以大陸的官方修史認定，中國對西藏的主權控制始於十三世紀。那時成吉思汗的蒙古騎兵橫掃世界，而吐蕃王朝已經崩潰解體，西藏經歷了四百年的分裂割據，不再具有與蒙古對抗的能力。大小地方割據勢力在大勢之前紛紛向蒙古表示歸順。成吉思汗的孫子闊端汗在西藏選中了當時藏傳佛教的中心——薩迦，命令西藏全境各方勢力都要服從薩迦的領導。此後延續一個世紀的元王朝，一直通過薩迦對西藏實行統治。從歷史學家提供的材料看，也許那時已經具有了某種程度的的主權成分。然而問題在於：那到底是蒙古對西藏實施的主權，還是中國對西藏的實施的主權？
其實中國那時和西藏一樣，同是蒙古鐵騎征服的對象。說起來還不如西藏，西藏尚能保持相當程度的自治，中國卻是徹底地亡國。無法解釋，一個連自己主權都沒有了的國家，又如何能對別的民族實施主權？元與後來的清不一樣，雖然同是異族入侵後進行統治，但是清朝滿人無論是居住地還是其民族最終都被整體地同化歸併，融合於中國一體，而蒙古現在仍然有自己的國家，蒙古民族居住在亞洲廣大區域，與中國完全是兩個概念。硬把蒙古對西藏的征服說成中國對西藏的主權根據，這種“阿Ｑ”式的邏輯顯得既奇怪又不誠實。
何況，蒙古和西藏到底是誰征服誰，還可以進一步討論。從軍事角度，西藏肯定不是蒙古的對手。但是西藏有西藏高原的天險，蒙古軍進藏也不是易事。事實上，蒙古並沒有對西藏進行征伐，西藏的歸順是通過西藏薩迦的首先歸順實現的。有蒙古人的軍威做後盾，當時的薩迦班智達給西藏各地僧俗首領發出曉諭，讓他們認清形勢，接受薩迦的──也就是蒙古的──統治，從而結束了西藏近四百年戰禍頻仍的分裂局面1。當時元朝向西藏派駐軍隊，目的不在直接統治西藏，主要是為了震懾西藏其他地方政教勢力不得挑戰薩迦政權。元朝中央政府設立掌管西藏事務的機關——總制院（後改為宣政院），由薩迦班智達的侄子八思巴首任統領，而後的各任統領也都多為八思巴的族人2，也就是說，元朝對西藏的統治，大部分是西藏人自己實行的。
那時的薩迦政權不能完全被視為蒙古的傀儡。雖然西藏在軍事上臣服蒙古，蒙古卻接受了藏傳佛教。甚至當時的蒙古文字都是由八思巴創製的，所以可以說西藏是在精神上反過來征服了蒙古。那時元朝皇帝對西藏喇嘛教狂熱崇信，為此元朝專設一種特殊官職──帝師（皇帝的老師），都是由藏人擔當。帝師位尊百僚，上朝時滿朝文武大臣排列站立，只有帝師享用專座。據說第一任帝師八思巴喇嘛甚至堅持自己的座次應該高於忽必烈大帝3。由此足以反映藏人的地位。歷代元朝皇帝即位前都得從帝師受戒，后妃、貴戚、大臣從西藏僧人受戒也蔚為風尚。當時的帝師氣焰萬丈，連其弟子毆打王妃，皇帝也不過問4。
在元朝攻滅在長江以南堅守的南宋政權過程中，西藏人積極配合蒙古人。八思巴為此在涿州興建一座神殿，親自為其開光，派一手下法師在其內修密咒法，保佑元軍5。而在元軍攻破南宋首都臨安（今杭州）之後，又把投降元朝的南宋皇帝趙顯送到西藏的薩迦寺，名為學佛，實為使其遠離中土，又能置於可靠人手中確保控制。後來那位南宋的末代皇帝在西藏被殺，威脅元朝的禍根就此徹底除掉6。要說這是中國在對西藏行使主權，豈不是有些荒謬。
在元朝的民族等級序列中，藏人屬於色目人等級，高於漢人。藏人擔當的帝師同時兼任宣政院最高首領。宣政院是與中書省、樞密院、御史台地位平等的最高層元朝權力機關，可以直通皇帝。它的職能除了直接管轄藏區所有軍政、民政、財政事務，還負責管理漢族地區的佛教事務。在元朝那種狂熱的宗教氛圍之下，可想這種權力必定是很厲害的。八思巴的弟子楊璉真加去江南擔任釋教總統，為掠奪財寶挖掘南宋皇帝及大臣的陵墓一百一十多座，占良田二萬三千畝，受人獻美女寶物無數，殺害平民多人。當時西藏各色人士紛紛以高等民族的身份跑到中國內地撈好處，有時累百上千，沿途旅店住不下，他們就強住民房，並乘機姦污民女7。那時的漢人大都只是敢怒而不敢言。所以，從當時的歷史現象而論，與其說是元朝中國對西藏建立了主權控制，還不如說是蒙古與西藏聯手對中國實行了統治。
1 黃奮生，《藏族史略》，民族出版社，1985年，頁185。
2 韓儒林，《元朝中央政府是怎樣管理西藏地方的》，載《歷史研究》59.7。
3 《國外藏學研究譯文集•第三集》，西藏人民出版社，1987年，頁278。
4 黃奮生，《藏族史略》，民族出版社，1985年，頁189。
5 《漢藏史集》，陳慶英譯，西藏人民出版社，1986年，頁172-173。
6 《紅史》，陳慶英等譯，西藏人民出版社，1988年，頁22。
7 黃奮生，《藏族史略》，民族出版社，1985年，頁189。
