在中国历史长河在澄沙汰砾的推进中，基督教虽然作为非本土文化，仍然在推进中国的发展进程中有着不可或缺的位置。中国以前有许多大学是由基督教或天主教会创办，可以说是当时的世界级大学。

燕京大学

Yenching University是20世纪初由四所美国及英国基督教教会联合在北京开办的大学。是近代中国规模最大、质量最好、环境最优美的大学，创办于1916年，司徒雷登任校长，曾与哈佛大学合作成立哈佛-燕京学社，在国内外名声大噪。在中国高等院校1952年院系调整中，燕京大学被撤消。中国大陆国民政府迁台后，燕京大学在香港被并入香港中文大学的崇基学院。在中国大陆，其资产由中国政府接管后被整并，文科、理科多并入北京大学，工科并入清华大学，法学院、社会学系并入北京政法学院（今中国政法大学）。校舍由北京大学接收，现在其建筑仍为燕京大学古迹。

辅仁大学

Fu Jen Catholic University1925年由罗马教廷创办，20世纪初与北大、清华、燕京并称北平四大名校，并驰名于海内外华人社会。创始人之一同为复旦大学的马相伯先生。1952年在中国高校调整过程中被撤销，其校舍划入北京师范大学的北校区。人员与系所编制则分别并入北京大学、北京师范大学、中国人民大学、中国政法大学、中央财经大学等。现辅仁大学旧址为北京师范大学继续教育学院。

齐鲁大学

Cheeloo University正式校名为山东基督教共和大学，为1904年至1952年在中国山东省办学的一所教会大学，由来自美国、英国以及加拿大的14个基督教教会组织联合开办。鼎盛时号称“华北第一学府”，与燕京大学齐名，有“南齐北燕”之称。大陆许多知名学者如老舍先生、历史学家顾颉刚、墨学大师栾调甫、戏剧学家马彦祥等纷纷到此执教。齐鲁大学是当年外国人在中国创办的13所教会大学之一，在1952年的院校大调整中被撤销，原校址今为山东大学趵突泉校区。其各学科分别被并入山东大学、山东师范大学、山东农业大学、中国药科大学、南京大学等高校。

东吴大学

Soochow University是20世纪初中国第一所民办大学。于1900年由基督教监理会在中国苏州创办，其法学教育在当时饮誉海内外，是中国第一所西制大学。1951年在台湾复校，也是台湾第一所私立大学。1952年中国院系调整时东吴大学与苏南文化教育学院、江南大学数理系合并为苏南师范学院，同年定名为江苏师范学院，在原东吴大学校址办学。1982年经国务院批准改办为苏州大学。经教育部和江苏省省政府批准，苏州蚕桑专科学校、苏州丝绸工学院、苏州医学院先后于1995年、1997年、2000年并入苏州大学。东吴大学在上海的法学院，并入华东政法学院（今华东政法大学），会计系并入上海财政经济学院（今上海财经大学）。

圣约翰大学

Saint John's University是中国首个全英语授课的大学，以“光与真理”为校训。有“东方哈佛”和“外交人才养成所”之雅称，创下了民国教育的多项第一，尤其是在体育教育上遥遥领先。上海圣约翰大学前身是创建于1879年的圣约翰书院，1905年升格为圣约翰大学，是中国近代最著名的大学之一，也是在华办学时间最长的一所教会学校。1952年，圣约翰大学被分拆至上海各大名校后解散，圣约翰大学原校址给华东政法大学，一代名校就此消弭于历史长河。该校培育了林语堂、张爱玲、邹韬奋、顾维钧、宋子文、荣毅仁、刘鸿生、贝聿铭、施肇基等一大批影响中国历史的杰出人物。

震旦大学

Aurora University是法国天主教耶稣会在中国上海创办的著名教会大学，是中国近代著名高校。由中国神父马相伯于1903年2月27日，在徐家汇天文台旧址创办。所设学科有语文、象数、格物、致知四门。震旦是印度对中国旧称，英、法文校名分别为Aurora和L'Aurore。1952年中国院系调整，将震旦大学各院系分别归并上海市各有关高等学校（复旦大学、上海交通大学、同济大学等）。

之江大学

Hangchow University是基督教美北长老会和美南长老会在中国杭州联合创办的一所教会大学。也是中国的13所基督教大学之一，在中国高校中有一定历史地位，林汉达、金仲华、朱生豪（翻译家）等知名人士都是之大校友。1951年被浙江省文教厅接管，美籍教员离校回国。1952年因中国高校院系调整解散，院系拆分至浙江师范学院、浙江大学、复旦大学等，之江大学宣告结束。

金陵大学

University of Nanking是美国基督教会美以美会在南京创办的教会大学。教育家陶行知、诺贝尔文学奖获得者赛珍珠、哲学家方东美、文学史家程千帆等著名校友均出自于此。是第一个向中国政府请求立案并获批准的教会大学。在美国加利福尼亚大学对外人在华所办大学编类中，金陵大学是教会大学中唯一的A类，持有金陵大学学位的毕业生有资格直接进入美国大学的研究生院。是当时社会评价为“中国最好的教会大学”，享有“江东之雄”、“钟山之英”之美誉。1952年中国高校院系调整，金陵大学撤销建制，主体并入南京大学，其余院系参与组建南京农学院、南京师范学院等高校。其历史档案划归南京大学。南京大学将校址从四牌楼旧址迁至金大鼓楼校址。

岭南大学

Lingnan University前身为格致书院，开创了中国华侨教育的先河，由美国基督教长老会于1888年在广州创办，当时以钱树芬为首的一批爱国校友倡议接办学校，同年7月经广东政府批准，学校收归中国人自办，并正式改名私立岭南大学，逐渐发展成为中国南方著名的大学。1927年4月学校宣布停办。1952年岭南大学在院系调整中与国立中山大学及其他院校的文、理科合并，组成现在的华南理工大学，中山大学。