以大陆的官方修史认定，中国对西藏的主权控制始于十三世纪。那时成吉思汗的蒙古骑兵横扫世界，而吐蕃王朝已经崩溃解体，西藏经历了四百年的分裂割据，不再具有与蒙古对抗的能力。大小地方割据势力在大势之前纷纷向蒙古表示归顺。成吉思汗的孙子阔端汗在西藏选中了当时藏传佛教的中心——萨迦，命令西藏全境各方势力都要服从萨迦的领导。此后延续一个世纪的元王朝，一直通过萨迦对西藏实行统治。从历史学家提供的材料看，也许那时已经具有了某种程度的的主权成分。然而问题在于：那到底是蒙古对西藏实施的主权，还是中国对西藏的实施的主权？
其实中国那时和西藏一样，同是蒙古铁骑征服的对象。说起来还不如西藏，西藏尚能保持相当程度的自治，中国却是彻底地亡国。无法解释，一个连自己主权都没有了的国家，又如何能对别的民族实施主权？元与后来的清不一样，虽然同是异族入侵后进行统治，但是清朝满人无论是居住地还是其民族最终都被整体地同化归并，融合于中国一体，而蒙古现在仍然有自己的国家，蒙古民族居住在亚洲广大区域，与中国完全是两个概念。硬把蒙古对西藏的征服说成中国对西藏的主权根据，这种“阿Ｑ”式的逻辑显得既奇怪又不诚实。
何况，蒙古和西藏到底是谁征服谁，还可以进一步讨论。从军事角度，西藏肯定不是蒙古的对手。但是西藏有西藏高原的天险，蒙古军进藏也不是易事。事实上，蒙古并没有对西藏进行征伐，西藏的归顺是通过西藏萨迦的首先归顺实现的。有蒙古人的军威做后盾，当时的萨迦班智达给西藏各地僧俗首领发出晓谕，让他们认清形势，接受萨迦的──也就是蒙古的──统治，从而结束了西藏近四百年战祸频仍的分裂局面1。当时元朝向西藏派驻军队，目的不在直接统治西藏，主要是为了震慑西藏其他地方政教势力不得挑战萨迦政权。元朝中央政府设立掌管西藏事务的机关——总制院（后改为宣政院），由萨迦班智达的侄子八思巴首任统领，而后的各任统领也都多为八思巴的族人2，也就是说，元朝对西藏的统治，大部分是西藏人自己实行的。
那时的萨迦政权不能完全被视为蒙古的傀儡。虽然西藏在军事上臣服蒙古，蒙古却接受了藏传佛教。甚至当时的蒙古文字都是由八思巴创制的，所以可以说西藏是在精神上反过来征服了蒙古。那时元朝皇帝对西藏喇嘛教狂热崇信，为此元朝专设一种特殊官职──帝师（皇帝的老师），都是由藏人担当。帝师位尊百僚，上朝时满朝文武大臣排列站立，只有帝师享用专座。据说第一任帝师八思巴喇嘛甚至坚持自己的座次应该高于忽必烈大帝3。由此足以反映藏人的地位。历代元朝皇帝即位前都得从帝师受戒，后妃、贵戚、大臣从西藏僧人受戒也蔚为风尚。当时的帝师气焰万丈，连其弟子殴打王妃，皇帝也不过问4。
在元朝攻灭在长江以南坚守的南宋政权过程中，西藏人积极配合蒙古人。八思巴为此在涿州兴建一座神殿，亲自为其开光，派一手下法师在其内修密咒法，保佑元军5。而在元军攻破南宋首都临安（今杭州）之后，又把投降元朝的南宋皇帝赵显送到西藏的萨迦寺，名为学佛，实为使其远离中土，又能置于可靠人手中确保控制。后来那位南宋的末代皇帝在西藏被杀，威胁元朝的祸根就此彻底除掉6。要说这是中国在对西藏行使主权，岂不是有些荒谬。
在元朝的民族等级序列中，藏人属于色目人等级，高于汉人。藏人担当的帝师同时兼任宣政院最高首领。宣政院是与中书省、枢密院、御史台地位平等的最高层元朝权力机关，可以直通皇帝。它的职能除了直接管辖藏区所有军政、民政、财政事务，还负责管理汉族地区的佛教事务。在元朝那种狂热的宗教氛围之下，可想这种权力必定是很厉害的。八思巴的弟子杨琏真加去江南担任释教总统，为掠夺财宝挖掘南宋皇帝及大臣的陵墓一百一十多座，占良田二万三千亩，受人献美女宝物无数，杀害平民多人。当时西藏各色人士纷纷以高等民族的身份跑到中国内地捞好处，有时累百上千，沿途旅店住不下，他们就强住民房，并乘机奸污民女7。那时的汉人大都只是敢怒而不敢言。所以，从当时的历史现象而论，与其说是元朝中国对西藏建立了主权控制，还不如说是蒙古与西藏联手对中国实行了统治。
1 黄奋生，《藏族史略》，民族出版社，1985年，页185。
2 韩儒林，《元朝中央政府是怎样管理西藏地方的》，载《历史研究》59.7。
3 《国外藏学研究译文集•第三集》，西藏人民出版社，1987年，页278。
4 黄奋生，《藏族史略》，民族出版社，1985年，页189。
5 《汉藏史集》，陈庆英译，西藏人民出版社，1986年，页172-173。
6 《红史》，陈庆英等译，西藏人民出版社，1988年，页22。
7 黄奋生，《藏族史略》，民族出版社，1985年，页189。
