1947年5月，以武漢大學為中心發起“反飢餓、反內戰”愛國學潮運動，6月1日凌晨3時，武漢國民黨當局調集全副美式裝備的軍、警、憲、特上千人，突然闖人武漢大學教職員和學生宿舍，在與師生發生激烈衝突時，警備司令部稽查處長胡孝揚下令開槍，當場打死手無寸鐵的王志德、黃鳴崗、陳如豐3位同學，打傷20多人，逮捕一批進步師生。隨即，全國各大城市師生、群眾上街遊行聲討暴行。當年，各界捐資在武漢大學建“六一慘案”紀念亭。

蔣介石和國民黨政府迫於社會輿論壓力，宣布將胡孝揚等交付軍事法庭審判，彭善也被“撤職查辦”。他後被改任“中央訓練團”中將副教育長、中將參議等；曾一度旅居美國，晚年堅決反對“台獨”，主張祖國和平統一。

海峽兩岸紀念辛亥革命80周年前，台灣方面曾有意安排彭善擔任回內地參拜的代表團團長，家鄉也做了多方面準備，他自己因“內疚多多”而辭命。

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