清軍進克永昌。李定國即渡潞江,於磨盤山設伏同清兵吳三桂部展開了一場殊死之戰,迫使吳三桂不敢再追。可永曆帝還是安不下心來,一聽慌報,便乘夜色離騰越西逃。就在這緊急的時刻,護將孫崇雅率兵譁變,“群臣妻子不及相顧,叛卒乘機剽掠,貴人、宮嬪亦失過半矣。”此時,永曆帝已心如死灰,意識到“明朝晾沒有中興之日”了;眼見從臣多棄之而去,再無偷生之地,遂決意遁入緬甸,苟延時日。

意欲入緬的請求稟告緬甸東吁王朝朝廷後,緬王說,永曆如有適當保證,可以前來。永曆君臣遂於正月二十九日進入雲南邊關八關之一銅壁關。緬方提出從臣以下不得帶兵器。眾臣以為不可,然永曆帝卻命從者棄兵器。二月,永曆帝抵大金沙江(即今緬屬伊洛瓦底江)。緬甸東吁朝廷派四舟迎接,只可供永曆帝及少數人用,其餘自行買舟用。隨從1478人,分水陸兩路前往緬甸都城阿瓦王宮向緬王平達格力(Pindale,1648-1661年在位)朝賀。

緬王平達格力恩准永曆帝與其從人居於實皆。永曆帝草房為居,以竹為城,寄人籬下,無異於軟禁的囚犯。不少擁戴和跟隨永曆帝者,無辜被緬兵殺害。有些不堪忍受虐待的隨從,脫離永曆政權,逃亡暹羅。李定國不肯隨從永曆帝入緬,率領餘部到滇緬交界的勐緬(今臨滄),組織抗清鬥爭。

永曆入緬後,李定國、白文選極為不安,想盡一切辦法力圖使永曆帝從緬甸人的控制下擺脫出來。先是白文選從木邦追趕永曆帝,二月初五日追到緬京阿瓦,實際只差六十里,因無音信,只得返回。李定國上表三十餘次派人去實皆迎接,因緬廷的為難和馬吉翔的從中阻擾而沒有結果。

永曆十四年(順治十七年,1660年)夏,白文選從木邦來到孟艮(今緬甸景棟)與李定國商定共同去接永曆帝。次年二月和八月,他們兩次領兵赴阿瓦,要求緬廷交出永曆帝。緬廷不但不交,還派象兵與李定國作戰。白文選領兵來了個橫擊,才把緬軍打敗。

入緬的永曆流亡政府,大權操在馬吉翔手中。他對李定國派來接永曆帝的使者,謊稱永曆帝已航海到福建去了。沐天波主張奉永曆帝逃離實皆去投奔李定國也被馬吉翔阻止。馬吉翔深恐回國後自己的罪行會遭到清算,力阻永曆帝回國。

永曆十五年(順治十八年,1661年)四月,吳三桂上疏清廷,“請軍入緬,以靖根株。”順治帝從其言,決計進兵緬甸。

清廷命緬王平達格力交出永曆帝。緬王不從。而王弟莽白不顧其兄的反對,表示同意。

1661年,緬甸王室發生政變,莽白弒兄自立(1661-1672年在位)。莽白一改其兄的政策,要除掉永曆帝從臣,便編造理由,派人對永曆帝說,你們的人心不良,請飲咒水,然後就可以和當地人民自由貿易,否則不能長久給予供應。馬吉翔認為緬甸的風俗就是敬鬼重誓,沐天波對此頗持異議。七月十九日,馬吉翔脅迫沐天波等文武大臣、內監43人(包括馬本人)前去飲咒水,結果去了之後就被緬兵包圍,再命令一個接一個外出,出來之後三十人搏殺一人,43人均遭殺害。同時,另一部分緬兵闖入永曆君臣所居之處,搶掠財物。從臣妻女與貴人、宮女紛紛自盡。永曆帝也如待決的囚犯,同其母等宮眷25人聚於一間斗室得免於難。他驚懼成病,痰火舊症復發。

緬王莽白為向清廷表明心跡,命人遣永曆帝速居原處,送以衣被,暫安其心,而餘存之300餘人,無一不病,死者甚眾。

永曆十五年(順治十八年,1661年)十月,吳三桂領清兵十萬,從大理、騰越出邊,向緬甸進發。清軍晝夜兼程行300里,直趨緬甸都城阿瓦,傳令交出永曆帝,否則兵臨城下,後悔莫及。

十二月初一日,永曆帝給吳三桂寫了一封長信,極力吹捧吳,以崇禎帝待之“可謂甚厚”,希圖喚起吳的憐憫之心。

吳三桂沒有因永曆帝的哀求而改變主意。十二月初三日,緬廷遵照清軍意圖,到永曆帝住所謊說李定國軍至,挾持永曆帝及眷屬步行,過五里外,渡河,天黑路迷,有人背永曆帝登岸。永曆帝問:“你是什麼人?”回答:“我就是大清平西王吳三桂的前鋒高得捷。”永曆帝立刻全明白了。

康熙元年(1662年)三月,永曆帝及其眷屬被挾持到雲南昆明。清廷下令不必到北京獻捷。四月二十五日(公曆1662年5月11日)上午九、十點鐘,吳三桂假傳聖旨,命人用弓弦將38歲的永曆帝、東宮及12歲的兒子慈煊絞殺於昆明篦子坡的一個小廟中。後叢葬於昆明北門外。今豎有“逼死坡”碑石一方以紀其事。

跟隨南明永曆帝入緬後滯留緬甸的皇族宗室、各部大臣及其家屬,以及李定國、白文選為首的武將及其部屬三四萬人,不得不與緬北撣族、拉祜、佤族等緬甸民族混居、通婚,以農業、採礦業為生,逐漸形成具有移民文化特徵的“桂家”、“敏家”、“桂撣”部族,在緬甸土地上繁衍生息。