正當葉、項加強交流，友誼日篤時，江北傳來新四軍第四支隊司令高敬亭嚴重違背軍令的事件。

    高敬亭是原鄂豫皖紅二十八軍軍長。他在紅軍長征後，獨立領導紅軍游擊隊千餘人，在湖北與河南、安徽邊境堅持了三年游擊戰爭。國民黨先後動用十萬大軍也沒有剿滅他。蔣介石稱他為“高神仙”。

    新四軍組建時，紅二十八軍改編為第四支隊，是當時全軍人數最多、力量最強的一支隊伍。高敬亭對敵鬥爭堅決，戰功卓著。但是，他在長期的游擊戰爭環境下，養成了謹慎從事和顧慮多疑的性格。

    新四軍實施東進政策之後，高敬亭心裡一直犯嘀咕，他捨不得離開大別山，擔心東進後被國民黨軍隊吃掉。

    “高敬亭目無中央，蔑視軍部，騷擾友軍，太不像話了。如果都像這樣無法無天，我這個軍長怎麼指揮部隊？”葉挺在新四軍委員會上提出，自己準備親往江北解決四支隊的問題，如果高敬亭仍然抗命不從，將以軍法制裁。

    項英對高敬亭一直以勸導為主。葉挺處事果決，敢作敢為，既令項英欽佩，又令他擔心。項英特別提醒說：“高敬亭是位功臣，只是抗戰後思想僵化，跟不上形勢，執行中央指示不堅決。你要以教育為主，好言相勸，講清楚去皖東作戰的戰略意義。如果他萬一還不聽勸，可以給予適當的處分。但是，如何處分一定要報請毛澤東批准，不能擅自作主。”

    葉挺帶着一股氣來到廬江縣東湯池，主持成立了新四軍江北指揮部，以軍部命令：限七天之內開赴皖東指定地區。

    第二天，高敬亭帶着四支隊七團、九團和手槍團全部開拔。兩天后，葉挺接到了高敬亭飛馬急報：四支隊發生了七團團長楊克志、政委曹玉富率團投降桂軍李品仙的事變。葉挺立即趕往出事地點。

    翌日，高敬亭因病請假，葉挺、鄧子恢主持四支隊連以上幹部大會。本來會議的主題是進行反楊、曹鬥爭，很快大家就由揭批楊克志、曹玉富叛逃的罪行牽涉到高敬亭的責任問題。由於高敬亭在三年游擊戰爭期間犯過“肅反”擴大化的錯誤，平時作風粗野，傷害了不少同志。有意見的人藉此機會，紛紛向軍長告狀，說“高敬亭是笑面虎，他一笑就要殺人”、“高敬亭作風腐化，有兩個老婆”、“高敬亭私藏黃金”、“高敬亭對士兵非打即罵，比法西斯還壞”......不到半天時間，會上給高敬亭羅列了十幾條罪行。

    葉挺疾惡如仇，對於大家在激憤情緒下所列舉的所謂“罪行”深信不疑，他將高敬亭的材料上報，要求嚴懲，一份材料報延安毛澤東，一份報重慶蔣介石。

    蔣介石一見葉挺的報告，喜得笑出聲來，立即命令將他的親筆批覆用十萬火急的電文傳給五戰區轉葉挺：“所請將高敬亭處以極刑照准。”

    葉挺接到批覆後，來不及多想，便於6月24日抵達合肥青龍廠，下令將高敬亭立即槍決。

    處決高敬寧的消息傳到江南，項英驚呆了，他擔心的事終於發生了。

    1939年8月，葉挺回到軍部。項英責備道：“希夷，你怎麼這樣不冷靜，冤殺高敬亭，上蔣介石的當了。你看，他高興得要向你發獎章了。”

    葉挺得知中央有教育挽救高敬亭的指示，感到自己莽撞了，但人頭已經掉地，後悔也晚了。

    這件事情過後，一度趨於好轉的葉項關係又出現陰雲。項英覺得，葉挺太單純，好衝動，容易上當，新四軍的大事還得自己掌舵，於是又開始把放出去的權力一點一點地收回。葉挺也感到自己不熟諳黨務，軍務也放不開手腳，又生去意。兩人的離心力又開始加劇。