來。王震之後的王恩茂與維人關係修好，幾齣玉門關，先後主持新疆達三十年之久。自一九九一年任新疆自治區副主席起，現任新疆區委書記的王樂泉已在新疆任職十八年，是中國現任各省領導中在職時間最長的、名副其實的封疆大吏；並且連任政治局委員，足見新疆重要性不斷上升。

　　維族老人懷念毛澤東

　　新疆在整個毛澤東時代，雖然有殘酷的鎮壓，但總體來說，維漢關係還是甚為融洽的。這不僅是因為中共巧妙地用階級觀念代替了民族觀念，漢族幹部和移民也主動尊重、關心維吾爾族。那時，維族民眾真的感到是共產黨解放了他們，漢族人真的是來幫助他們搞建設的。至今仍有很多維族老人懷念毛澤東時代。

　　八十年代後，維人民族主義再次抬頭。先後發生了烏魯木齊維族大學生學潮和宣揚民族主義的「三本書」事件等，不過這些都是發生在北疆大城市的維族知識分子中間，其實質跟八十年代內地的「民運」相似。以一九九零年的克孜勒蘇州巴仁鄉武裝暴動和一九九七年伊寧事件為標誌，維吾爾族的獨立情緒開始向大眾擴散，手段也暴力化。越演越烈，終於鬧成今日之慘劇。