1947年5月，以武汉大学为中心发起“反饥饿、反内战”爱国学潮运动，6月1日凌晨3时，武汉国民党当局调集全副美式装备的军、警、宪、特上千人，突然闯人武汉大学教职员和学生宿舍，在与师生发生激烈冲突时，警备司令部稽查处长胡孝扬下令开枪，当场打死手无寸铁的王志德、黄鸣岗、陈如丰3位同学，打伤20多人，逮捕一批进步师生。随即，全国各大城市师生、群众上街游行声讨暴行。当年，各界捐资在武汉大学建“六一惨案”纪念亭。

蒋介石和国民党政府迫于社会舆论压力，宣布将胡孝扬等交付军事法庭审判，彭善也被“撤职查办”。他后被改任“中央训练团”中将副教育长、中将参议等；曾一度旅居美国，晚年坚决反对“台独”，主张祖国和平统一。

海峡两岸纪念辛亥革命80周年前，台湾方面曾有意安排彭善担任回内地参拜的代表团团长，家乡也做了多方面准备，他自己因“内疚多多”而辞命。

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