甲午战争打起来了。进入军事统帅状态的皇帝抑郁一扫而光。他命令太监把记载圣祖皇帝平定准噶尔经过的《圣武记》搬到乾清宫，彻夜不眠地研究列祖列宗用兵的方略，仿照他们的口气，雷厉风行地下达着一道又一道充斥着“决一死战”、“迎头痛击”等雄性词汇的作战方略。亲政以来，他终于能够亲自指挥帝国航船的航向，真正担负起国家的重任，怎么能不殚精竭虑、全力以赴。

然而，精读过孙子兵法和《圣武记》并不证明皇帝就懂军事，特别是近代军事。战争过程与他的想像大相径庭。清军与日军第一次交锋于朝鲜成欢驿，即遭惨败，不得不退守平壤。对此小挫，皇帝不以为意，胜败乃兵家常事。此战之后，他正式声明对日宣战，命对日本“迎头痛击，悉数歼除，毋得稍有退缩”（《清光绪朝中日交涉史料》）。然而，出乎他意料的是，在正式宣战之后，清军仍然一反他的指示，节节退缩，及至9月平壤之战，朝廷寄予厚望的李鸿章嫡系精兵又一次全面溃败，此后不到半个月，清军全部被赶过鸭绿江，日本不费吹灰之力就占领了全朝鲜。

皇帝大为震怒。他认为这无疑是李鸿章指挥不力的结果。这个老滑头显然缺乏战争的决心和勇气，所以他的部下才这样缺乏血性和忠勇。皇帝以李鸿章未能迅赴戎机，日久无功，拔去三眼花翎，交部严加议处。希望他“激发天良”，痛改前非，用心指挥。（《清德宗实录》）

然而谕旨还没有发到李鸿章处，1894年10月，日本军队突破由三万中国重兵把守的鸭绿江，排闼直入，兵锋直指沈阳。把守鸭绿江的是以敢战闻名的悍将宋庆，他的部下也是中国军队中装备最好、最精锐的部分，中国军人在鸭绿江防卫战中的表现也堪称勇敢顽强，然而在日军的强大火力面前仍然不堪一击。直到这时，皇帝才发现，问题不是清军不“敢于胜利”而是中国的军事实力和日本根本不在同一水平线上。

慌了神的皇帝如同站在大堤决口旁的指挥者，第一反应就是全力以赴地试图堵住缺口。圣旨雪片一样从京师飞来，每一道都口气急迫。皇帝要求将军们竭尽全力把日本人就地截住，不得让他们前进一步。

皇帝不知道，他这样指挥，正是犯了军法的大忌。日军侵入中国境内的那一刻，李鸿章就已经明白这场局部战争已经演变成一场决定国家生死存亡的命运之战。他给皇帝上了道长长的奏折，提出了“打持久战”的战略主张。他说，形势很明显，敌强我弱，日军利于速战速决，我军利于“持久拖延”。日本的国力无法支持它打一场漫长的战争，如果中国能以空间换时间，不争一城一地之得失，把日本拖住，就能把日本人拖垮。相反，如果我们急于争锋，那么就会在阵地战中迅速消耗自己的力量。

应该说，李鸿章提出的“持久战”主张是当时的唯一取胜之道。他是中国历史上“持久战”概念的首创者，这堪称对中国军事史的一个重大贡献。（刘功成《李鸿章与甲午战争》）

然而皇帝却根本听不进李鸿章的建议。甚至连那封奏折他都没有读完。他没有这个耐心。日军在中国境内越深入，皇帝就越惊惶。他最担心的是日本人接近北京，让他和太后再上演一次仓皇北逃的惨剧。战前下的所有决心这时都已不翼而飞，他所有的心思，都放在如何把日本阻止住上面。他不能静下心来分析整个局势，没有兴趣在大脑中预演几步之后的棋局，只是如同一个低劣的棋手一样，凭着条件反射式的本能，盲目地把棋子一个个往前送。他一日不停地把各地最优秀的军队调上前线。他催战甚急，对所有的前方将帅都不满意。他对他们的态度只有两种，一种是不断的指责，指责他们不负责任，“玩误”，“胆怯”，“无谋略。”另一种是恫吓，动不动就以“有畏葸玩延情弊，即按军律惩办”、“军法从事”、“决不宽贷”的圣旨相威胁。在他的不断催促下，中国最精锐的部队不断被送上锋线，不断被日军吞噬，这正中日本人的下怀。

陆军的失败，很大程度上与皇帝的指挥思想有关。海军也同样如此。皇帝的逻辑是只要战败就是有罪。甲午战争的第一战丰岛海战之后，皇帝对海军提督丁汝昌即极为不满，认为他“畏葸无能，巧滑避敌”，要撤他的职，经过李鸿章力保，才侥幸留任，不过皇帝对丁的恶感一直没有消除。

皇帝不懂海军作战规律，但是却屡屡瞎指挥。战争正式打响后，光绪皇帝听说日军军舰深入威海、旅顺海口活动，深怕日本海军进攻天津，并由天津威胁北京，遂下令命丁汝昌：“威海、大连湾、烟台、旅顺等处，为北洋要隘门户，海军各舰应在此数处来往梭巡，严行扼守，不得远离，勿令一船阑入，倘有疏虞，定将丁汝昌从重治罪。”（《清光绪朝中日交涉史料》）这道圣旨，导致北洋舰队从此放弃远巡，主动放弃了制海权，极大地束缚了北洋水师，使海军处于单纯防御，被动挨打的境地。

日军围攻威海，制定好了引诱北洋舰队驶出威海卫港，在外海歼灭的战略方针后，光绪皇帝似乎是为了配合日军作战，屡次电旨催逼剩下的几艘战舰，出海作战。只是由于丁汝昌坚决不同意，才没上日本人的圈套。

北洋海军的最后覆没，与光绪皇帝赏罚失当有直接关系。几乎从战争开始，皇帝就不断下严旨，威胁要将那些不敢拼命的海军军官们“从重治罪”。在皇帝的威胁下，著名勇将邓世昌、刘步蟾、杨用霖先后自杀，最高统帅丁汝昌承受的精神压力更大，“惟望死于战阵”，每次作战，他都身先士卒，站立在无保护的地方，“恒挺身外立，以求解脱。” （《甲午中日海战见闻记》）希望用战死来解脱压力。在自杀殉国后，丁汝昌仍然被光绪“朝旨褫职，籍没家产”，儿孙流离失所。直到光绪死后，才被恢复名誉。（陈诗《丁汝昌传》）

中日战争中，光绪皇帝表现出了晚清统治者少有的血性，或者说，是坚定的爱国主义精神。然而，对于一场战争来说，仅仅有热血是不够的。在战争中，年轻皇帝的性情急躁，缺乏耐心暴露无遗。他的急脾气实在不适合指挥战争。