身後事

由於在古巴危機高峰期間的應對沉着，啟動阿波羅計劃，使美國人也收穫大量的高科技優勢，在針對總統功績的排名中，通常在中上的位置。在大眾文化中他的地位卻更高，一直被大多數美國人視為歷史上最偉大的總統之一。

肯尼迪一生留下眾多緋聞，其中與明星瑪莉蓮.夢露的最為出名。還有傳聞夢露的死是因為她曾觀看機密的太空外星生物檔案而被肯尼迪的官員發現及謀殺，而非外界所說服食安眠藥自殺。也有人提到肯尼迪最喜歡的情婦是Mary Meyer，她在肯尼迪遇刺後也被暗殺，案件一直未偵破。一位名為Mimi Alford的前白宮實習生透露，肯尼迪曾與其有長達18個月的私情，肯尼迪曾因擔心其懷孕而親自安排其接受檢查。

此外，肯尼迪的妻子傑奎琳也被傳出和肯尼迪的弟弟羅伯特.弗朗西斯.肯尼迪有染；傑奎琳的密友更出書爆料她曾和俄羅斯芭蕾舞王魯道夫.紐瑞耶夫有過一段婚外情；明星馬龍.白蘭度也承認和傑奎琳有過兩晚的激情之夜；但傑奎琳最終離開美國，於1968年嫁給了希臘船王亞里士多德.奧納西斯；1975年船王死後，傑奎琳回到紐約定居，和一位比利時裔的已婚鑽石商人同居。

肯尼迪遇刺數小時後，兇手李.奧斯瓦爾德被警方抓獲。案發兩日後，奧斯瓦爾德在警察的嚴密戒備中當眾被傑克.魯比開槍擊斃，美國人在電視直播中目睹了整個過程。而魯比最後也因癌症死於獄中，他臨死前聲稱被人下毒才罹患癌症。一年後，專門調查此次暗殺的沃倫委員會提交了888頁報告認為：沒有可以令人信服的理由證明奧斯瓦爾德在一個陰謀團體之中，這只是個人行動。肯尼迪被刺殺後短短三年中，18名關鍵證人相繼死亡，其中6人被槍殺，3人死於車禍，2人自殺，1人被割喉，1人被擰斷了脖子，5人自然死亡。

種種怪象結合在一起，讓案情變得撲朔迷離，成為20世紀最大疑案之一，為此也產生了種種陰謀論，其中最著名的有以下10種：

1)  金融集團說： 1963年６月４日，肯尼迪簽署了一份鮮為人知的11110號總統令，着令美國財政部發行“白銀券”，並立刻進入貨幣流通，以從私有的中央銀行美聯儲手中奪回貨幣發行權。如果該計劃最終得以實施，美國政府將逐步擺脫必須從美聯儲“借錢”並支付高昂利息。“白銀券”的流通將逐漸降低美聯儲發行的“美元”的流通度，很可能最終迫使美聯儲損失巨額財富，甚至破產，所以他們暗殺了肯尼迪。

2)  黑幫說：肯尼迪的父親靠金融投資和販酒買賣發家致富，並利用黑幫人脈為兒子的總統競選活動提供資金。肯尼迪遇刺前不久，黑幫頭目馬爾塞羅正面臨審判，可能會被驅逐出境，馬爾塞羅想要“做掉”肯尼迪來報復他的忘恩負義。而羅伯特.肯尼迪在後來的競選總統過程中被也被暗殺，是因為黑幫擔心他上台後會徹查肯尼迪案，所以搶先下手，以絕後患。

20世紀五六十年代，馬爾塞羅是美國首屈一指的黑幫首領，其勢力範圍囊括了從達拉斯市到新奧爾良市的大片土地。他僱傭了大批外籍流民，例如來自意大利的戰爭孤兒，將其訓練為職業殺手從事眾多骯髒交易。通過構建一張複雜的地下網絡，馬爾塞羅暗地裡還進行人口走私的買賣，並從中選出“良種”豢養起來，對他們進行“打靶射擊”訓練。1985年12月15日，正在獄中服刑的馬爾塞羅告訴一名獄友，稱他才是策劃實施肯尼迪遇刺案的幕後真兇，“是的，是我殺了他，我很高興我這麼做了，遺憾的是我沒能親自動手”。

