1997年11月，杨尚昆就自己的日记，向中央政治局请示："我身体极度虚弱，有可能去见马克思，如何处理有关我的日记资料档案？"李鹏代表中央政治局常委会告知杨尚昆："现在工作繁多，也很复杂，还是你保管好。" 1998 年3月2日，在中共第十五届第三次全会后，杨尚昆又提出有关资料问题。中共中央主席江泽民代表中央政治局常委会，对杨尚昆说："常委和部分政治局委员都看过，还是由你保存比较合适，考虑到多个方面：党内团结、党的形象、邓小平同志功过评价、等方面。"直至杨尚昆逝世后，他的日记一直由中央政治局属下的机要局保管。 2009年3月，中共对杨尚昆日记作了启封，有限范围作党史研讨，不作政治结论。 

1989年4月8日上午9时，耀邦在出席中共中央政治局第17次会议时，突感胸闷难受，经过一时抢救后住院，直至4月15日突然逝世。在这七天中，中央医疗小组先后在4月12日、4月14日和4月15日发出三次病危通知。 1989年4月13日，邓小平在家召开中央政治局会议。会上，李鹏和乔石提出："小平同志能否安排到医院探望一下耀邦？"邓小平迟疑一下说："我可不是大夫。他的情况我了解，不是大病，住几天医院就好了。" 1989年4月14日，在医院第二次发出胡耀邦病危通知后，江泽民，李鹏，乔石，杨尚昆等联署上书邓小平："盼小平能到医院看望自己五十年的战友。"邓小平委托邓林传话："我从不勉强别人，也不希望别人来勉强自己。" 1989年4月15日，胡耀邦逝世。19日，中央政治局请示邓小平的意见："是否出席耀邦同志的追悼会，是否由邓小平致悼词？"邓小平口述指示："不要唯心，也不要勉强"，"紫阳致悼词便可，我身体不好，就不便去了"。但4月22日邓小平在卓琳的劝说下，还是参加了胡耀邦的追悼会。

 1988年7月13日—8月24日，杨尚昆去胡耀邦家六次，每次长谈约五个小时。 以下是杨尚昆日记中，有关胡耀邦与杨尚昆谈话的部分摘录： 1988年7月14日："耀邦告诉我，没想到小平同志这么霸道，听不得任何的不同意见。竟然搞垂帘听政。很后悔采用卑鄙手段搞倒华国锋，扶持邓小平。耀邦说，西单民主墙就是在邓小平的怂恿下搞起来的，目的就是搞臭华国锋，让邓小平上台。但没想到，邓小平上台后便把民主墙封掉了，把魏京生也抓进了大牢。" 

1988年7月19日：“耀邦告诉我，1976年四五事件也是邓小平怂恿他搞起来了的。他已经与作家师东兵在88年3月和4月两次谈过四五事件的来龙去脉。是秘密地在家里与师东兵见的面，连家人和秘书都瞒住了。耀邦告诉我，76年1月15日，邓小平在周总理追悼会上致完悼词后。找到我，说，今天我给总理致悼词，或许我们死后就没有人给我们致悼词了。我们不能坐以待毙，要搞点行动。3月中旬，邓又找到我，说他的孩子听人说，4月5日清明期间，有人决定去天安门给总理送花圈。这是个好机会，要想办法把事情搞大，给主席一个刺激，证明并不是人人都听他的。耀邦又说，小平让我找几个干部子女，让他们去工人中间鼓动一下，把矛头对准江青和张春桥。但有个别人把矛头对准主席，这也是我们没有料到的。另外，那些人又大搞打砸抢，打伤了许多的解放军，小平后来也很生气。认为这是让他下台的直接导火线。这也是后来我们没有给四五高调平反的原因。因为如果那几个人如果不把矛头对准主席，不搞打砸抢，主席根本就不会让小平下台。而他就会在政治局会议上反击江青和张春桥了。 76年4月5日邓小平专门坐车去了天安门一趟，观察广场的动静。回来后，透过家人对我说，广场人很多，干得好！但他谎称是去北京饭店理发的。其实邓小平一直都是让北京饭店的师傅去他家理发。” 

1988年8月5日："又和耀邦见了一面，耀邦说，小平是过河拆桥式的人，你要当心。同时，耀邦又向我透露了一件大事，说这是他最见不得人的事件，不说出来对不起自己的良心。80年4月，我们当时以清理‘三种人’为理由，将北京市公安部门24名科级到处级的干部骗到云南大理秘密枪决，当时还派了王震去现场观看。
我问，为啥子秘密枪决他们，他们犯了啥子罪？耀邦说，他们当时掌握了我和小平是76年四五事件幕后指挥的证据。另外，有些人也掌握了邓榕和其他的高干联动成员是1966年8月5日打死北京师范大学附属女子中学副校长卞仲耘凶手的证据。当然，还有人也掌握了联动成员于66年8月在北京大兴县杀死大批所谓的“黑五类”人员的证据。我说，我知道这件事，杀人的主谋高福兴和胡德福不是当时就被判刑了么？耀邦说，是呀，可高福兴和胡德福在75年9月突然翻供了，说是联动成员干的。他们是冤枉的。但75年9月小平同志已是政治局常委，把这件事压下来了。83年小平指示我给高福兴和胡德福平反，我便照着做了。但北京市公安部门的几个干部秘密向这些“黑五类”人员的家属通风报信，结果这些家属便起来闹事，反对给高福兴和胡德福平反。小平很震怒，指示我将北京市公安部门的这几个干部也作为三种人秘密杀掉。

我听了后很震惊，说我们现在讲法治，怎么可以这样随便杀人，四人帮也没有这么干过呀？耀邦说，所以我内心有愧呀。但我已经指示将这24名干部作为因公死亡处理了，也给了他们的家属抚恤金。其中五个干部也授予了烈士称号。"