3)  中情局說：美國法醫歷史學家帕特里克.諾蘭認為中情局內部的極右勢力有“方法、動機和時機來策劃暗殺肯尼迪”，他們從黑幫或者外國情報機構僱傭了職業殺手來實施暗殺計劃，而暗殺的目的是奪權、自保、阻止肯尼迪政府與古巴和蘇聯講和。

諾蘭認為根據有關此案的物理、影像和醫學證據，一共存在3名槍手。案發時，這三人藏匿在迪利廣場周圍：一人躲在教科書倉庫大樓里，一人在廣場附近的山丘上，還有一人則在教科書倉庫大樓對面的建築物里。中情局對兇手細節肯定知情，但他們卻拒絕公開，背後原因是“不想讓敵人知道有時候我們跟他們一樣邪惡”。

4)  副總統說：林登.約翰遜在1960年大選初期黨內提名時曾位列第一，但後來被肯尼迪超過，所以懷恨在心。遇害前不久，肯尼迪向其幕僚暗示，在即將開始的連任競選中，他決定把陷入兩起腐敗醜聞的約翰遜踢出局。於是，在自保和登上總統寶座的強烈欲望的驅使下，約翰遜痛下殺手。

據悉，肯尼迪到訪達拉斯、乘坐敞篷車穿過迪利廣場等，都是約翰遜一手安排的。而且，開槍殺死肯尼迪的不是美國當局捕獲的奧斯瓦爾德，而是臭名昭著的職業殺手馬爾科姆.華萊士，而華萊士恰恰是約翰遜的“長期合作夥伴”。瑪德琳.鄧肯.布朗做了約翰遜20年的情婦，她在一本回憶錄中寫道：“肯尼迪遇刺前晚，約翰遜告訴我：“過了明天，那些肯尼迪家族的混蛋就沒法再羞辱我了。”肯尼迪死後，約翰遜成為美國第36任總統。

5)  聯邦調查局說：胡佛是美國聯邦調查局第一任局長，任職時間長達48年。作為一個叱咤風雲近半個世紀的傳奇人物，其權勢有時令美國總統也望塵莫及。由於感到自己的權力受到制約、才能無法施展，胡佛對肯尼迪家族感到不滿，他經常抱怨肯尼迪家族沒有給他應有的尊重。而他和副總統約翰遜又是老朋友，所以幫助好友“上位”不失為一個一石二鳥的好主意。據稱，胡佛在肯尼迪遇刺案中可能扮演了知情者或者策劃者的角色：他知曉暗殺計劃但選擇視而不見，或者直接參與策划行動。

6)  克格勃說：蘇聯覺得在古巴導彈危機中受到羞辱，於是克格勃制定計劃，派出奧斯瓦爾德刺殺美國總統。奧斯瓦爾德曾被中情局派遣到蘇聯，但被克格勃策反。

7)  以色列說：對於美國盟友以色列製造核武器一事，肯尼迪一直持反對態度。而美國時任副總統約翰遜則承諾一旦他當上總統，就會修改關於以色列核項目的美方政策，於是約翰遜在以色列的協助下刺殺了肯尼迪。

8)  古巴流亡者說：由於豬灣事件中肯尼迪對他們支持不力，導致最終失敗，於是他們心生不滿，痛下殺手。

9)  外星人說：因為有外星人要控制地球，尼迪曾專門致信中情局，要求查看有關UFO的文件，他們擔心這位固執的總統可能泄露機密，所以殺人滅口。

10) 瑪麗蓮.夢露粉絲說：因為總統肯尼迪和其弟弟羅伯特.肯尼迪都和夢露有染，為了避免在1964年大選中的負面新聞，他們殺死了夢露。夢露的粉絲為其報仇，殺死了肯尼迪。